L'estate si avvia alla conclusione. Blair e Chuck sono ancora innamoratissimi e cercano di prendere le misure con il loro nuovo status di coppia, mentre Serena torna dal suo viaggio in Europa con molti segreti da tenere nascosti e una relazione complicata con Carter. Nate invece torna dalle vacanze con una misteriosa bruna.

Blair, che è più che mai decisa a mantenere il suo status di regina anche al college, inizia il suo primo giorno alla New York University con Dan e Vanessa. Blair scopre anche che Georgina è la sua compagna di stanza. Serena è invece in partenza per la Brown, ma prima di iniziare l'università ha uno scontro con Chuck.

Blair e Chuck si trovano ad essere rivali per aggiudicarsi un particolare oggetto all'asta da Sotheby's. Serena intanto ha il sospetto che Carter sia tornato alle sue vecchie abitudini, mentre Georgina comincia a sviluppare un certo interesse nei confronti di Dan. Infine, Vanessa è sospettosa del comportamento di Scott.

E' arrivato il primo giorno di scuola alla Costance Billard, per cui anche Jenny deve abituarsi al suo nuovo status di "Queen Bee", anche se presto potrebbe tornare a far visita Blair. Lily torna a casa da Rufus, ma scopre che le cose non sono esattamente come le ha lasciate prima di partire. Vanessa conosce la sua nuova coinquilina alla NYU, una giovane attrice.

Rufus e Lily decidono di spostare la data del loro matrimonio, mentre Chuck scopre un segreto che Carter stava cercando di tenere nascosto a Serena. Nel frattempo, Georgina coinvolge sia Dan che Vanessa in una delle sue perfide trame, mentre Blair comincia ad avere qualche sospetto su Bree.

Vanessa è costretta a contendersi con Blair il privilegio di far partire il brindisi per le matricole della NYU. Dan intanto invita Olivia a conoscere Lily e Rufus, mentre Serena e Nate, quest'ultimo nel bel mezzo della campagna elettorale per suo cugino, cercano di aiutare Carter.

Chuck ha bisogno di un po' di pubblicità per il locale che ha appena aperto all'interno del suo hotel e decide di chiedere aiuto a Serena, anche se questa scelta farà sentire Blair messa da parte. Intanto, Dan riesce finalmente a vedere una delle scene di sesso interpretate da Olivia in un film con il suo ex-ragazzo.

Olivia si pente di una cosa detta durante un'intervista e cerca di fare di tutto per impedire che Dan lo scopra. Intanto, è tempo di elezioni e Nate inizia a sospettare che suo nonno sia pronto a tutto pur di fare eleggere Trip al Congresso. Blair, dopo un ennesimo litigio con Serena, cerca di farla ingelosire.

Non contenta di essere solamente la regina della Costance Billard, Jenny inizia a pensare a come diventare la regina di tutto l'Upper East Side. Intanto, Nate e Chuck cercano di escogitare un piano per aiutare Serena e Blair a riconciliarsi dopo il loro litigio. Dan invece apprende che Olivia sta pensando di lasciare l'università per dedicarsi a un progetto cinematografico.

Blair vuole cercare di stupire i ragazzi della NYU del gruppo di teatro e sfrutta i suoi contatti per invitare un'artista davvero speciale per esibirsi in un concerto privato: Lady Gaga. Intanto, Dan e Olivia accettano di fare da protagonisti in una rappresentazione teatrale scritta da Blair e diretta da Vanessa.

Blair sospetta che sua madre le stia nascondendo un grosso segreto, mentre Vanessa avrebbe dovuto trascorrere il Ringraziamento con i suoi genitori fino a che non litiga con sua madre. Rufus invece scopre che Lily gli ha mentito a proposito di sua madre Cece, mentre Serena viene messa in una posizione imbarazzante.

Ad un anno dall'incidente che ha provocato la morte di Bart Bass, Chuck deve fare i conti con una questione irrisolta del suo passato e con un altro incidente che scuote l'Upper East Side. Nel frattempo, Dan e Vanessa cercano di far funzionare la loro amicizia, mentre Jenny viene accusata per i suoi comportamenti.

Nate e Serena decidono di approfondire la loro relazione anche oltre la semplice amicizia, mentre Blair è preoccupata che Chuck abbia difficoltà a dimenticare la donna che ha visto portare dei fiori alla tomba di suo padre. Jenny accetta di accompagnare Damien ad una cena.

Rufus e Lily cominciano a sospettare sempre di più della frequentazione di Jenny con Damien. Chuck nel frattempo scopre qualche informazione in più sulla misteriosa donna che potrebbe essere o non essere sua madre. Dan e Vanessa cercano invece di superare l'imbarazzo che c'è tra loro.

Nonostante sia stata messa in punizione, Jenny continua a frequentare Damien che fa pressioni affinché la ragazza faccia sesso con lui. Intanto, Lily decide di rivelare a Rufus il grande segreto che ha tenuto nascosto per tutti questi anni, mentre Dan e Vanessa esplorano un nuovo livello della loro amicizia.

Chuck si trova di nuovo a confrontarsi con suo zio Jack; intanto, Eleanor incarica sua figlia Blair di organizzare la sua prossima sfilata e fare in modo che si tratti di un successo. Rufus cerca di convincere Jenny a dare una mano ai preparativi per la sfilata, dove però quest'ultima ritroverà una sua vecchia conoscenza.

Chuck e Blair si trovano a dover prendere la decisione più difficile da quando sono una coppia. Serena, intanto, vuole organizzare una festa a sorpresa per il compleanno di Nate, ma Jenny farà tutto il possibile per sabotare tutti i suoi sforzi.

Chuck si offre di organizzare il matrimonio di Dorota che è incinta e insiste nel voler convolare a nozze con Vanya, prima che arrivino i suoi genitori dalla Polonia. Serena non vuole far sapere che si incontrerà con Carter Baizen, mentre Rufus scopre che Lily gli sta mentendo.

Quando l'ex-marito di Lily, il Dottor Van Der Woodsen, si presenta a sorpresa a Manhattan, Serena riesce finalmente a rivedere il padre che ha tanto cercato e al quale non era mai riuscita ad avvicinarsi. Nel frattempo, Dan scopre di non essere stato ammesso alla Tisch e che Vanessa potrebbe essere stata in qualche modo responsabile.

Il ritorno di Will nell'Upper East Side continua a creare problemi a Serena, Lily e al suo rivale in amore di sempre Rufus. Nel frattempo, Blair trascorre del tempo nel campus della Columbia University e inizia a capire veramente dove le piacerebbe essere; Dan invece scopre che Vanessa gli ha tenuto nascosto un altro segreto.

Quando la situazione tra Will e Rufus diventa sempre più tesa, Serena decide di stare dalla parte di suo padre, facendo così sentire Rufus un estraneo rispetto alla famiglia. Nel frattempo, Chuck decide di fare un grande passo in avanti nel tentativo di chiedere a Blair di tornare assieme e convincerla che loro due sono destinati a essere insieme.