Quando Holmes affronta le accuse in conseguenza del suo recente comportamento violento, suo padre arriva a New York per risolvere la sua situazione. Inoltre, Holmes si concentra sul caso di una moglie scomparsa che si ritiene sia stata uccisa da suo marito.

Quando Morland offre di usare la sua influenza affinché Sherlock e Joan siano reintegrati come consulenti per la polizia di New York, la diffidenza di Sherlock gli fa mettere in discussione le sue reali motivazioni. Inoltre, senza offerte di lavoro in arrivo, Watson indaga su un triplice omicidio in un laboratorio di ricerca top secret.

Sherlock è distratto dalla presenza costante del padre a New York City e si offre di aiutare Morland a risolvere un problema di lavoro in cambio della sua immediata partenza da casa. Inoltre, l'indagine di Holmes e Watson nel doppio omicidio di due uomini identici li conduce nel mondo della tecnologia del riconoscimento facciale.

Quando Holmes e Watson indagano sull'omicidio di un tecnico di laboratorio di fertilità, scoprono che la donna aveva una vita personale segreta, il che li porta a più sospetti. Inoltre, la situazione torna a favore di Watson quando si trova sotto indagine da parte di un detective del NYPD.

Quando un archeologo viene assassinato, Holmes e Watson ritengono che l'uomo sia stato ucciso per quello che ha scoperto durante i suoi ultimi scavi in una discarica locale. Inoltre, il rapporto di Sherlock con Alfredo passa un momento difficile.

Morland si offre di essere uno dei consulenti "irregolari" del figlio per fare in modo di usare le sue considerevoli risorse per aiutare Sherlock e Joan a risolvere un caso.

Quando il patrigno di Watson scrive a sua insaputa un romanzo poliziesco basato sul suo lavoro con Holmes, emerge un problema di fondo nel loro rapporto. Inoltre, quando Holmes e Watson indagano sull'omicidio di un agente dell'FBI in pensione, scoprono che la morte dell'uomo è collegata a un caso irrisolto della carriera della vittima.

Holmes e Watson indagano su un omicidio in cui la vittima è stata assassinata in un modo che ricorda i crimini di un noto, e già incarcerato, serial killer. Inoltre, Sherlock e Joan aiutano il Detective Bell per l'esame di sergente di polizia, che lo porterebbe ad una promozione e un posto in un altro distretto.

Holmes e Watson cercano un hacker responsabile di tre omicidi, tra cui un miliardario russo in visita a New York City. Intanto, Joan è sorpresa di ricevere un invito a cena dal padre di Sherlock.

Il tentativo di Holmes di riconciliarsi col padre subisce una battuta d'arresto quando lui e Watson scoprono che Morland ha mantenuto un segreto che minaccia la loro sicurezza. Inoltre, Holmes e Watson indagano su due omicidi collegati a un college e alle sue pratiche di reclutamento illegali.

Holmes e Watson devono cercare un assassino senza alcuna prova che possa aiutarli dopo che una bomba è stata fatta esplodere in una camera mortuaria di New York City. Inoltre, Watson è sospettoso quando un detective della polizia di New York con cui ha del rancore le chiede una consulenza su un caso.

Il collega del capitano Gregson della Narcotici chiede a Holmes di orchestrare il furto perfetto all'interno del compound di una gang di motociclisti pesantemente armati e spacciatori di droga. Inoltre, quando Watson aiuta Fiona Helbron, che l'ha aiutata per un caso, lei fa una scoperta sorprendente su Holmes.

Sherlock e Joan sono alla ricerca di un assassino che ha usato dei funghi velenosi per uccidere un professore di botanica e un gruppo di studenti del docente. Inoltre, quando Joan viene disturbata da alcuni rumori provenienti dalla porta accanto, scopre che il suo vicino Trent sta affittando la sua casa a festaioli rumorosi.

Quando l'indagine di Holmes sull'attentato alla vita di Morland porta il loro rapporto già teso al punto di rottura, viene rivelata l'identità della madre di Sherlock. Inoltre, quando tre membri della banda vengono assassinati, Holmes e Watson si accorgono con stupore che il principale sospettato è una donna anziana.

Quando Watson incontra il capitano Gregson e la sua fidanzata segreta, un'ex ufficiale della polizia di New York, incrina il loro rapporto senza volerlo. Inoltre, Holmes e Watson indagano sull'omicidio di una donna benestante che ha lasciato il suo considerevole patrimonio esclusivamente al suo amato cane.

Sotto la spinta del socio ricco di Morland, Henry Baskerville, Holmes e Watson studiano la morte di suo fratello e scoprono che un testimone ha visto che l'uomo è stato ucciso da un grande e colorato animale troppo fantastico per essere reale. Sherlock considera il suo intervento quando il trauma da bombardamento all'obitorio influenza negativamente il lavoro di ME Hawes.

Quando viene ucciso un uomo che ha combattuto il crimine in incognito vestito come un popolare supereroe dei fumetti, Holmes e Watson devono scoprire la sua vera identità prima di trovare il suo assassino. Inoltre, Morland fa una donazione a sorpresa all'organizzazione beneficenza preferita di Watson.

Quando un medico esperto di sopravvivenza scompare, Holmes e Watson devono capire se lui sia sparito dalla circolazione di proposito o se sia stato ucciso. Inoltre, Holmes ha un comportamento strano quando la sua relazione sentimentale con Fiona giunge a un punto critico.

Una donna misteriosa che organizza poker illegale si presenta sulla soglia di casa di Holmes e Watson e li informa che la sua vita è in pericolo sostenendo di essere un ex socio di Mycroft, il fratello di Sherlock. Tuttavia, mentre la coppia indaga, Joan sospetta che il loro nuovo cliente non sia sincero.

Quando Holmes e Watson indagano sull'omicidio di una donna, scoprono che la sua morte è legata ad un pezzo di un'opera d'arte con dei legami con un crimine commesso quando era al college. Inoltre, sulla scia di una rivelazione personale scioccante, Watson tenta una connessione con un cliente recente

Quando Holmes e Watson sono coinvolti in un'indagine su un doppio omicidio, scoprono che le vittime erano sulla scena di un falso omicidio proprio nel momento in cui sono state uccise. Inoltre, l'infiltrato di Watson presso la sede di Morland riscontra un problema che rischia di esporla a Holmes e suo padre.

Il padre di Sherlock, Morland, diventa il primo sospettato di Sherlock e Joan in un'indagine di omicidio dopo che uno dei suoi dipendenti viene ucciso durante un'apparente rapina.

Quando Holmes e Watson scoprono il colpevole dietro l'attentato alla vita di Morland, scoprono un collegamento scioccante con loro stessi.