Lorelai Martins si ritrova contesa tra il CBI e l'FBI: entrambi rivendicano la detenzione e il seguente interrogatorio della donna, ma Jane teme che le conoscenze di Red John nei piani alti possano rischiare l'operazione. Intanto, una giovane donna e un suo presunto amante vengono trovati senza vita nell'appartamento di lei.

Mentre Lisbon ed il team del CBI indagano sulla morte di un intagliatore di diamanti, Jane ingerisce innavertitamente del thè avvelenato con delle foglie di Bella Donna, una pianta tossica ed allucinogena, e comincia a vedere una ragazza che sostiene di essere sua figlia Charlotte.

Una rapina si complica quando un manager della banca viene trovato ucciso ma il colpevole non è tra i rapinatori. Jane sospetta dei dipendenti e sostiene che uno di loro fosse d'accordo con i criminali. Intanto Mancini accusa ancora una volta Lisbon di occuparsi di casi che non competono al suo team.

Il padre di Rigsby, Steve, viene trovato gravemente ferito in una scena del crimine e il team di Lisbon troverà il colpevole indagando su una vecchia e sanguinolenta faida tra due gang della città che porterà Wayne ad essere indagato per omicidio.

Un flashback ci porta indietro nel tempo, nel giorno in cui Lisbon incontra Patrick, quest'ultimo in cerca di informazioni su Red John. Dopo essere stato assalito da un agente, Jane decide di non sporgere denuncia ed ottiene il permesso di seguire Lisbon nelle indagini di un omicidio. Intanto, l'agente FBI Alexa Schultz, contatta il capo del CBI Virgil Minelli con informazioni confidenziali sul nuovo arrivato.

Il team di Lisbon indaga sull'apparente rapimento di una coppia, ma quando quest'ultima si presenta incolume il sospetto cade su un rapimento andato male. Intanto Jane segue le indagini sulla sparizione di Lorelei Martins interrogando il personale della prigione, finché non trova il maggiore sospettato.

Il team indaga sulla morte di una giornalista investigativa che poco prima di morire era sul punto di smascherare le atrocità apparentemente commesse da un multimilionario playboy che non convince Lisbon. Intanto Jane continua a seguire le sue piste sul caso di Lorelei Martins.

Con l'aiuto di Brett Stiles, Jane riesce a far evadere Lorelei Martins dalla prigione e fa credere al CBI di essere vittima di un rapimento. Intanto Lisbon e Kirkland indagano sul passato di Lorelei, scoprendo l'esistenza di una sorella.

Mentre Jane continua fare mente locale di tutte le persone che ha conosciuto dopo quello che gli ha confessato Lorelei, Lisbon ed il suo team indagano sulla morte di un ex membro di una gang. Intanto Cho viene coinvolto dall'agente Wade nella sua divisione.

Il redditizio mondo della marijuana medicinale viene scosso quando la sospetta morte di un giovane botanico conduce a segreti esperimenti portati avanti da case farmaceutiche. Intanto, durante un blitz insieme all'agente Wade, Cho scopre che Summer è tornata in città ma non è sola.

Mentre la squadra indaga sulla sospetta morte di una giovane modella con problemi di tossicodipendenza, Lisbon trova finalmente il modo di riaprire il caso Volker grazie all'autopsia fatta sul corpo della segretaria, sperando quindi di poter incastrare l'uomo per omicidio.

Un ragazzino diventa involontariamente testimone dell'uccisione di uomo per mano di Tommy Volker ed eliminare la minaccia diventa una priorità. Quando il corpo viene trovato due mesi dopo, Lisbon si accorge che la vittima è uno dei dipendenti dell'uomo e fa di tutto per cercare finalmente di incastrarlo, nonostante il suo enorme potere e le sue conoscenze.

Tre cadaveri in avanzato stato di decomposizione vengono trovati nella cantina di una fattoria abbandonata un tempo gestita dalla culto capitato da Brett Stiles, Visualize. Su una parete esterna Jane scopre il marchio dipinto di Red John e questo lo porta sempre più vicino alla scoperta della sua identità. Intanto Ray Heffner propone a Lisbon di lasciare il CBI.

Lisbon continua a frequentare le partite di poker con i colleghi, partite che Bertram continua a perdere. Intanto Patrick ed il resto della squadra indagano sulla morte di una giovane e promettente ornitologa, ricercatrice all'interno di un programma universitario prestigioso e costoso.

Jane e Lisbon indagano su quello che rimane dei resti di una ricca ed anziana donna, in passato famosa e paparazzata; il team del CBI porterà alla luce una famiglia in lotta per la cospicua eredità.

Lorelei Martins viene ripresa da una telecamera nascosta mentre tortura ed uccide una donna, a quanto pare legata all'omicidio di sua sorella per mano di Red John. Jane è costretto a confessare a Lisbon il suo passato con la donna, mentre entrambi cercano di tenere Kirkland il più lontano possibile dalle indagini.

Una giovane e rigorosa soldatessa viene ritrovata brutalmente uccisa e - attraverso alla telefonata al 911 - Jane e la squadra del CBI riescono a risalire all'ultima persona che ha visto la ragazza, un soldato che soffre di amnesia a breve termine e non ricorda niente di quello che è successo.

Una giovane cantante e attrice muore tragicamente poco prima dello spettacolo che la vede tra i protagonisti. Intanto Jane continua ad aspettare che Jason Lennon, l'uomo ucciso da Lorelei che potrebbe identificare Red John, si svegli.

La squadra del CBI indaga sulla morte di un imprenditore proprietario di un intero villaggio, usato a scopi turistici per attirare gli amanti del vecchio west. Intanto Rigsby è indeciso se fare o meno una mossa verso Van Pelt, mentre Kirkland trama alle spalle di Jane cercando di scoprire cosa sa su Red John.

Una giovane donna viene trovata uccisa nella sua cucina e i sospetti ricadono sul conduttore di uno show radiofonico in cui aiuta coppie in crisi, a cui la donna si era rivolta per risolvere i problemi col marito. Per scoprire chi sia l'assassino, Jane chiede a Van Pelt e Rigsby di fingersi una coppia in cerca di aiuto.

Un uomo si intrufola in casa di J.J. La Roche e ruba un contenitore di plastica che potrebbe incriminare l'uomo, il quale si rifiuta di parlare se non con Patrick. Durante le indagini La Roche confida di essere sul punto di smascherare una spia all'interno del CBI.