Il primo giorno di Carter nel suo nuovo ruolo è piuttosto difficile, visto che deve essere il punto di riferimento di chirurgia al pronto soccorso. Jeanie intanto prende una decisione riguardo al suo status di HIV-positiva, mentre Benton ottiene i risultati del test. Si sparge anche la voce che l'ospedale starebbe per chiudere.

Jeanie inizia a capire quali potrebbero essere le conseguenze della sua malattia. Lo staff apprende anche la verità sulla chiusura dell'ospedale e accoglie un nuovo direttore, il dottor Anspaugh. Mark e Susan hanno due appuntamenti al buio disastrosi, mentre Benton manda Carter al pronto soccorso.

Mark viene invitato da Susan a trascorrere una vacanza assieme alle Hawaii. Carter fa una cattiva impressione su Anspaugh quando esagera nel definire le condizioni di un paziente solo per avere una sala operatoria a disposizione. Jeanie nel frattempo cerca di tener nascosta la sua condizione alla Weaver, mentre Mark passa tutta la giornata a seguire un paziente nonostante le indicazioni del nuovo direttore.

Doug porta al pronto soccorso una ragazza con cui è andato a letto, ma si guadagna la riprovazione di tutto lo staff quando non riesce a ricordarsi il suo nome. Jeanie accusa i primi sintomi delle cure che sta facendo e viene anche invitata a cena da un affascinante muratore. Carol prende in considerazione la possibilità di iscriversi alla scuola di medicina.

Carol e Doug vogliono ripristinare l'Healthmobile, un camioncino che fornisce cure ai senzatetto. Benton cerca di essere più aperto nei confronti dei bambini, accettando persino un gruppo di giovani che fanno "dolcetto o scherzetto". Mark attende con ansia il ritorno di Susan dalla vacanza.

Mark e Susan salgono sull'elicottero per prestare soccorso e portare all'ospedale un'intera famiglia rimasta ferita in un incidente. La troppa sicurezza di sé di Benton durante l'assenza di Keaton lo porta a commettere un errore. Carol deve invece gestire un'infermiera per la quale i ritmi del pronto soccorso sembrano troppo rapidi.

Benton si batte fino all'ultimo per salvare il membro di una gang dichiarato morto da Doug. Carter si scontra con Edson per i diritti di un paziente e, allo stesso tempo, riesce ad essere sulla stessa lunghezza d'onda di Anspaugh. Mark ha paura che Susan stia uscendo con Morgenstern, ma lei gli dice che si vuole trasferire a Phoenix.

L'ultimo giorno di Susan al pronto soccorso rende Mark molto insicuro e, nonostante la pressione di Doug, fatica ad ammettere i suoi sentimenti per lei. Carol accetta di far parte del management in cambio della promessa di smettere di mandare le infermiere del pronto soccorso qua e là a seconda dell'occorrenza. Al consegna a Jeanie i documenti per il divorzio.

Mark, ancora scosso dalla partenza di Susan, va oltre qualsiasi limite etico quando ottiene senza permesso la cartella di Jeanie una volta saputo che Al è HIV-positivo. Carter e Keaton fanno fatica a tenere nascosta la loro relazione, ma quest'ultima gli dice anche che presto partirà per il Pakistan.

Mark e Kerry si trovano a discutere le politiche dell'ospedale che riguardano gli impiegati positivi all'HIV, costringendo Jeanie a rendere pubblica la sua condizione. Charlie intanto porta al pronto soccorso il bambino di cui si sta prendendo cura. Carter decide di mandare all'aria una serata con Gant per stare con Keaton. Carol e sua madre organizzano una celebrazione natalizia tipica ucraina.

E' una lunga e fredda notte e i medici e le infermiere di turno devono trovare un modo per passare il tempo. La Weaver recluta persone per uno studio sul sonno. Mark e Chuny scoprono di avere molto in comune. Intanto Gant si rivolge a Anspaugh dopo essere stato ripreso in pubblico da Benton.

Carter e Benton devono fare i conti con la morte di Gant, visto che continuano a girare voci sul caso. Le infermiere sono in sciopero e Carol è costretta a lavorare giorno e notte senza interruzione: questo la porterà a commettere un grave errore.

Carol si interessa al caso di un poliziotto che nasconde una malattia degenerativa; inoltre rilascia un'intervista per spiegare l'errore che ha commesso, ma per questo viene sospesa. Carter, ormai stanco dei comportamenti di Benton, decide di unirsi al team di Hicks. La Weaver e Mark seguono ciascuno tre studenti di medicina, mentre quest'ultimo rompe con Chuny.

Carter opera Benton di appendicite. Nel frattempo Doug ha in cura un ragazzo di diciassette anni che vorrebbe non essere rianimato, ma è troppo giovane per poter prendere questa decisione. Mark ha tre diversi appuntamenti con tre donne. Anche Carter ha un appuntamento, con Doyle.

Carol viene presa in ostaggio insieme ad altre persone, compreso il suo vicino di casa di 10 anni, durante una rapina ad un negozio. Carol deve mettere alla prova le sue abilità mediche quando è chiamata a salvare la vita a uno dei rapinatori e al proprietario del negozio. L'altro rapinatore riesce a scappare, portando con sé la stessa Carol.

Mark cerca di aiutare un paziente con la sindrome di Down e problemi di cuore, cercando di metterlo nella lista per i trapianti di cuore. Carter è in disaccordo con una diagnosi di Anspaugh, mentre il paziente ciclista compie 18 anni e chiede a Ross di staccargli il respiratore. Greg e Jeanie continuano a frequentarsi.

Mark si interroga sui propri pregiudizi quando viene accusato di aver dedicato maggiori attenzioni a una vittima bianca di una sparatoria rispetto ad una vittima afro-americana. Carter dedica tutta la sua giornata ad un caso senza speranza, mentre la Weaver cerca di convincere un drogato ad entrare in un programma di riabilitazione.

Carter prende una decisione senza avvisare Anspaugh, cosa che avrà delle conseguenze. Carol si scontra con Doyle per il comportamento di una giovane borsista. Benton riesce ad ottenere illegalmente i risultati di un esame di Carla per vedere se è tutto a posto. Jeanie cura un paziente malato di AIDS, mentre Rachel dice ai suoi compagni di scuola di avere la leucemia.

Carol ottiene i risultati dell'esame per la scuola di medicina ed è sempre più indecisa su quale strada scegliere; Kerry cerca di spingerla verso la carriera medica, intanto lei si prende cura di una madre il cui figlio sta morendo. Benton prende un giorno di riposo per seguire Carla, mentre Mark sceglie due casi strani per vedere quanto in fretta lo staff giunge ad una soluzione.

Lo staff è tutto all'erta quando Mark viene picchiato da uno sconosciuto. Doug cura il figlio di un uomo benestante e Carolsospetta che gli stia dando per questo attenzioni speciali. Arriva inoltre una nuova pediatra da Philadelphia. Carla intanto viene ricoverata all'ospedale perché ha le doglie.

Mark torna al lavoro, ancora piuttosto scosso ed emotivamente fragile. Carla entra in travaglio e partorisce un bambino prematuro di otto settimane. Doug manda a monte tutti i piani di Carol di celebrare il compleanno senza grandi celebrazioni, mentre Carter si chiede se la chirurgia sia davvero la sua strada.