Lois trova il copro senza vita di Clark e rimuove la kriptonite blu, permettendogli di curarsi in autonomia. Decide comunque di andarsene prima che lui riprenda conoscenza, in modo da non rivelare il suo segreto. Nel frattempo Chloe cerca Oliver in tutti i modi.

Dopo la partenza per l'Egitto di Lois il Daily Planet assume un'altra reporter chiamata Kat Grant al suo posto. Un assassino prende di mira la nuova arrivata ma Clark crede che il misterioso uomo abbia altri piani in mente.

Clark rimane sorpreso quando scopre che Kara è tornata sulla Terra, sostenendo che è stato Jor El a portarla per fermare le forze del male. Nel frattempo Lois ha un faccia a faccia con un DJ radiofonico che ha lanciato una crociata contro gli eroi della città.

Nel tentativo di tirare su il morale a Clark, Lois lo convince a presentarsi con lei alla rimpatriata delle scuole superiori. La visita porterà Clark a ricordare i tempi passati durante la sua adolescenza. Nel frattempo Brainiac 5.0 torna dal futuro con alcune rivelazioni.

Lois decide di rivelare a Clark di conoscere già la sua identità segreta, ma prima di poterlo fare attiva per sbaglio un artefatto antico che la fa diventare Isis, una dea dai poteri straordinari. Oliver e Clark decidono allora di chiedere aiuto a Tess per risolvere la situazione.

Clark è preoccupato per l'incolumità di Lois e per questo cerca di farle cambiare idea riguardo alla storia su cui scrivere un articolo. Lois gli assicura di saper badare a se stessa, ma un inaspettato evento metterà la vita della ragazza in serio pericolo.

Il Generale e Lucy Lane decidono di fare una sorpresa a Lois presentandosi per la cena del Ringraziamento. Dopo una partenza in salita Clark e il Generale iniziano a prendere confidenza. Nel frattempo Flagg elabora un piano per uccidere il Generale.

Dopo aver visto un video della madre morta, Lois va nella Fortezza per fare qualcosa che cambierà il destino della sua vita. Nel frattempo Clark e Tess indagano su un misterioso orfanotrofio legato al passato della ragazza, in cui lavora una direttrice malvagia.

Oliver decide di registrarsi nel nuovo elenco di vigilantes stilato dal sindaco della città, in modo da proteggere i suoi compagni e scoprire qualcosa in più su cosa vuole veramente fare il governo con i supereroi che vigilano sulla città.

Tess viene in possesso di una misteriosa scatola che apparteneva a Lionel Luthor. Clark accidentalmente attiva il marchingegno e viene trasportato in un universo parallelo. In questo universo Clark è considerato un assassino e Lois è fidanzata con Oliver.

Green Arrow viene attaccato da alcuni civili. Clark scopre che gli assalitori hanno tutti un tatuaggio oscuro. Nel frattempo Hall e Star Girl fanno il loro ritorno per aiutare Clark a risolvere una situazione molto intricata.

Clark, Oliver, Lois e Dinah vengono rilasciati dopo essere stati catturati al funerale di Hawkman. Tutti però sembrano avere dei flashback in cui Chloe li tiene imprigionati contro la loro volontà, e quindi iniziano a sospettare che la ragazza sia una traditrice.

Martha ritorna a Metropolis per dare un discorso contro la VRA, ma un cecchino attenta alla sua vita lasciandola in condizioni critiche. Gli amici di Clark cercano allora di consolarlo, mentre Lionel Luthor cerca di riprendere il controllo della LuthorCorp.

Chloe e Oliver vengono scambiati per due agenti dell'FBI e per questo vengono rapiti dagli uomini di Desaad, convinto che i due lo stessero pedinando. Nel frattempo Lois suggerisce a Clark di adottare qualche stratagemma per nascondere la sua vera identità.

Dopo che Zatanna consegna a Clark e Lois una bottiglia di champagne dai poteri magici per la loro festa, tutto il gruppo sviene dopo il brindisi, risvegliandosi il mattino dopo senza ricordare nulla di ciò che è successo la notte precedente.

Lionel e Tess si scontrano in un faccia a faccia per decidere chi potrà portare avanti il nome della dinastia dei Luthor. Nel frattempo Clark e Lois rimangono scioccati da Tess, che decide di fare un regalo ad entrambi.

Clark trova una misteriosa scatola nella stalla. Clark Luthor lo sorprende e lo manda in una realtà alternativa, dove Clark incontra un Jonathan Kent molto arrabbiato. Nel frattempo Lois cerca di riportare indietro Clark.

Un nuovo supereroe arriva a Metropolis, salvando molte persone e presentandosi sempre trionfante alle conferenze stampa per lui organizzate. L'uomo vuole diventare il nuovo supereroe della città e per farlo cerca anche di sedurre Lois, convincendola a scrivere un articolo su di lui.

Tess scopre che il Generale Slade è stato ritrovato, incosciente, in un angolo della strada, a prova del fatto che qualcuno è riuscito ad accedere alla Zona Fantasma e a riportarlo indietro. Clark decide allora di tornare nella terra d'esilio per risolvere la delicata situazione.

Clark porta Lois alla Fortezza per ottenere la benedizione di Jor-El per il loro matrimonio. Jor-El dà uno splendido regalo di nozze alla coppia: offre a Lois i poteri di Clark per un giorno, così che possa vedere come si sente un supereroe.

La lunga e fantastica storia di Clark Kent giunge al suo apice nell'epico finale della serie, in cui Clark compie l'ultimo passo per incontrare il suo destino. Per l'occasione ritornano anche molte persone del suo passato. Prima parte di un finale di due ore.