Gettato nella Phantom Zone, una prigione Kryptoniana creata da Jor-El, Clark si trova senza poteri e circondato da criminali alla ricerca di vendetta, scacciati proprio da suo padre. Zod intanto è entrato nel corpo di Lex, progetta di trasformare la Terra in un nuovo Krypton e vuole usare Lana per creare un suo erede.