L'impiegato di un supermercato, Cameron, viene "attivato" per commettere l'omicidio di un testimone federale. Dopo aver compiuto l'uccisione, l'uomo non avrà alcuna nozione dell'accaduto. Vista la stranezza del caso, Don Wilson assegnerà l'indagine del caso al Dr. Rosen, uno psichiatra a capo di un team di persone con abilità straordinarie. Il team cercherà di rintracciare The Ghost, un Alpha con un'abilità simile a quella di Nina.

Il team di Alphas del Dr. Rosen deve rintracciare un ex paziente di questi, scappato durante un trasferimento da un ospedale all'altro. Quest'uomo, Marcus Ayers, è in grado di prevedere e controllare la causa ed il conseguente effetto di qualsiasi avvenimento. Il Dr. Rosen sembra essere l'obiettivo del fuggitivo. Intanto, Nina deve affrontare le conseguenze del passato e di scelte che qualcun altro ha preso al posto suo.

Il team deve rintracciare e fermare un Alpha con l'abilità di rilasciare feromoni e provocare sommosse tra i cittadini. Il Dr. Rosen cerca di ottenere completa fiducia da parte di Don Wilson; Cameron deve affrontare i problemi del divorzio; Rachel continua a ricevere pressioni sul matrimonio da parte dei genitori e Bill continua ad essere sotto esame.

Il team ha rintracciato Milos Koras, l'uomo che sembrerebbe responsabile per il tentato omicidio del Dr. Rosen. Milos gestisce le operazioni per conto della Red Flag, un gruppo di estremisti composto da Alphas. Per fermare l'uomo, Gary dovrà sfruttare la sua nuova amicizia con una giovane donna di nome Anna. Intanto, Nina si sente messa da parte mentre Cameron cerca di convincere Rosen a stare attento.

Il team è chiamato ad investigare una serie di morti sospette in Pennsylvania. Le vittime muoiono in seguito al completo fallimento degli organi interni. Intanto, Rachel, dopo un appuntamento andato male a causa della sua abilità, si sente particolarmente vulnerabile e, privata del rapporto con i suoi genitori, finirà per legare con la madre di una vittima.

Quando la figlia di un importante uomo d'affari viene rapita, Bill decide di approfittare dell'occasione per tornare nelle grazie dell'FBI. Aiutato da Gary, ed indipendente dal resto del team, Bill cercherà di risolvere il caso, ma le cose non andranno come previsto. Intanto, Nina deve affrontare ancora una volta i fantasmi del passato e Cameron l'aiuterà a fare chiarezza.

Quando una giovane Alpha, ex paziente del Dr. Rosen viene attaccata, il team cercherà di trovarla per aiutarla. Nina si sentirà divisa tra la persona che è ora e la persona che era prima di conoscere il Dr. Rosen, e cercherà di raggiungere un compromesso per aiutare Skylar. Intanto, Gary deve affrontare le decisioni della madre, alla quale ha detto la verità sul suo lavoro.

Ad un incontro degli Alcolisti Anonimi, Cameron fa la conoscenza di Jonas, un uomo con l'abilità di far sentire altre persone in paradiso. Dopo essere stato soggiogato, Cameron chiederà a Nina di partire con lui. Quando il Dr. Rosen si rende conto che i due mancano, si metterà alla loro ricerca. Intanto, Rachel deve affrontare ancora una volta la sua famiglia.

Nina e Cameron vanno sotto copertura per investicare un ostetrico sospettato d'avere legami con la Red Flag. Durante l'operazione, scoprono un esperimento medico che potrebbe risultare dannoso per il futuro di tutti gli Alphas. Intanto, Rachel percepisce una strana presenza nell'ufficio, senza però riuscire ad identificarla. Bill deve decidere cosa fare riguardo la sua abilità.

Nathan Cley è convinto che qualcuno, nel team di Alpha guidato dal Dr. Rosen, sia un traditore ed una spia per conto della Red Flag e che abbia dato informazioni per fare assassinare i tre predecessori di Lee. Inizia così una caccia alle streghe per cercare di individuare il colpevole. Ad un primo sguardo, ognuno degli Alpha sembra avere un movente.