Don e Charlie indagano sull'omicidio della moglie di un giudice avvenuto in un garage. Non è chiaro però se il reale bersaglio dell'attentato fosse lo stesso giudice o sua moglie.

Una donna fa una rapina in una gioielleria di Beverly Hills. L'esecuzione avviene tramile la consegna di un biglietto al gioielliere in cui lo si minaccia di togliere la vita a sua moglie e sua figlia se non consegna i diamanti in suo possesso.

L'FBI indaga su di una cantante minacciata da un tizio che è riuscito persino ad introdursi furtivamente in casa sua. Si scopre anche che la cantante ha ricevuto parecchie lettere piene di minacce.

Don e Megan indagano sulla morte di un importante dirigente di una grande azienda energetica, la quale avrebbe dovuto testimoniare contro i suoi stessi colleghi, indagati per una grossa truffa finanziaria. La donna viente trovata morta davanti a casa sua. Putroppo suo figlio è l'unico testimone.

Un politico colombiano in visita negli Stati Uniti è il bersaglio di un possibile attentato. Don, insieme a David al nuovo agente Colby Granger, scopre un codice segreto. Per la decifrazione chiede aiuto a suo fratello Charlie.

La Homeland Security programma a Los Angeles alcune esercitazioni anti-terrorismo. La prima però riesce ad essere sabotata da qualcuno attraverso la dispersione di un gas potenzialmente mortale.

Don si mette ad investigare su una serie di infrazioni domestiche in cui i ladri rubano soltanto articoli di grosso valore da case di gente molto abbiente. Intanto un avversario di Charlie ha da ridire su di un suo vecchio lavoro.

Megan si ritiene responsabile della morte di Un agente muore a causa di un'esplosione in una casa. Di quella azione di cattura ai danni di uno spacciatore era responsabile Megan che finisce per sentirsi responsabile dell'incidente.

Qualcuno avvelena i medicinali di una ditta farmaceutica. Don si mette ad indagare quando quattro persone che assumevano quel farmaco muoiono a causa di colpo apoplettico.

Una ricercatrice, specializza in reperti appartenuti ai nativi americani, viene assassinata in un museo mentre cerca di associare una data ad un antico reperto. L'FBI viene incaricata del caso.

Un piromane dà fuoco ad un concessionario di automobili. Nell'incendio muore uno dei venditori. Sulla scena del crimine si trova il nome di un attivista ambientalista, che è solito compiere azioni estreme, scritto su di un muro con lo spray. Il gruppo a cui appartiene nega che questi sia coinvolto nel delitto. A questo punto l'obiettivo di Don è riuscire a capire se uno degli attivisti ha a che fare con l'accaduto. Charlie è chiamato a dare una mano nello scovare tracce nell'incendio che possano far risalire al profilo del piromane.

Quando viene assassinato il membro di una gang di Los Angeles Don e la sua squadra vengono chiamati sulla scene del crimine. Arrivati lì scoprono che in realtà sono stati reclutati per investigare sull'assassinio di un agente infiltrato che lavorava sotto copertura.

Al Los Angeles card club avviene un omicidio. Investigando, l'FBI scopre una truffa in cui sono coinvolti alcuni studenti di college che baravano utilizzando un complicato sistema per il conteggio delle carte.

Una teenager asiatica viene ritrovata nella cantina di un vecchio hotel. Sembra sia stata torturata. Presto però le indagini rivelano che la ragazza e altre tre donne che risultano disperse sono vittime di un traffico illegale di organi. Amita aiuta l'FBI nell'indagine intercedendo presso la vittima (la ragazza) che proviene dalla stessa zona dell'India di cui è originaria.

Un sintetizzatore di DNA con la capacità di modificare le malattie viene rubato dal campus dove insegna Charlie. Don teme che i ladri possano essere bio-terroristi.

Una bomba costruita artigianalmente viene fatta detonare sotto un'automobile fuori da un centro di reclutamento dell'esercito in città. Nell'esplosione muore un passante. Le indagini svelano che un attentato dello stesso tipo si è verificato esattamente 35 anni prima presso un ufficio della ROTC, togliendo la vita a due agenti.

Don e i suoi indagano sul caso di tre ragazze trovate morte, quando un sensitivo si propone di aiutarli: Charlie si oppone a questo salto nell'irrazionale.

Una donna iraniana che si trovava negli Stati Uniti per filmare una intervista riguardo la violenza sulle donne, viene trovata morta. I sospetti cadono subito su di un miltare americani. Gli Eppes e il loro team devono scoprire la verità prima che si verifichi un altro crimine del genere.

Don e la sua strada investigano su una sparatoria all'interno di una scuola. Il sospetto ricade su due studenti, e così Charlie cerca di ricostruire i loro movimenti con l'utilizzo della frequenza radio della scuola. Una volta rilevati i risultati gli agenti trovano qualcosa di inaspettato.

Un'agente ATF viene trovata morta in circostanze misteriose. Don, che la conosceva, decide di occuparsi del caso chiedendo a Charlie di scoprire, attraverso un algoritmo, se si sia trattato di suicidio o omicidio. In seguito Don inizia a interrogarsi sulla propria vita e decide di cercare una nuova donna.

Quando un uomo apre il fuoco all'interno degli uffici dell'FBI Don e la squadra cercano di scoprire il suo movente e la sua eventuale connessione con un trafficante di armi sotto processo. Dopo essere rimasto coinvolto nella sparatoria Charlie resta sconvolto e non vuole tornare al lavoro.

Don e la squadra aprono un'investigazione su una frode compiuta attraverso internet. Si scopre che degli hacker sono penetrati all'interno del sistema informatico di una banca e si sono impossessati delle informazioni finanziarie e personali dei clienti.

L'FBI viene chiamata ad investigare su due cadaveri di ragazze asiatiche ritrovati in una spiaggia. La situazione si complica quando si scopre che una delle ragazze aveva l'aviaria. Procedendo con l'investigazione Don e la sua squadra scoprono una connessione tra l ragazze e il mercato del sesso.