Un gruppo di esploratori, guidati dalla dottoressa Elizabeth Weir, raggiunge tramite lo Stargate la galassia di Pegaso dove rinviene Atlantide, la città perduta degli Antichi. Ma subito il gruppo deve affrontare un pericolo: il complesso di edifici, che si trova nelle profondità oceaniche, rischia infatti di essere schiacciato dalla pressione dell'acqua.

Weir ordina una missione di ricognizione su di un altro mondo allo scopo di trovare una nuova fonte di energia per azionare lo Stargate. Il drappello di ufficiali, guidati dal Colonnello Sumner e dal Maggiore Sheppard, arriva su Athos dove viene attaccato dagli alieni Wraith.

Il dottor Beckett sperimenta una nuova terapia su McKay, al fine di consentire a questi di attivare un dispositivo tecnologico di protezione. Nel frattempo, scompare misteriosamente un bambino e gli uomini di Weir individuano una massa oscura che si muove per la città in cerca di di energia per alimentarsi.

Teyla, McKay, Ford e Sheppard rimangono bloccati sull'orizzonte eventi dello Stargate in orbita sul pianeta in precedenza occupato dai Wraith. L'equipaggio ha solo 38 minuti per salvarsi, ma il maggiore Sheppard viene aggredito da una misteriosa creatura.

Visti i continui attacchi dei Wraith, la dottoressa Weir è convinta che ci sia una talpa all'interno della base. Durante un volo di ricognizione, Sheppard e Ford individuano la presenza di terre emerse sul pianeta.

Il Puddle Jumper con a bordo Sheppard, Ford, McKay e Teyla è costretto a un atterraggio d'emergenza su di un pianeta sconosciuto. Qui, i quattro vengono attaccati da un gruppo di ragazzi armati con archi e frecce. Il capo dei giovani, Keras, racconta agli ufficiali che, per sfuggire ai Wraith...

Gli scienziati stanno studiando un vaccino che potrebbe renderli immuni ai Wraith. Con l'aiuto del dottor Beckett, riescono a produrre una prima dose, quindi viene deciso di utilizzare il prigioniero Wraith come cavia per la sperimentazione della sostanza, ma...

A corto di alimenti, la squadra visita il pianeta dei Genii, un popolo di pacifici agricoltori. Prima di raggiungere un accordo con loro, McKay e Sheppard scoprono, nascosto in una fattoria, un laboratorio per la costruzione di ordigni nucleari.

La squadra pensa di utilizzare una particolare nebbia, presente su di un pianeta nelle vicinanze, per immagazzinare l'energia necessaria per un viaggio sulla Terra. L'operazione va a buon fine, così Weir può finalmente riabbracciare Simon. Sheppard ne approfitta per far conoscere il nostro pianeta a Teyla. Ma va tutto troppo bene...

Una violenta tempesta si sta per abbattere sia sulla città dove vivono che sulla terraferma dove si sono stabiliti gli Athosiani. Sheppard e Ford chiedono ospitalità ai Manarians, che però si accordano con Cowen, il quale ha intenzione di approfittare del momento per impadronirsi della base degli Antichi.

Sheppard spegne due generatori della base, impedendo così a McKay e Weir di terminare la riparazione del parafulmine. Teyla, Ford e Beckett approfittano del passaggio sulla terraferma dell'occhio della tempesta per fare ritorno su Atlantis e aiutare il maggiore.

La squadra Atlantis è impegnata nell'esplorazione di una stazione spaziale abbandonata quando Sheppard rileva un segnale di soccorso Wraith. Rintracciata l'astronave da dove proviene l'SOS, il gruppo viene attaccato da un alieno.

Mentre stanno valutando i danni causati dal recente uragano, due membri della squadra Atlantis cominciano ad avere delle strane allucinazioni e poi muoiono. McKay teme che siano stati infettati da un virus e ordina la messa in quarantena della città. Uno dei possibili malati, però, riesce a fuggire...

Il Jumper di SHeppard viene salvato da un misterioso fascio di luce, che annienta due astronavi Wraith che li stavano seguendo. L'equipaggio si reca sul pianeta Procolus, per saperne di più e ottenere aiuto dai suoi abitanti e conoscono Chaya Sar, sacerdotessa della dea Athar.

Durante un'ispezione di routine, la squadra s'imbatte in una donna molto anziana in stato di ibernazione all'interno di una delle stanze. Weir ordina a Beckett di svegliarla per farsi raccontare qualche segreto del passato di Atlantis. Quando la donna riapre gli occhi, però, dichiara di essere la dottoressa Weir...

Sul pianeta Dagan potrebbe trovarsi una sorgente di energia creata dagli Antichi capace di rimettere in funzione lo scudo di Atlantide e proteggerla così dai Wraith. A complicare la situazione ci si mette l'improvviso arrivo di Kolya.

I componenti della spedizione hanno la possibilità insperata di inviare sulla Terra dei videomessaggi ai loro cari. Intanto Sheppard e Teyla tentano di salvare una famiglia dalla rappresaglia dei Wraith.

Mentre la squadra Atlantis è alle prese con una missione di ricognizione, Teyla continua ad essere perseguitata da una serie di incubi sui Wraith e, grazie alla testimonianza della nonna, scopre di essere la discendente di alcuni esseri umani che furono sottoposti ad alcuni esperimenti genetici dagli alieni.

Un esercito di navi Wraith si dirige verso Atlantide. L'equipaggio della spedizione cerca un nuovo sito dove riparare e un modo per distruggere la città e il database degli Antichi. McKay tenta di riattivare l'arma all'interno del satellite.