Clark si sente finalmente pronto e decide di iniziare l'addestramento all'interno della Fortezza. Prima però Jor-El insiste chiedendogli di tornare a Metropolis e chiudere i rapporti con Lois una volta per tutte. Lois ricompare in città senza alcuna memoria degli eventi che ne hanno portato alla scomparsa.

Un uomo, dopo un incidente che lo ha visto investito da un camion, si risveglia in un appartamento trasformato in una sorta di cyborg, e con un potente cuore di kriptonite trapiantato nel petto. Lois finisce tra le grinfie dell'uomo (Metallo) che la rapisce, utilizzandola come esca per attirare la sentinella di Metropolis.

Zod e il suo esercito rilasciano sulla città di Metropolis un letale virus che ha il potere di trasformare gli esseri umani in zombie, l’unica cura possibile consiste in un antidoto estratto dal sangue di un kryptoniano. Dopo che anche Lois viene infettata, Chloe cerca di convincere Clark a donare il suo sangue.

Cassidy costringe Oliver a presenziare al galà delle Queen Industries allo scopo di tranquillizzare la commissione, ma le cose si complicano quando al party si presenta il Giocattolaio con un bomba pronta ad esplodere ed un piano per vendicarsi di Oliver.

Una donna costringe Oliver ad un gioco molto pericoloso e in seguito muore. La polizia crede che Oliver sia il responsabile della sua morte e lo arresta. Nel frattempo Lois ha un confronto con Clark riguardo al tentativo di suicidio di Oliver.

Mentre Oliver decide di addestrare e togliere dalla strada la giovane e ambigua Mia alias Speedy, Lois chiede a Clark di aiutarla con il nuovo lavoro di conduttrice; i due resteranno di stucco quando l’emittente offrirà loro la possibilità di lavorare in coppia.

Il kryptoniano Jor-El arriva in città e incontra Chloe. Nel frattempo Zod chiede aiuto a Tess per aiutarlo nella ricerca di Jor-El. Clark, venuto a conoscenza della situazione, cerca allora di anticipare i due mettendosi sulle tracce del padre.

I gemelli Zan e Jayna, dotati di superpoteri, arrivano a Metropolis con la ferma intenzione di aiutare il Blur, ma i loro interventi finiscono sempre in qualche pasticcio cui Clark deve porre rimedio. Clark però decide di dare il merito delle sue azioni ai due fratelli in modo da distogliere l’attenzione dei media sulla sua missione.

Tess rapisce Lois con la ferma intenzione di scoprire dove ha passato le due settimane in cui è scomparsa; una visione scaturita dalla memoria di Lois mostra un futuro in cui Metropolis è in mano a Zod e Clark è senza più poteri a causa di un sole divenuto completamente rosso.

Il passato torna a tormentare Oliver sotto forma dell'Arciere Oscuro, un suo ex insegnante che prende di mira Lois e Chloe. Clark corre subito in suo aiuto per impedirgli di commettere un altro imperdonabile errore.

Un uomo misterioso rintraccia Chloe dicendole di sapere tutto sulla sua squadra di supereroi e di aver bisogno del loro aiuto. Purtroppo prima di spiegare le sue motivazioni e di rivelare la sua identità viene ucciso da Icicle.

Clark incontra Zatanna ad una convention di fumetti e la ragazza gli parla di un fumetto dal titolo Warrior Angel che secondo il padre avrebbe dei poteri magici. Un ragazzo di nome Stephen ruba il fumetto in questione che gli dona dei superpoteri tramutandolo in Warrior Angel.

Clark viene a contatto con della kryptonite in grado di esprimere i suoi desider. Si ritrova a parlare con Lois e involontariamente le confessa che vorrebbe per loro una relazione più tradizionale. Subito dopo la ragazza si licenzia dal Daily Planet, si trasferisce da Clark e comincia ad organizzare il loro matrimonio.

Bernard Chisholm, un dottore morto e riportato alla vita dai Kandoriani per compiere esperimenti su di lui, fugge e ne rapisce alcuni per riuscire a provare che gli alieni hanno invaso la Terra. L'uomo cerca di convincere Lois a scrivere una storia che dimostri ciò che sostiene.

Clark e Lois decidono di trascorrere una tranquilla vacanza romantica fuori città, ma i loro piani saltano rovinosamente quando i due ragazzi incontrano Chloe e Oliver nello stesso Bed & Breakfast in cui avevano prenotato una camera.

Tess escogita un piano elaborato per prendere Green Arrow e portarlo da Amanda Waller, spiegandogli che che il governo lo sta reclutando per servire il suo paese. Tuttavia Green Arrow fugge prima che possa rivelargli la sua vera identità.

Clark si è ormai deciso a rivelare tutti i suoi segreti a Zod. Appena vengono a conoscenza di questa sua intenzione, Tess e Chloe cercano in tutti i modi di fermarlo, anche mandando Corben a parlare e confrontarsi con lui.

Lois indaga sulla sospetta scarcerazione anticipata dell’ex-procuratore distrettuale della città; durante un confronto con quest’ultimo viene minacciata con una pistola, il Blur interviene per salvarla finendo però in alcune foto scattate da un ragazzo.

La repentina irruzione di Tess nella Watchtower attiva un elaborato sistema di sicurezza ideato da Chloe che imprigiona le due donne. Un’ulteriore intrusione nella banca dati costringe poi Chloe ad attuare drastiche contromisure.

Clark resta molto sorpreso quando la madre arriva a in visita a Smallville in compagnia del suo nuovo fidanzato Perry, il quale sembra avere molto in comune con Lois: entrambi infatti sono sulle tracce della misteriosa Regina Rossa.