Il Colonnello Carter è alla guida di una missione per salvare alcuni membri della squadra rimasti intrappolati sotto le macerie del laboratorio di Michael, il quale si sta avvicinando sempre di più a bordo di un'astronave da combattimento.

La Dottoressa Keller viene aggredita da un'entità aliena e la squadra si rivolge al clone di Carson che è stato da poco rimosso dallo stato di ibernazione.

Ronon viene catturato dal uno dei suoi vecchi amici adoratori dei Wraith. Tyre intende offrirlo ai Wraith per ritornare nelle loro grazie.

La squadra di Sheppard trova l'astronave terrestre Daedalus abbandonata in orbita del pianeta, ma una volta a bordo il team si ritrova a saltare da una realtà parallela all'altra.

I membri della spedizione vengono in contatto con un Replicante scienziato, il quale afferma che i Replicanti hanno scoperto il modo di 'ascendere' digitalmente. Il team è ovviamente scettico e durante una dimostrazionepratica la squadra rimane bloccata all'esterno di una delle stanze della città. Sheppard ordina di far saltare in aria la porta ma poi la porta si apre rivelando una il volto di una persona amica.

McKay contrae la versione Pegaso del morbo di Alzheimer, chiamata 'Seconda Infanzia'. La malattia agisce sui suoi sistemi neurali e Rodney comincia a perdere la memoria.

Durante una missione su un pianeta dove si trova uno dei laboratori di ricerca di Michael, Sheppard e Beckett s'imbattono in una creatura terrificante.

Sheppard e la sua squadra sono impegnati in una missione insieme a Todd per negoziare un'alleanza con un'astronave Alveare. Per far si che la missione abbia successo, Teyla assume le sembianze di una Regina Wraith.

La Dottoressa Keller viene rapita durante una missione di assistenza su un altro pianeta. Ronon e McKay si mettono sulle sue tracce e scoprono che l'uomo che l'ha rapita ha qualcosa in comune con Dex.

Daniel Jackson arriva ad Atlantide per effettuare delle ricerche su uno scienziato degli Antichi di nome Janus.

Sheppard deve salvare McKay e Daniel Jackson dal laboratorio di Janus, prima dell'arrivo di Todd, che è riuscito a impadronirsi dell'Apollo.

I Wraith scoprono la presenza di un gruppo di sopravvissuti agli esperimenti di Michael che la squadra di Atlantide ha sistemato presso il popolo di un altro pianeta. Sheppard e gli altri cercano di convincere gli abitanti del villaggio a evacuare prima che l'astronave Alveare arrivi.

Sheppard e la sua squadra vengono accusati di crimini contro la Galassia di Pegaso da una Coalizione di pianeti abitati da esseri umani. Costretti ad affrontare il processo, si affidano a Woolsey e alle sue conoscenze legali.

Michael riesce a impossessarsi della sala controllo di Atlantide ed è determinato a rapire il bambino di Teyla.

La spedizione sta esplorando il loro nuovo pianeta e la squadra scopre che esiste un'antica razza di alieni indigeni del posto. Nel frattempo Sheppard viene catturato da un vecchio nemico creduto morto.

Rodney è costretto a tornare sulla Terra per assistere al trionfo scientifico di un suo vecchio rivale. Tuttavia, una volta tornato a casa, McKay deve intervenire per distruggere la nuova tecnologia che ha effetti devastanti sul clima.

Sheppard e Lorne sono alle prese con una nave Wraith infettata da qualcosa di strano.

Il corpo della Dr. Keller viene assorbito da un ladro astuto, che usa la situazione per provare e acquisire l'avanzata tecnologia di Atlantide.

Sulla Terra, a Las Vegas, Sheppard deve indagare su una serie di omicidi inusuali.