Clark affronta Bizarro, l'ultimo fantasma della Phantom Zone. Lex, incolpato dell'omicidio di Lana, rimane imprigionato nella sua macchina sotto l'acqua, ma viene salvato da una misteriosa bionda dai superpoteri. Lois cerca di salvare la cugina Chloe, in fin di vita, portandola di corsa all'ospedale.

Clark e Lois scoprono un'astronave, ma la misteriosa Kara li mette fuori combattimento. In un secondo confronto, si scopre che Kara è la cugina kryptoniana di Kal-El e così questi le propone di vivere alla fattoria. Clark decide di andare alla Fortezza della solitudine per l'addestramento, mentre Lex scopre una verità sconvolgente sull'incidente occorso a Lana.

Clark cerca di convincere Kara ad adattarsi alla nuova vita, ma la cugina decide di concorrere al concorso di Miss Pannocchia. Tre modelle con superpoteri derivati dalla pioggia di meteoriti si vogliono appropriare del tesoro di Smallville. Jimmy convince Chloe a ricominciare con i suoi studi sui "Meteor Freak".

Chloe scopre che esiste un medico in grado di curare la sua "particolarità" derivata dalla pioggia di meteoriti. Per essere curata, però, è costretta a perdere gli ultimi anni di memoria. Clark riceve la visita di John Jonzz che lo mette in guardia da Kara. Quando questa li sente decide di volare via. Nel frattempo si scopre che il dottore in realtà è un assassino immortale che vuole tenere in vita la sua amata grazie alla kryptonite.

A Smallville stanno girando un film e Clark si trova costretto a salvare la vita della protagonista, vittima di un attentato. Nel frattempo Lionel si sveglia in una casa e scopre di essere tenuto prigioniero da una donna che pare conoscerlo molto bene. Lana è gelosa della nuova amiciza di Clark, ma questi è intento a scoprire un suo "ammiratore".

Clark scopre che Kara è a Washington alla ricerca del cristallo kryptoniano. Con l'aiuto di Chloe e Lionel cerca di fermarla. L'amica intanto scopre che Lana sta tenendo Clark all'oscuro di una sua attività. Kara non trova il cristallo e crede che sia stato Lex a prenderlo.

Un fulmine colpisce Clark e Lana (che ha in mano un pezzo di kryptonite trovata sul terreno). La ragazza ottiene così i poteri di Clark, ma viene a galla il lato più oscuro di lei, ancora profondamente ossessionato da Lex. Clark inizierà a fidarsi meno di Lana?

Il cristallo che Clark ha rubato si illumina e il futuro Superman decide di andare alla fortezza della solitudine per scoprire cosa fare. Una volta lì, riesce a far rivivere la madre kryptoniana Lara, che abbraccia per la prima volta, ma con lei torna in vita anche il perfido Zor El. Questi mette un anello blu a Clark e gli toglie i poteri.

Per vendicarsi di Lex un uomo convince Lois a scrivere un articolo minacciando di uccidere Chloe. Clark torna dalla Fortezza della Solitudine e chiede a Lana di mostrargli tutto quello che ha scoperto sui traffici di Lex. Chloe intanto rimane imprigionata in un ascensore con Jimmy.

Chloe si accorge di alcuni strani comportamenti di Clark e inizia a indagare su di lui, pur non sapendo che al posto dell'amico si cela Bizarro. Questi intanto chiede l'aiuto di Brainiac. Il fratello di Lex, Julian, si rivela a Lionel.

Green Arrow sabota alcuni progetti di Lex Luthor. Questi, stufo delle troppo frequenti intromissioni, assolda una super vigilante per eliminare i propri nemici. Si tratta di Black Canarin che scopre il segreto di Green Arrow proprio mentre sta con Lois.

Lex rintraccia Kara, che ha perso la memoria, a Detroit e decide di andarla a prendere. Un maniaco che si è innamorato della ragazza kryptoniana fa di tutto per fermare Lex e lo colpisce a morte. Per ritrovare la cugina e Lois, Clark deve entrare nella mente di Lex, che è finito in coma, Chloe è costretta a prendere una difficile decisione.

Pete torna a Smallville e scopre con sorpresa le novità. Una volta risolti i problemi con Clark, il ragazzo deve fare i conti con una super abilità che ha sviluppato. Intanto Lex riesce a convincere con astuzia Kara a non fidarsi più di Clark e Lana.

Lionel ha rapito e imprigionato Clark, ma riesce a far credere a Lana e Chloe che è Lex il responsabile. Le due ragazze riescono a mettersi in contatto con Jor-El per chiedergli di ridare memoria (e quindi super poteri) a Kara.

Per riuscire ad avere la meglio su Brainac, Clark deve imparare a gestire un nuovo super potere. Ad aiutarlo, però, c'è Kara. Le vite dei loro amici sono messe in serio pericolo.

Lex scopre che il padre Lionel ha la seconda chiave che gli permetterebbe di aprire il cofanetto e scoprire i segreti di Veritas. Combattendo il suo lato buono, il giovane Luthor non esita a prendere una decisione definitiva. Clark non fa in tempo a fermare il suo folle piano. Il lato oscuro di Lex esce in tutto il suo "splendore".

Mentre Clark si mette alla ricerca di Brainiac per costringerlo a fare il suo dovere e aiutarlo a salvare Lana, e Jimmy viene costretto dal governo a indagare su Chloe e le sue ricerche misteriose. Il fotoreporter si mette nei panni di un novello 007 e...

Clark inizia a chiedersi se non fosse stato meglio che non arrivasse mai sulla Terra, con Lana ancora in come e Kara tenuta prigioniera da Braniac. Lo spirito di Jor-El lo trasporta quindi in una realtà alternativa che gli mostra come sarebbe Smallville senza di lui.

Dopo che Lex viene attaccato da un misterioso personaggio, lui e Clark scoprono l'identità dell'ultimo membro di Veritas sopravvissuto, quello che conosce il segreto per controllare il Traveler.