Durante un'ispezione di routine, la squadra s'imbatte in una donna molto anziana in stato di ibernazione all'interno di una delle stanze. Weir ordina a Beckett di svegliarla per farsi raccontare qualche segreto del passato di Atlantis. Quando la donna riapre gli occhi, però, dichiara di essere la dottoressa Weir...