Inviata alla ricerca di alcuni dispersi, la squadra Atlantis scopre che tutti i compagni sono morti in un incendio. Uno degli uomini che era agli ordini di Kolya informa Weir che fra i Genii è in corso un colpo di stato. Nel frattempo, Ronon e Teyla scoprono che qualcuno ha messo una taglia sulla testa degli ufficiali della base con il gene degli Antichi.