John Armstrong, un ragazzo che lavora come fattorino per un negozio di cartoleria, è il primo sospetto per alcuni omicidi avvenuti per soffocamento all'interno dei bagagliai di alcuni furgoni. Nel frattempo Ted e Crews cercano di rintracciare l'unica sopravvissuta agli eventi che hanno portato Charlie in prigione.

Charlie e Dani investigano sulla morte di un padre di famiglia che viene trovato sul fondo di una piscina vuota, legato ad una sedia e picchiato selvaggiamente. Il capitano Tidwell è convinto che si tratti di semplice violenza di strada. Nel frattempo Ted riceve una visita inaspettata dal padre di Dani.

Viene ritrovato il cadavere congelato di uno scienziato, e i primi sospetti ricadono su un gruppo di animalisti che già in passato avevano protestato per le ricerche dello scienziato. Crews nel frattempo cerca di trovare prove del coinvolgimento di Jack Reese nel complotto ai suoi danni.

Un esperimento di un'università finisce in tragedia: uno degli studenti che vi partecipava muore. Crews e Reese indagano per cercare il killer. Nel frattempo, Crews cerca indizi che legano Jack Reese al "suo" caso, mentre Karen Davis torna per un giorno nel suo vecchio ufficio, ora occupato da Tidwell.

Un uomo viene ucciso sul posto di lavoro e le indagini portano alla sua compagna. Crews e Reese scoprono allora che l'uomo era coinvolto in un triangolo amoroso online, e vanno alla ricerca del misterioso terzo partecipante. Nel frattempo Charlie continua a monitorare la vita di Jack in cerca di indizi.

Un terremoto crea disordini a Los Angeles, e Crews e Reese sono costretti ad inseguire un fuggitivo che avevano arrestato un anno prima. Prima lo cercano per proteggerlo da degli assassini, in seguito capiscono che non è lui la vittima. Ted rimane ferito nel corso del terremoto.

Crews investiga sulla morte di una donna che viene trovata seduta su un tavolo apparecchiato per due e preparato per una cena romantica. Attraverso le indagini scopre poi che la donna aveva vinto alla lotteria di recente, e che partecipava a degli incontri per vincitori milionari.

Charlie e Dani investigano su un omicidio avvenuto in un grande magazzino in una giornata dedicata allo shopping. In un momento di confusione il cadavere scompare, e la polizia deve dunque mettersi a cercare sia il corpo che l'assassino. Nel frattempo Crews riceve una visita inaspettata da un agente dell'FBI.

Un trafficante di droga e un'insegnante vengono ritrovati morti. Crews e Reese scoprono che la maestra era una "badge bunny", una donna che usciva solo con poliziotti, e per questo decidono di sondare la pista della polizia. Nel frattempo Ted risolve il problema di recuperare studenti per le sue lezioni grazie ad Olivia.

Un vice-sceriffo viene ritrovato morto in una riserva indiana; Crews e Reese si ritrovano nel mezzo di una diatriba tra la polizia del posto e il dipartimento. La squadra dunque si trasferisce nel deserto per far chiarezza sulla situazione. Nel frattempo, Crews va ad una festa organizzata da Mickey Rayborn.

Un fattorino viene ritrovato morto in un appartamento. La cosa strana è che la testa dell'uomo è ricoperta di petali e da una certa distanza la vittima sembra essere un enorme fiore. Crews e Reese credono che l'omicidio sia collegato ad un cult degli anni '70. Nel frattempo, Crews si confronta con Mickey Rayborn riguardo al suo ruolo nel complotto.

La squadra investiga sull'omicidio di tre russi collegati al mafioso Roman Nevikov; Crews ritiene che il caso sia legato anche al complotto ai suoi danni. Nel frattempo, Crews spara ad un intruso che si rivela una persona conosciuta, mentre Reese torna sui suoi vecchi errori.

La squadra investiga sulla morte di un pilota della NASA in pensione. I sospetti sembrano essere il figlio della vittima e il suo partner di lavoro. Charlie si concentra sul fatto che il pilota stava per pagare ai russi 35 milioni di dollari per andare nello spazio. Nel frattempo, Tidwell cerca di aiutare Crews a ricordare chi gli abbia sparato.

La squadra investiga sulla morte di un cantante di una band heavy metal, trovato morto soffocato. Interrogando gli altri membri del gruppo Charlie e Dani scoprono che la vittima non andava d'accordo con l'ex leader della band. Nel frattempo, Crews scopre che il matrimonio tra Olivia e suo padre è stato annullato.

Charlie e Dani devono risolvere il cado di un omicidio avvenuto in una casa a cui manca il tetto. Le indagini sembrano non portare a nulla perché tutti i sospettati hanno avuto pochissime relazioni con la vittima. Nel frattempo l'indagine personale di Charlie si complica con un omicidio inaspettato e Ted incontra sua figlia.

Crews deve indagare su un omicidio operato in maniera brutale. Tutti gli indizi portano a Claudia, una killer misteriosa che nessuno è mai riuscito ad arrestare. Nel frattempo, Reese si sottopone ad alcuni test prima di entrare ufficialmente nell'FBI.

Un uomo viene ritrovato morto per accoltellamento nei pressi di una spiaggia e sembrano non esserci testimoni dell'assassinio. La vittima era un soldato tornato da poco dall'Iraq. Crews si chiede subito come sia possibile che un militare ben addestrato possa farsi sorprendere da una pugnalata in pieno petto.

Crews e Ted discutono sulla possibilità che la morte di Rayborn fosse tutto un trucco per poter permettere all'uomo di uscire di scena senza sospetti. Nel frattempo Crews fa la conoscenza della sua nuova partner (che sostituisce Reese), l'affascinante Detective Jane Seever.

Un omicidio tocca molto da vicino il dipartimento, visto che uno dei principali sospettati è il collega di un coroner. Nel frattempo Ted continua ad avere problemi nella sua relazione con la figlia Ann, che gli rivela una notizia inaspettata.

Crews e Seever indagano sulla morte della moglie di un politico uccisa in casa propria con un colpo di pistola. I detective scoprono poi che la donna era un'attivista e aveva intrapreso una dura battaglia per fermare il traffico di armi nella regione.