Il morale dell'equipaggio della Voyager raggiunge i minimi storici quando l'astronave si trova ad attraversare una zona di vuote siderale, senza stelle né pianeti nel raggio di molte migliaia di anni luce.

Un errore del teletrasporto sulla Voyager porta alla fusione tra i circuiti dell'oloemettitore portatile del Dottore e le nanosonde provenienti dal corpo di Sette di Nove. Il risultato è una specie di drone Borg.

Al fine di recuperare una sonda rimasta intrappolata in una pericolosa atmosfera, Tom Paris progetta un nuovo tipo di navicella spaziale. Nel frattempo, B'Elanna comincia a mostrare uno strano comportamento quando sul ponte ologrammi non prende le dovute misure di sicurezza.

L'equipaggio della Voyager scopre una riproduzione del quartier generale della Flotta Stellare fatta dalla specie 8472. Essa è usata dagli alieni per esercitarsi e preparare un attacco nel Quadrante Alfa.

Neelix si prende cura di Naomi Wildman mentre sua madre si trova in missione. Arrivano però brutte notizie: sembra che la nave a bordo della quale Samantha, Tuvok e Paris viaggiavano sia precipitata e non si sa se siano sopravvissuti.

La Voyager utilizza una nuova tecnologia di propulsione slipstream nel tentativo di tornare a casa, ma le cose non vanno come dovrebbero. Quindici anni dopo, gli unici sopravvissuti sono Chakotay e Kim che cercano di inviare un messaggio nel passato.

Dopo essere entrata in contatto con una tecnologia Borg che permette di mettere in collegamento le menti di diversi droni, Sette di Nove inizia a mostrare i tratti di varie persone che in passato aveva assimilato.

Quando una creatura aliena si inserisce nel sistema nervoso di B'Elanna, Il Dottore cerca di trovare un rimedio creando la figura olografica di un esperto. Tuttavia, quando B'Elanna scopre di più sul passato dell'esperto, essa decide di rifiutare le cure.

Paris continua a disobbedire ad un ordine diretto quando egli decide di insistere nel tentativo di aiutare una popolazione su un pianeta che è in pericolo e che sta diventando inabitabile per i suoi nativi.

Janeway deve escogitare un modo per nascondere i telepati che fanno parte dell'equipaggio e i 12 rifugiati che la Voyager ha accolto; l'astronave sta infatti attraversando una parte di spazio controllata da una specie che considera coloro che hanno poteri telepatici fuori legge.

Il Dottore scopre che c'è qualcosa che non funziona nella sua memoria a breve termine e avvia per questo un'indagine per scoprire il colpevole. Quando questi viene alla luce, Il Dottore è scioccato di scoprire la sua identità e le sue motivazioni.

Alcune forme di vita fotoniche scambiano per errore i personaggi immaginari del ponte ologrammi per personaggi della vita reale. Questo errore di valutazione porta a una vera e propria guerra contro il ponte ologrammi.

Una singolarità gravitazionale fa precipitare la navetta su cui si trovano Tuvok, Paris e Il Dottore su un pianeta, dove essi conoscono e fanno amicizia con un alieno precipitato lì anni prima. I tre iniziano anche a rassegnarsi all'idea di non essere salvati.

L'equipaggio è in stato di agitazione quando scopre un tunnel spaziale che sembra portare direttamente alla Terra. Tutti iniziano a comportarsi in maniera irrazionale e Sette di Nove è l'unica che cerca di salvare i colleghi da quella che teme sia una trappola.

Dopo aver sconfitto in battaglia una nave Borg, Janeway decide di lanciare un attacco contro una sfera Borg per trafugare la tecnologia di transcurvatura presente a bordo. Il problema è che sembra che i nemici siano al corrente dell'intero piano...

La Regina Borg accoglie nel Collettivo Sette di Nove, che ora viene inserita come individuo e non più come drone. I Borg sperano così che la sua presenza possa aiutarli ad assimilare la Terra. Nel frattempo sulla Voyager si cerca di integrare il sistema di transcurvatura.

La Voyager va in aiuto della specie aliena dei Varro, una razza fortemente xenofoba. Harry Kim, violando le disposizioni della Federazione in materia di sicurezza e salute nei rapporti con altre specie, intrattiene una relazione con una degli alieni.

Il Capitano Janeway sancisce ufficialmente il matrimonio tra Torres e Paris, ma ben presto, dopo il matrimonio, tutti i membri dell'equipaggio iniziano a disintegrarsi a livello molecolare fino a morire.

La Voyager si trova intrappolata in una regione di spazio caotico, dove le leggi della fisica sono in continuo cambiamento. Nel frattempo Chakotay inizia ad avere allucinazioni che sembrano collegate al programma olografico che stava utilizzando.

La Voyager viene intrappolata senza avere nessuna via d'uscita da una specie aliena conosciuta come Hazari. Presto però, un pensatoio alieno arriva sulla nave e fornisce una soluzione ai problemi: in cambio chiede di avere Sette di Nove.

La Voyager porta in salvo due membri dell'equipaggio di una nave malon abbandonata e fuori controllo. Le indagini rivelano che i sistemi di contenimento della nave, contenente rifiuti altamente tossici, stanno per cedere. B'Elanna guida una spedizione a bordo del cargo.

Il Dottore cerca di insegnare a Sette di Nove, che vuole imparare di più sulla socializzazione tra esseri umani, il concetto di appuntamento. Nel frattempo Neelix è impegnato in una delicata missione diplomatica.

Janeway rivive la storia di una sua lontana antenata: Shannon O'Donnell. Essa è vissuta alla fine del 20emo secolo e aveva in mente un progetto molto ambizioso: la costruzione di un edificio imponente chiamato Millenium Gate.

Sette di Nove viene reclutata dal capitano della Relativity, una nave temporale del 29emo secolo, per andare indietro nel tempo e riuscire a salvare la USS Voyager dalla distruzione sicura per mano di uno sconosciuto.

Un missile alieno dotato di intelligenza artificiale prende il controllo del sistema del Dottore e insiste sul fatto che gli venga consentito di portare a termine il suo piano che ha come obiettivo una distruzione di massa.