Lenny Belardo è un cardinale giovane, mite e dallo scarso peso politico. Inaspettatamente, Lenny viene eletto papa dal collegio cardinalizio, che crede forse di aver trovato una pedina da poter manovrare a piacimento. Tuttavia Lenny, salito al soglio pontificio con il nome di Pio XIII, si dimostrerà un papa controverso e poco incline a farsi comandare.

PIO XIII dimostra di avere una strategia degna delle migliori star hollywoodiane in quanto a gestione di immagine e popolarità. Mentre alcuni Cardinali cercano di trovare i suoi punti deboli, il Papa inizia a preparare un discorso ufficiale pronto a scuotere le fondamenta della stessa Chiesa.

L'insolito discorso di Papa Pio XIII avvia delle inaspettate conseguenze, mentre il Cardinale Voiello trama alle spalle di Lenny.

La relazione fra Lenny ed Esther viene usata dal Cardinale Voiello contro di lui, mentre negli Stati Uniti scoppia uno scandalo.

Nel quinto episodio, Padre Tommaso avvisa Lenny che la sua amicizia con Esther è fonte di pettegolezzi. Lenny si riavvicina a Dussolier, con il quale è cresciuto in orfanotrofio e ha compiuto tutto il percorso di fede in seminario. Insieme i due si concedono un’avventurosa fuga notturna per le strade di Roma. Ed è durante questa passeggiata che il Papa chiede all’amico d’infanzia di diventare il Prefetto della congregazione per il Clero. Per Voiello, intanto, è tempo di profondi e tormentati ripensamenti. Il Segretario di Stato, infatti, ha assistito a un incontro privato tra Lenny e Esther, e sa bene che le fotografie scattate potrebbero far montare uno scandalo e distruggere l’immagine del Papa. Abbandonati questi propositi, però, decide di consegnare le foto rubate a Suor Mary. Informato del disegno di Voiello, il Papa affronta il Segretario di Stato che chiede perdono e si mostra pentito. A sorpresa, Lenny convoca i Cardinali e durante una sontuosa udienza compie una ulteriore sterzata verso le posizioni più reazionarie con un discorso durissimo.

Nel sesto episodio, Esther partorisce il suo bambino. È innegabile che il Papa stia attraversando un periodo di debolezza: ma debole è il Vaticano tutto, che sconta la crisi di consenso frutto delle politiche reazionarie di Lenny. Intanto Dussolier – che ha accettato l’incarico di Prefetto della congregazione per il Clero - è tornato nella sua diocesi, in Honduras per salutare la sua comunità ma in Honduras Dussolier ha anche una doppia vita e relazioni pericolose. Gutierezz, intanto, viene eletto Cardinale e parte per gli Stati Uniti dove dovrà investigare sul caso Kurtwell. Dopo 9 mesi di pontificato Lenny concede udienza al Primo Ministro italiano che rimane scosso dalle richieste anacronistiche, nonché dall’incredibile carisma del Pontefice. Lenny decide, inoltre, di iniziare una crociata contro i preti omosessuali e chiede a Dussolier di occuparsene. Le conseguenze sono immediate e tragiche.

Nel settimo episodio, tra l’imbarazzo generale, il Pontefice comincia a frequentare assiduamente Esther e la sua famiglia, divenuta forse l’emblema del grande vuoto che ha segnato la sua infanzia. Nel frattempo Voiello e il Cardinale Spencer ricominciano a tramare contro Lenny, appoggiati dal Cardinal Caltanisetta, per tentare di risollevare le sorti della Chiesa. Dussolier, intanto, si sente responsabile della morte di un giovane spagnolo cui viene negata la possibilità di diventare sacerdote, perché si sospetta che sia omosessuale e decide così di abbandonare il suo incarico e fare ritorno in Honduras, forse alla ricerca di un po’ di pace. Ma si sbaglierà di grosso. Anche Lenny non è immune al clima di disfatta di cui lui stesso è responsabile e comincia seriamente a pensare che il suo papato sia destinato a finire presto.

Nell’ottavo episodio, il Papa decide di trascorrere un periodo di raccoglimento a Castel Gandolfo. Qui Lenny rimane molto colpito dal racconto del caso della beata Juana che gli viene esposto da Michel Marivaux, il Prefetto della congregazione delle cause dei santi. Mosso proprio da questo confronto, il Pontefice prende una decisione inaspettata: nell’incredulità generale, Pio XIII annuncia un suo viaggio pastorale in Africa seguendo i consigli di Sofia, la responsabile marketing del Vaticano. Giunto a destinazione, Lenny incontra Suor Antonia, simbolo del mondo missionario. La religiosa, però, sollecita nel Papa solo diffidenza e sentimenti negativi. E, mentre davanti a un tramonto meraviglioso Mary e Voiello sembrano aver trovato un’intesa e forse anche un po’ di tenerezza, Lenny pronuncia in absentia un discorso memorabile.

Papa Pio XIII dovrà affrontare i fantasmi del passato, e lo stesso può dirsi per Gutierrez, che dopo mesi di indagini e ricerche forse è riuscito a trovare le prove necessarie per inchiodare il Cardinal Kurtwell, sospettato di pedofilia.