Alla deriva nello spazio profondo e con lo scudo protettivo della città venuto meno, il Dottor MacKay e il resto della squadra fanno del loro meglio per tenere Atlantide in piedi.

Il Colonnello Shepard e la sua squadra sono impiegati in una rischiosa missione con lo scopo di sottrarre un modulo ZPM nelle mani dei Replicatori. Samantha Carter e la nave Apollo lottano contro il tempo per ritrovare la città scomparsa di Atlantide.

Un gruppo di abitanti del pianeta di Ronon chiede aiuto alla squadra Atlantis per organizzare l'assalto di una base armata dei Wraith. Gli uomini finiscono con il trovarsi nel bel mezzo di un conflitto con un nemico del tutto inatteso.

Nel corso di una missione all'esterno della base, il colonnello Sheperd diviene l'ospite inconsapevole di un'entità aliena, la quale infetta altri abitanti della città e li tormenta con un serie di orribili incubi.

Il colonnello Sheppard viene catturato dagli abitanti di un vascello generazionale che vogliono servirsi della sua abilità nell'utilizzare la tecnologia degli Antichi per i loro fini. La squadra Atlantide organizza una spedizione in suo soccorso.

Un virus causa un'amnesia in tutti gli abitanti di Atlantide, ad eccezione di Teyla e Ronon. La squadra deve quindi lavorare insieme per trovare al più presto una cura, prima che il morbo cancelli completamente la memoria di tutti.

Durante una visita sul pianeta New Athos, Teyla e la dottoressa Keller finiscono per perdersi e del tutto casualmente s'imbattono in una tribù di guerrieri primitiva: i Bola Kai. Intanto gli altri membri dell'astronave cercano le loro colleghe disperse.

La squadra incontra un uomo che afferma di poter predire il futuro. La sua oscura profezia riguarda il futuro di Atlantide, ma intanto decide di seguire Sheppard e gli altri per sistemare il problema del virus creato per fermare i Replicators.

Rodney McKay e sua sorella Jeanie Miller vengono rapiti sulla Terra. Sheppard e Ronon Dex cercano di organizzare assieme al N.I.D. una squadra di salvataggio per recuperarli prima che accada loro qualcosa, ma scoprono che...

Una misteriosa sonda precipita schiantandosi sulla città. La squadra di Sheppard è convinta che i Replicators li abbiano trovati, ma l'astronavicella non presenta segni dei loro nemici.

La spedizione di Atlantis e il Wrath che la squadra ha imprigionato nella precedente avventura congiungono le forze per una pericolosissima missione. Il loro obiettivo è quello di raggiungere la flotta dei Wrath.

Dopo la guerriglia contro i Replicators, la squadra Atlantis riesce a raggiungere e a entrare in possesso di un'astronave Wraith. Studiando il veivolo Sheppard e gli altri scoprono importanti notizie sui loro nemici.

Quando Atlantide è messa sotto quarantena, tutti vengono rinchiusi in una stanza con un'altra persona. Con l'occasione i membri della spedizione si conoscono meglio, ma c'è anche da scoprire a cosa è dovuta l'improvvisa quarantena.

Mentre accompagnano una principessa nel suo pellegrinaggio, organizzato dai genitori per poterla poi incoronare regina come tradizione vuole, Sheppard e McKay si trovano a dover sbrogliare una delicatissima situazione familiare.

Dopo la scomparsa del padre, Sheppard decide di tornare sulla Terra. Sul pianeta colonello scopre che alcuni scienziati hanno creato un Replicator simil umano che però è riuscito a sfuggire al loro controllo.

Il colonello Carter si unisce a McKay e Keller per una missione off-world. Il loro obiettivo è quello di convincere la popolazione di un pianeta scombussolato da terremoti a evaquare. La situazione si complica quando la spedizione rimane intrappolata.

Il colonello Carter invita Teal'c ad Atlantide per fare da avvocato a Ronon, che è stato chiamato in causa dalla I.O.A. Il problema è che i Wriath sembrano ormai aver scoperto la Midway Space Station, che ora è perfettamente operativa.

Quando una malattia si propaga nella galassia di Pegasus, Teyla crede che il padre di sua figlia stia cercando di comiunicare con lei. Mentre stanno cercando delle risposte, i membri della squadra scoprono qualcosa di molto interessante.

Dopo aver trovato alcuni Athosians scomparsi, Teyla tenta di organizzare una difficile fuga dalla struttura segreta di Michael. Keller indaga sull'origine del duplicato di Beckett