Dopo aver assalito un gruppo di giovani, Reese viene preso in custodia dalla polizia insospettendo - con le sue capacità di difesa - il detective Carter. Finch userà le sue risorse per scarcerarlo e reclutarlo nella sua personale lotta contro il crimine e in particolare contro dei poliziotti corrotti con a capo il detective Fusco.

Il software fornisce il nome il nome di un'adolescente cui si presume uccisa insieme a tutta la famiglia nonostante il corpo non sia mai stato trovato e Finch è convinto che sia ancora viva. Intanto il detective Carter continua a seguire le tracce che la conducono a Reese che nel frattempo si informa sul passato e sul presente del suo "socio",

Il software elabora il nome di un ex soldato in congedo costretto ed entrare in un giro criminale per saldare i suoi numerosi debiti, quindi Reese si trova in costretto ad infiltrarsi nella banda e a prendere parte alle rapine per scoprire perché si trova in pericolo. Tutto questo mentre le indagini del detective Carter la avvicinano sempre di più a scoprire chi sia il misterioso uomo in completo.

Mentre Carter, insospettita da dei video di sorveglianza, va da Finch per fargli delle domande, il nome elaborato dal software è quello di una giovane dottoressa, Megan Tillman, apparentemente minacciata da uno stalker ma Reese scoprirà che niente è come sembra e che la dottoressa nasconde un potenziale movente.

Il figlio di un severo giudice - Samuel Gates - viene rapito e visti i numerosi nemici del padre e il nome in comune al figlio, Reese pensa che entrambi siano in pericolo. Gli indizi lo porteranno ad un gruppo di mafiosi russi che però in cambio della vita del ragazzo non vorranno denaro. Intanto Carter è sempre più vicina a Reese ma Fusco tenta di sviarla.

Reese si improvvisa autista per la nuova vittima che il software elabora, Zoe Morgan, di professione "risolutrice" di problemi. Quando una casa farmaceutica la incarica di recuperare un file audio compromettente Reese scopre che la donna si trova in pericolo e decide di allearsi con quest'ultima per cercare di risolvere il mistero. Intanto Carter indaga su un omicidio che potrebbe condurla a Reese.

Reese e Finch cercano di proteggere un professore di storia - Charlie Burton - che si trova in pericolo poiché colpevole di aver assistito ad un'esecuzione della mafia russa. Quest'ultima, davanti ai suoi occhi, ha assassinato un uomo collegato al misterioso Elias, personaggio noto sia a Reese che al detective Carter.

Dopo ventiquattro anni di prigionia, una spia tedesca della Stasi, Ulrich Kohl, si reca in America per vendicarsi sui suoi ex colleghi - ormai integrati nella società - colpevoli di tradimento nei suoi confronti ed indirettamente della morte di sua moglie. Una volta scoperto il movente Reese tenterà di fermarlo prima che sia troppo tardi.

Quando il software elabora il nome di Carter, Finch e Reese - con l'aiuto "sul campo" di Fusco - si trovano costretti a vagliare tutti i probabili sospettati e nemici del detective che vorrebbero vederla morta, compresa la pista che porta ad Elias.

Il lavoro di Finch e Reese si moltiplica quando il software elabora il nome di quattro persone apparentemente non collegate tra di loro se non da un incidente stradale. Intanto Carter affronta le conseguenze del fatto che l'uomo che cerca di arrestare da mesi le abbia salvato la vita e viene interrogata da un ex collega di Reese della CIA, Mark Snow.

Con John a riposo forzato dopo l'incontro con l'agente Snow, Finch è costretto ad operare "sul campo" per indagare su un portinaio di un palazzo e scoprire se sia la futura vittima o il futuro colpevole. Intanto Carter viene pedinata e controllata dalla CIA sospettata di favoreggiare Reese.

Dopo il loro primo incontro faccia a faccia, Reese cerca di convincere Carter ad unire le forze ed aiutarlo nell'ultimo caso, una giovane avvocatessa - Andrea Gutierrez - la cui vita è in pericolo. Intanto Finch si comporta in modo sospetto ed il socio è costretto a pedinarlo per saperne di più.

Un uomo viene ingiustamente accusato di un omicidio. Reese e Finch fanno fatica a dimostrare che si tratti di un complotto e chiedono aiuto ad una loro vecchia conoscenza, Zoe Morgan, ma la loro missione viene ulteriormente compromessa quando Root - un'hacker coinvolta nella cospirazione - minaccia il loro sistema.

Darren McGrady scompare dopo aver assistito all'uccisione di suo fratello e quando Reese lo rintraccia chiede a quest'ultimo di vendicarlo. Intanto Will, il figlio di Ingram, torna da Finch con domande sempre più pressanti sul passato del padre, mentre Fusco continua il pedinamento ai danni di Harold.

Reese si infiltra in incognito in una banda di trafficanti scoprendo che all'interno agisce un poliziotto sotto copertura ed in pericolo di vita, Michael Cahill, quest'ultimo in cerca di vendetta contro il misterioso L.O.S., un uomo a capo di un traffico di droga che ha indirettamente ucciso suo fratello. Intanto Fusco rischia la vita aiutando Finch.

Reese si finge portavoce di un facoltoso cliente per avvicinarsi ad Adam Saunders, un giovane operatore di borsa che il software ritiene essere in pericolo. Dopo due attentati alla sua vita, Reese e Finch scoprono i responsabili della vendita allo scoperto ai danni degli investitori e Carter scopre che nell'arresto di uno di questi è coinvolto il già noto "faccendiere" Elias.

Moretti esce dal carcere e Carter si preoccupa di metterlo in sicurezza sperando che Elias - il figlio - non riesca a rintracciarlo. Intanto Finch si occupa della sicurezza di una bambina di sei mesi, abbandonata in un ospedale senza genitori e destinata al traffico di neonati, ma quando Reese chiede aiuto ad Elias la situazione si complica.

Il software elabora il caso di un'appropriazione di identità per nascondere la produzione illegale di ecstasy. Reese e Finch si dividono i compiti pedinando i due sospettati per capire chi tra i due sia la vittima ed il vero Jordan Hester. Intanto Carter viene avvicinata dall'agente FBI Donnelly a proposito delle impronte che Reese ha lasciato sulle varie scene del crimine.

Cinque nomi eccellenti della mafia rischiano la vita perché Elias possa ottenere il controllo totale sulla criminalità organizzata, vendicandosi del padre e del fratellastro. Mentre Carter e Fusco si occupano di proteggerli, Finch e Reese devono salvare Taylor Carter - rapito da usare come merce di scambio - chiedendo aiuto a Simmons.

Dopo aver salvato il figlio, Carter comincia di nuovo a fidarsi di Finch e Reese e ad aiutarli nei loro casi, che questa volta vede il secondo infiltrato in una ditta di trasporti di sicurezza sotto l'addestramento di Tommy Clay, il nuovo nome elaborato dal software. Intanto il passato di John viene rivelato, così come il motivo per cui Snow desideri catturarlo.

Nel giorno del suo compleanno Finch concede a Reese un giorno di riposo, evitando di coinvolgerlo nell'ultimo caso poiché potrebbe scatenare ricordi dolorosi sul suo passato e su quello di Jessica. Intanto John riceve in regalo dal suo collega una chiave.

Un giovane analista dell'NSA, Henry Peck, si ritrova vittima di una congiura per essersi avvicinato ad un segreto che coinvolge persone più potenti e pericolose di lui, ed indirettamente anche Finch. Intanto Reese scopre un tassello importante nella vita del collega, riguardante una donna di nome Grace.