Brennan e il team stanno lavorando disperatamente per far uscire Booth di prigione, ripristinare intatta la sua reputazione e scagionarlo dall'accusa di crimini che non ha commesso. I resti di un uomo morto 16 anni fa potrebbero essere il punto di origine di tutta la cospirazione governativa che alla fine ha messo Booth in prigione.

Per scoprire chi ha incastrato Booth per omicidio, la squadra, con l'aiuto dell'agente speciale James Aubrey, continua a indagare su chi si nasconde dietro una cospirazione all'interno del governo federale, che risale fino a J. Edgar Hoover.

Con l'aiuto di Rodolfo Fuentes, il team di Jefferson indaga sull'omicidio di un controverso conduttore radiofonico conservatore i cui resti sono stati trovati in un tombino. Quando la squadra scopre alcune delle sue attività extra-lavorative, si imbatte in una prova sconvolgente.

La squadra, con l'aiuto dell'agente speciale James Aubrey, indaga sull'omicidio di un designer di videogiochi i cui resti sono stati trovati in un fiume. Quando il team scopre di più sulla fortuna che la vittima aveva acquisito in tutta la sua carriera, tutti quelli che erano vicino a lui diventano dei sospettati.

Il team partecipa a un congresso di scienza forense solo per scoprire i resti di un corpo in un sottoscala della convention. Le prove portano al Dr. Hodgins e la squadra deve trovare un modo per dimostrare la sua innocenza.

La squadra indaga sull'omicidio di una cameriera immigrata i cui resti sono stati trovati sul ciglio della strada. Il ricco ex datore di lavoro della vittima, Sandra Zins, è un sospetto chiave nel caso, ma quando la squadra scopre che la vittima potrebbe essere stata fatta entrare nel paese illegalmente, si rende conto che il caso è molto più grave di quanto sembri.

Dopo che vengono ritrovati dei resti umani gravemente danneggiati, la squadra inizia un'indagine complessa su una società di hedge fund da miliardi di dollari di fatturato. Quando il capo della vittima diventa il principale sospettato nelle indagini, il caso prende una svolta importante.

Quando un famoso maestro di cruciverba viene trovato in un sito di scavi della città, la squadra indaga le vite dei suoi compagni di gioco. Nel frattempo, Daisy vuole che la squadra sia in sala parto con lei per la nascita del suo bambino.

Quando la squadra indaga sui resti di un professore di psicologia all'università, i controversi esperimenti sociali della vittima sui suoi studenti portano a una lista di sospetti. Nel frattempo, Wendell lotta con i suoi sentimenti verso un'infermiera del trattamento di chemioterapia.

L'episodio reinventa la squadra nello stile di Hollywood nel 1950. Brennan è un detective della polizia di Los Angeles che sta combattendo il sessismo, e Booth è un ladro di gioielli molto più noto di quanto creda.

Quando il corpo di una sensitiva viene trovato in stato di decomposizione nel tronco di un albero, la squadra, con l'aiuto di un'amica psichica di Angela, Avalon Harmonia, si cala nel mondo contorto degli indovini. Tuttavia, quando la squadra scopre di più sulla vita personale della vittima, le persone che le erano più vicine diventano i primi sospettati.

Quando un insegnante di scuola benestante viene trovato morto in una biblioteca abbandonata, gli insegnanti e gli studenti della sua scuola hanno molti sospetti. Nel frattempo, l'editore di Brennan la incoraggia a registrarsi su Twitter per far crescere la sua base di fan, e Jessica Warren insegna a Brennan alcuni trucchi.

Quando viene trovato il corpo in pezzi di un ex detenuto, la squadra indaga su un panettiere locale conosciuto per assumere ex criminali. Ma ben presto si scopre che la vittima è stata coinvolta in una rapina andata male, e quindi la squadra inizia a indagare sul suo passato.

Il team di Jefferson entra un mondo inaspettatamente competitivo, quello del mini-golf, per risolvere il caso dell'omicidio di una superstar di questo sport. Nel frattempo, Brennan teme che il padre Max stia tornando alle sue tendenze criminali.

Quando i resti di un giocatore professionista si trovano in una trinciatrice industriale, Booth rischia di ricadere nella sua dipendenza dal gioco mentre lui e Brennan approfondiscono il mondo del poker. Nel frattempo, Hodgins inventa un nuovo prodotto correlato al laboratorio, e Brennan e Booth scoprono alcune notizie interessanti.

Il corpo di un popolare chef televisivo viene trovato in un parco e la squadra di Jefferson deve cercare indizi nei ristoranti locali. Quando le prove portano al Royal Diner, il ristorante preferito di Brennan e Booth, i due devono rischiare il loro status di clienti privilegiati indagando sul personale.

Prima parte di una puntata speciale di due ore. Quando i resti di uno studente di scuola privata vengono scoperti in un fosso, Brennan e Booth pensano che si sia trattato di un atto di bullismo. Quando Brennan trova analogie tra la propria adolescenza e la vittima, ciò porta la squadra a ipotizzare che la morte della ragazza sia stata in realtà un omicidio.

Seconda parte di una puntata speciale di due ore. Quando i resti di uno studente di scuola privata vengono scoperti in un fosso, Brennan e Booth pensano che si sia trattato di un atto di bullismo. Quando Brennan trova analogie tra la propria adolescenza e la vittima, ciò porta la squadra a ipotizzare che la morte della ragazza sia stata in realtà un omicidio.

Quando un potente membro dei parlamento iraniano rapisce Arastoo per ottenere il suo aiuto in un caso di omicidio, Booth e Cam vanno in Iran, mentre il resto della squadra deve correre contro il tempo per aiutare a smascherare l'assassino. Nel frattempo, Brennan scopre la verità sulla crescente dipendenza dal gioco di Booth.

Quando il corpo di un noto collezionista di barattoli di biscotti viene trovato in un fiume, il team deve immergersi nella comunità della vittima per cercare l'assassino. Nel frattempo, Booth fatica a venire a patti con la decisione di Brennan di cacciarlo di casa a causa della sua dipendenza dal gioco.

Quando in seguito a un incendio in un bosco vengono ritrovati i resti di un ex biker, la squadra deve scavare nel passato della vittima per trovare l'assassino. Nel frattempo, Booth continua a lavorare sodo per superare la sua dipendenza dal gioco e riconquistare la fiducia di Brennan.