Una pioggia di meteoriti distrugge la piccola cittadina di Smallville, in Kansas. Dodici anni dopo il giovane Clark Kent scopre la verità sulle sue origini e su alcuni superpoteri che il ragazzo ha scoperto di avere

Clark scopre che uno studente, attratto morbosamente da Lana Lang, è stato contagiato da alcuni insetti "modificati" dalle meteore di kryptonite cadute sulla Terra

L'allenatore di football del liceo viene contagiato dalla kryptonite che usa nella sua sauna e scopre di avere il potere di causare incendi. Chloe indaga e si mette nei guai

Clark sviluppa un nuovo potere: la vista a raggi X. Lex viene accusato di aver rapinato una banca e si scopre che una ragazza, Tina, ha il potere di prendere le sembianze di chiunque. Il prossimo obiettivo della mutante è Lana, che ha sempre ammirato e invidiato

Un ragazzo di nome Sean cade in un lago ghiacciato, ma le pietre di kryptonite che vi si trovano dentro lo trasformano in un essere che assorbe il calore. Clark trova il coraggio di chiedere a Lana di uscire, ma per salvare Chloe manda all'aria tutto

Lana lavora in una casa di riposo e Clark, pur di starle vicino, si fa assumere nello stesso impianto. Intanto un vecchietto cade con la sedia a rotelle in uno stagno e la kryptonite fa sì che l'uomo torni giovane. Rinvigorito, il "freak" decide di vendicarsi di alcuni uomini che anni prima lo avevano incastrato. Nell'ospizio c'è anche una vecchia, Cassandra, che afferma di poter prevedere il futuro

Jodi, una ragazza ossessionata dal suo peso, inizia una dieta di vegetali (infettati ovviamente dalla kryptonite). La fanciulla diventa in pochi giorni magra e bella, ma anche pericolosamente affamata. Pete si invaghisce di lei, ma Clark scopre i piani di Jodi e interviene

Earl Jenkins, ex operaio dei Kent, va da Jonathan e gli dice di avere dei problemi a causa di alcuni esperimenti fatti dai Luthor su alcuni fertilizzanti speciali. Nessuno sembra saper niente e l'uomo decide di prendere in ostaggio Lex per ottenere l'attenzione di Lionel

Clark va a Metrpolis e, per salvare una vita, viene visto da un poliziotto mentre "investe" un autobus. Il detective ricatta prima Clark e poi Jonathan, ma il giovane Kent riesce a incastrarlo

Una giovane donna è ossessionata da Lex e questo ben presto si trasforma in alcune invisibili minacce di morte a lui e alla sua nuova fiamma. Lana cerca la compagnia di Clark, dopo che è stata allontanata da Whitney, ma il futuro Superman scopre che il suo antagonista ha dei gravi problemi familiari

Un uomo ha il potere di convincere con il semplice tocco della mano chiunque voglia. La vittima di turno è Jonathan, che gli cede la proprietà della fattoria. Lex offre l'aiuto degli avvocati, ma è anche lui nel mirino dell'imbroglione.

Clark e un suo compagno di classe vengono colpiti da un fulmine e i poteri del giovane Kent passano al suo amico. Questi non ha problemi a usarli, mentre Clark deve affrontare vantaggi e svantaggi di essere una persona normale.

Tre misteriosi ladri entrano nella casa di Lex per rubare un dischetto top secret. Chloe rimane ferita e viene portata all'ospedale e Whitney fa la conoscenza dei tra ragazzi che gli chiedono di entrare nella loro banda. Per farlo il quaterback deve farsi un tatuaggio (alla kryptonite)

Lex è in pericolo perché un folle vuole vendicarsi di un fatto avvenuto tre anni prima. Chloe intanto viene incaricata di fare un'intervista a Clark e, indagando sull'amico, scopre che la sua adozione nasconde dei segreti.

Un fiore, infettato dalle rocce di kryptonite, rende le persone che lo odorano sfrontate e senza inibizioni. La prima vittima è Jonathan, che caccia Lex di casa. Ma il bello arriva quando a essere contagiata è Lana, irresistibile come mai prima.

Clark fa amicizia con un giovane che è stato accidentalmente messo sotto da Martha. Il ragazzino ha la capacità di leggere nel pensiero (a tutti tranne che a Clark) e deve nascondersi dal patrigno che lo vorrebbe sfruttare.

Un ragazzo cade dalla finestra di un ospedale dove è ricoverata la madre morente e s'infetta con la kryptonite. Assume così il potere di ridurre in cenere chiunque con il suo tocco e decide di usarlo per non far soffrire più i malati terminali. Quando tocca al padre di Whitney, Clark...

Nel tentativo di avere una vita normale, Clark si fa convincere da Pete a candidarsi come rappresentante di classe. I suoi avversari, però, vengono uccisi da uno sciame di api assassine e il giovane Kent inizia a indagare fra gli altri candidati. Lana intanto scopre che il Talon sta per chiudere.

L'ex fumettista della Smallville High, Justin, perde l'utilizzo delle mani dopo un drammatico incidente, ma sviluppa la capacità di muovere gli oggetti col pensiero. Chloe, sua vecchia amica, finisce per cadere nelle sue braccia nonostante gli avvertimenti di Clark. Il padre di Whitney muore proprio quando Lana voleva lasciare il ragazzo.

Un'esplosione provoca una piogia di rocce di kryptonite che ricadono su Lana, che così acquista il dono di vedere la realtà attraverso gli occhi di altre persone. La ragazza vede così l'amica Chloe in pericolo e chiede aiuto a Clark. Intanto Lex trova un pezzo dell'astronave con cui Clark è atterratto anni prima.