Clark viene trasportato nella Fortezza della Solitudine, ma viene raggiunto da Chloe. Il ragazzo si trova a dover scegliere tra l'addestramento di Jor-El o salvare la vita all'amica ormai prossima all'assideramento. Lana intanto affronta Nam-Ek e Aethyr, due alieni kryptoniani che sono usciti dall'astronave alla ricerca di Kal El.

Clark si ritrova senza poteri a causa della mancata promessa fatta a Jor-El. Questo, però, gli permettere di vivere finalmente la sua relazione con Lana. Intanto tre individui pericolosi fuggono da Belle Reve con l'obiettivo di costringere Clark a rubare un siero custodito nel misterioso "Livello 3".

Clark e Lana passano la notte insieme, ma vengono sorpresi dai genitori di lui. Nel frattempo Gabriel, un ragazzo che lavorava al Torch, ha intenzione di lanciare una testata atomica su Smallville per uccidere tutti i mutanti. Il ragazzo uccide Clark, ma Jor-El riesce a riportarlo in vita avvertendolo di un prezzo terribile: la vita che gli è stata donata verrà presto tolta a qualcun altro.

Un misterioso nuotatore di nome Arthur Curry salva Lois dall'annegamento. Vista l'inumana velocità sott'acqua, Clark indaga su di lui e scopre che il ragazzo è venuto a Smallville per impedire a Lex di mettere a punto un'arma sottomarina, il Leviatano.

La nuova direttrice del "Daily Planet" sfida Chloe a portarle una storia che valga la pubblicazione. Intanto Lana è stata accettata dall'università di Metropolis ed entra in una associazione studentesca, ma non sa che le ragazze che ne fanno parte sono dei vampiri. Con l'aiuto di Fine, Clark e Chloe scoprono che le ragazze sono state contagiate da una forma di rabbia derivata da una tossina, prodotta dalla Luthorcorp.

Chloe e Lois indagano sulla morte di una ragazza che aveva alcune importanti rivelazioni da fare. Clark intanto investiga per scoprire chi sta infangando la reputazione del senatore Jake Jennings, vecchio amico del padre, ma scopre che le insinuazioni sul politico non sono inventate.

Lana riceve un pacco con dentro un frammento di meteorite d'argento. Dopo averlo preso in mano, Clark si graffia e questo gli provoca una serie di illusioni paranoiche che lo inducono a credere che tutti si siano messi contro di lui. Lex mostra a Lana la nave spaziale dentro l'hangar.

Dopo un improvviso svenimento, Martha comincia a sentirsi molto male e sul suo corpo compaiono delle strane macchie. Fine cerca di convincere Clark che Jor-El è il responsabile di quanto sta accadendo e che l'unico modo per salvarla è distruggere la Fortezza della Solitudine.

Lex riceve alcune informazioni che potrebbero distruggere la vita di Jonathan Kent. Il ragazzo viene però ferito a morte durante un tentativo di rapina. Finito in uno stato comatoso, il giovane Luthor vive una seconda vita in cui è assieme a Lana, felice nonostante abbia riunciato ai suoi beni. Al termine del "sogno", compare la madre che gli dice che questa potrebbe davvero essere la sua vita, se solo...

Jonathan viene aggredito da un gruppo di fanatici sostenitori di Lex, i quali sono decisi a tutto pur di condurre il loro candidato alla vittoria. Una di loro decide di uccidere Jonathan durante un comizio, ma non ha fatto i conti con la tenace Lois.

Flynn, l'unico poliziotto sopravvissuto della squadra sterminata dai kryptoniani, irrompe nella villa di Lex per farsi condurre all'astronave e prende in ostaggio Lana. Jonathan intanto scopre che i nuovi fondi per la sua campagna elettorale provengono da Lionel Luthor.

Dopo averle finalmente rivelato il suo segreto, Clark chiede a Lana di sposarlo e la ragazza accetta. La sera stessa, mentre viene eletto il nuovo senatore, Lana muore in un incidente stradale. Clark supplica Jor-El di aiutarlo a salvare la ragazza e così torna indietro nel tempo. Per una vita che viene donata, però... una vita verrà presa.

Una ragazza di nome Andrea, sottoposta ad un trapianto di cuore, ha ricevuto l'organo da una delle vittime della recente pioggia di meteoriti. Ora la giovane lavora per il Daily Planet, mentre di notte lotta per il bene come una sorta di angelo vendicatore.

Chloe viene posseduta dallo spirito di Gretchen, una ragazza uccisa anni prima da un serial killer. Quest'ultimo, scoperta la cosa, fa prigioniera Lois e la stessa Chloe che era corsa in aiuto della cugina. Martha decide di prendere il posto del marito Jonathan al senato.

Il giovane Victor Stone viene salvato dalle conseguenze di un incidente stradale ed usato come cavia per il "Progetto Macchina", la costruzione di un individuo cybernetico. Clark aiuta Victor a scappare dall'ospedale e a ricongiungersi con la sua fidanzata. Martha intanto...

Clark viene ipnotizzato da Simone, una donna assunta da Lex per far separare il ragazzo da Lana. Clark perde il controllo delle sue azioni e viene sorpreso da Lana mentre è a letto proprio con Simone. Chloe e Lois scoprono l'inganno, mentre Lex raggiunge Fine in Honduras.

Uno studente di medicina sta conducendo alcuni esperimenti su di un siero che, se inoculato, crea uno stato di morte apparente e consente di incontrare le persone amate che sono morte. Lana si rivolge al ragazzo per poter vedere i suoi genitori, ma diviene schiava delle emozioni provate. Clark e Lex accorrono in suo aiuto, ma vengono punti col siero...

Una bambina che possiede la straordinaria abilità di frantumare il vetro con la forza del pensiero è sospettata di essere la responsabile della morte della donna che l'aveva in affidamento. Lois investiga sul caso e scopre la verità sulla madre della piccola. Intanto Lex e Lana si avvicinano come non mai.

Un uomo mascherato, in cerca di vendetta, prende in ostaggio Lionel e Martha e li costringe ad affrontare una serie di prove sempre più difficili per sopravvivere. Allarmati dalla scomparsa dei rispettivi genitori, Clark e Lex si mettono sulle loro tracce.

Clark salva la vita di un uomo che in seguito vorrebbe ripagare la gentilezza del giovane Kent. Questi, che è un famigerato killer che si fa chiamare il Camaleonte, decide di uccidere Lex per consentire a Clark di tornare insieme a Lana. Intanto il giovane Kent scopre che Chloe sapeva della relazione tra Lex e Lana.

Clark vede il fantasma di suo padre che gli ordina di uccidere Lionel. In realtà non si tratta di Jonathan, ma di Milton Fine. Chloe traduce per Clark alcuni scritti kryptoniani di Lionel dai quali si evince che Zod sta per giungere sulla Terra.