È passato esattamente un anno dall'apparente morte di Joe Carroll quando un gruppo di suoi seguaci non si dà per vinto e decide di uccidere nuovamente in nome del loro leader. Mike viene chiamato dall'FBI per collaborare, così come Ryan, ma quest'ultimo decide di non voler avere niente a che fare con le nuove indagini, adesso che ha ritrovato un equilibrio nella sua vita e carriera come docente.

Mentre Max cerca di convincerlo a rivolgersi all'FBI, Ryan riceve una telefonata da Luke, uno dei due gemelli, che cerca di attirarlo verso l'ultima loro messa in scena, la scena del crimine dove hanno ucciso altre due persone. Nel frattempo, Joe cerca di condurre una vita tranquilla e in sordina insieme a Judy e Mandy, ma solo in attesa di qualcuno che disturbi la quiete.

Emma continua a cercare di mettersi in contatto con Carlos nel sospetto che Joe sia ancora vivo, mentre quest'ultimo dopo aver ucciso il reverendo si ritrova di fronte ad un bivio ed è costretto a lasciare la tranquilla vita in isolamento. Nel frattempo, Mike scopre le indagini che Ryan ha portato avanti per gli ultimi mesi, mentre l'ex detective nota un dettaglio non convincente nel racconto di Lily.

Una volta al sicuro, Lily cerca di far capire ad Emma quanto sia importante che Joeconsideri il loro rifugio un luogo tranquillo per lui e Mandy, e nel tragitto, il duo di fuggitivi fa tappa da una vecchia conoscenza del criminale. Nel frattempo, Ryan continua a scontrarsi con l'FBI e a proseguire con le sue indagini, che lo portano sulla scena di un crimine commesso da Gillian.

Ryan raggiunge Max a Stratford, capolinea di Gillian, ed insieme la seguono riuscendo a renderla innocua ed immobilizzarla in modo da farle confessare dove si trova Joe. Quest'ultimo chiede perdono ad Emma per non essersi tenuto in contatto e le rivela di avere un piano. Nel frattempo, Lily si rende conto di quanto la ragazza possa essere un ostacolo al suo obiettivo.

Max convince finalmente Ryan a coinvolgere l'FBI, ma Mike decide di aiutarli da solo quando si accorge della possibilità che Carroll abbia una spia all'interno dell'agenzia. Nel frattempo Lily suggerisce a Joe il suo piano, che prevede una fuga in Venezuela, ma i piani non vanno come dovrebbero quando Luke decide di ricorrere alla vendetta personale per la morte di Giselle.

Ormai di nuovo in fuga, Joe decide di chiedere aiuto a Micah, a capo di un culto che, in cambio di protezione e rifugio, richiede un sacrificio umano. Nel frattempo, non sapendo che il figlio Luke è ancora vivo, Lily decide di vendicarsi facendo in modo che un noto serial killer - chiamato Il Cacciatore - rapisca la nipote di Ryan, Max. Quest'ultima però non è l'unico obbiettivo della donna.

Per cominciare a capire dove sia nascosto Joe, Ryan decide di seguire la pista che lo riporta sulle tracce del dottor Strauss, una vecchia conoscenza del fuggitivo, considerato da quest'ultimo suo mentore. Nel frattempo, Carrol, Emma e Mandy diventano ufficialmente membri del culto di Micah, sempre più desideroso di dare una svolta macabra al suo seguito.

Micah manda Emma ed altri due suoi discepoli in una missione omicida per spargere il suo verbo come Carroll ha fatto in passato. Nel frattempo, Ryan crede che Mendez sia la spia all'interno dell'FBI e le confessa i suoi sospetti, mentre Mike ha un segreto che tiene nascosto sia ad Hardy che a Max.

Mentre Joe si afferma ancora di più sul culto di Korban attraverso i sacrifici di sangue, Hardy vuole provocarlo rendendo pubblica la notizia dell'arresto di Arthur Strauss, il professore e dottore che è stato mentore del serial killer ai tempi della scuola. Nel frattempo, Claire diventa sempre più insofferente a causa dell'isolamento forzato e decide di voler vedere Ryan.

Mandy non è l'unica ad avere forti dubbi sulle intenzioni di Joe, ed Emma decide di porre rimedio ai quesiti che Robert pone al leader dopo che quest'ultimo ha permesso il sacrificio di una sua cara amica all'interno del culto. Nel frattempo, un nuovo gruppo di adepti uccide in nome di Carroll, ma Ryan scopre che l'ex professore non è il mandante di questa nuova follia omicida.

Mentre Mandy tradisce Joe raggiungendo il nascondiglio di Lily, l'ex professore decide di colpire Kingston Tanner, il pastore che ha pubblicamente condannato le sue azioni in nome di Dio. Nel frattempo, Ryan fa fatica ad accettare la presenza di Claire e - nonostante quest'ultima voglia aiutarlo a catturare l'ex marito - decide di lasciarla all'oscuro delle sue intenzioni.

Una volta infiltratosi nei rifugi del culto, Ryan decide di agire ma viene catturato dagli uomini di Joe. Nel frattempo, Claire cerca di convincere Carrie a trasmettere un messaggio da parte sua per l'ex marito, rendendo pubblica la sua falsa morte, mentre Max è preoccupata che Mike non abbia ancora affrontato il lutto per il padre e che cerchi solamente vendetta verso Lily.

Joe mette in atto il suo piano finale quando riesce ad attirare Kingston Tanner e prendere ostaggio un'intera chiesa durante la messa. Nel frattempo, dopo aver lanciato un criptico messaggio via Carrie Cooke, Claire si reca sul posto in cui pensa sia anche l'ex marito, quando in realtà Emma e Robert la stanno aspettando.