Benton fa ricoverare Carter in una clinica di riabilitazione ad Atlanta. Tre mesi dopo, Chen scopre di essere incinta e Carter fa lentamente ritorno verso la sua vita normale. Benton fa un colloquio con Romano, mentre Abby continua a frequentare la scuola di medicina.

Mark ed Elizabeth hanno qualche problema domestico. Intanto Chen rivela a Kerry di essere incinta di 22 settimane. Carter incontra ad una riunione degli Alcolisti Anonimi Abby, che gli dice di essere stata un'alcolizzata cinque anni prima. La Weaver e Kovac devono seguire un difficile caso che riguarda una donna il cui partner non ha poteri legali per decidere sulla sua salute.

Come primo paziente dopo il suo ritorno all'ospedale, Carter cura un giovane paraplegico. La Corday e Greene cercano di superare una carenza di personale in chirurgia. Nel frattempo Kerry offre a Abby un posto come infermiera full-time al pronto soccorso. Medicina d'urgenza viene poi invasa dai partecipanti a una convention di fantascienza.

Benton ha qualche problema nel trovare un nuovo lavoro e, alla fine, deve tenere in considerazione anche le esigenze della famiglia. In giornata inoltre viene portato al pronto soccorso suo nipote, vittima di un litigio a scuola. Chen segue un giovane ragazzo in fin di vita, la cui madre vuole sottoporlo a intervento chirurgico. Luka e Abby escono per un appuntamento, che però viene rovinato da un borseggiatore.

Greene vola in Indiana per seguire un paziente pronto ad un trapianto, ma il volo di ritorno è piuttosto turbolento. Al pronto soccorso c'è temporaneamente Romano al comando. Carter intanto cura un ragazzo affetto da HIV che però non è stato informato ancora della sua condizione, mentre Luka vuole conoscere l'identità del borseggiatore che ha ucciso.

Abby, in un momento già difficile per lei, riceve l'inaspettata visita della madre che riesce a stressarla ancora di più. Elizabeth, ansiosa di finire il turno per partire per una vacanza con Mark, dà un parere medico un po' superficiale. Chen decide di dare il suo bambino in adozione.

La madre di Abby decide di fermarsi a Chicago, causandole ancor più problemi. Carter si mette sulle tracce di un tossicodipendente che ha lasciato l'ospedale contro il parere dei medici. La madre di Chen arriva in città e invita la figlia a cena, scoprendo che è incinta. La Corday viene accusata dal paziente per la scelta fatta prima di andare in vacanza.

Abby si sveglia accanto a Luka nella sua stanza di hotel. Benton cura la fidanzata di Jesse che parla con la polizia dei suoi killer. La Corday deve invece sostenere la deposizione per il caso in cui è coinvolta; intanto Mark scopre che il suo tumore non è operabile e decide alla fine di dirlo anche a Elizabeth.

Dopo aver dato alla luce il suo bambino, Chen ha qualche ripensamento sulla sua decisione di darlo in adozione. Carter, che non dorme da molto tempo, viene chiamato in ospedale per assistere Chen. Benton deve confortare una giovane che teme di essere usata dai suoi genitori, mentre Mark ed Elizabeth vanno a New York in cerca di uno specialista che possa aiutare Mark.

E' capodanno e un uomo viene portato al pronto soccorso in seguito ad un incidente; tuttavia non è preoccupato per la sua salute, quanto piuttosto a quella di suo figlio. Quest'ultimo sembra a posto, ma incontra qualche complicazione che richiede un intervento. Nel frattempo, Mark si sottopone ad un intervento con una tecnica sperimentale, con al suo fianco Elizabeth.

Kovac ha in cura un vescovo vittima di una caduta che però lo fa interrogare sulla sua fede. Abby cerca di convincere Carter a dire alla Weaver che era stato tentato di prendere del Vicodin. La causa intentata contro la Corday viene dismessa, ma la visita del paziente che ha causato tutto ciò la fa entrare comunque nel panico.

Kerry è insicura sulla propria relazione e deve anche combattere con Luka che vorrebbe riferire alla polizia un caso successo al pronto soccorso. Mark torna al lavoro, ma con qualche difficoltà con gli articoli. A Carter viene proibito di prescrivere medicine, mentre Elizabeth entra di nuovo nel panico durante un'operazione.

Il vescovo torna al pronto soccorso per farsi curare da Luka che è anche alle prese con il caso di una giovane ragazza, i cui genitori rifiutano un secondo trapianto di cuore. Abby si presta per essere l'accompagnatrice di Carter ad un ricevimento dato dai suoi genitori. Greene continua ad avere problemi dopo la sua operazione.

Kerry trascorre una serata in compagnia di Legaspi e delle sue amiche lesbiche. Intanto Greene si arrabbia molto quando scopre di essere stato sottoposto ad un'indagine per appurare le sue capacità e Elizabeth lo difende davanti alla Weaver. Il vescovo torna ancora una volta in condizioni ancora peggiori.

Carter e Luka vengono chiamati ad intervenire sulla scena di un deragliamento di un treno, dove Carter è costretto ad operare da solo una doppia amputazione di gamba quando la Corday inizia ad avere le contrazioni. Luka deve ancora fare i conti con la sua fede e rivela qualcosa riguardo alla sua famiglia. Benton permette a un aspirante studente di medicina di seguirlo.

Dopo essersi assentata per qualche secondo da una stanza, Abby perde di vista una bambina che sembra essere sparita. Mark nel frattempo ottiene il risultato della sua valutazione di competenze. Malucci e Mark si occupano di un ragazzo, curandolo attraverso steroidi. Kerry è sempre più preoccupata di nascondere la propria relazione.

Peter e Cleo potrebbero essere nei guai quando un poliziotto spara e uccide una donna anziana affetta da demenza. E' anche il giorno del pesce d'aprile per cui gli scherzi tra i membri dello staff si sprecano. La Corday decide di sostenere una lunga operazione, giusto per far vedere che nonostante la gravidanza è ancora in grado di farlo. Luka deve curare una giovane ragazza incinta.

Mark incontra diversi ostacoli sulla sua strada, ma deve comunque riuscire a raggiungere la chiesa in tempo per sposare Elizabeth. Abby è influenzata, ma non può lasciare l'ospedale perché la maggior parte delle infermiere sono al matrimonio. Kerry è in partenza per Las Vegas, visto che non è stata invitata al matrimonio, mentre Chen perde il suo bambino.

Elizabeth dà alla luce una bambina di nome Ella. Benton si trova a curare un suo vecchio professore; intanto il pronto soccorso viene invaso da pazienti che sono ragazzi o ragazze che fanno parte di confraternite. Carter e Abby si mettono in viaggio per andare a prendere Maggie che si è barricata in una stanza di motel.

Abby si presenta in tribunale per l'udienza che deve decidere se affidare sua madre per 90 giorni ad una struttura psichiatrica. La Weaver cura un paziente che è il conduttore di una trasmissione tv per bambini. Carter si trova invece di fronte ad un caso di una giovane incinta il cui ragazzo cerca di farla abortire, mentre Chen ha a che fare con un paziente che ha un talento per i numeri.

Abby apprende che sua madre vorrebbe tornare a Minneapolis. Inoltre rivela di essere stata incinta ma di aver abortito per paura che suo figlio diventasse bipolare. Carter e Chen vengono entrambi bocciati nella loro richiesta di diventare membri fissi dello staff. Carla poi si arrabbia con Cleo per essersi distratta qualche istante da suo figlio Reese.