Qualche mese dopo aver sventato l'attacco terroristico, l'agente dell'FBI Darwyn Al-Sayeed deve infiltrarsi in un'altra cellula terroristica. Nel frattempo il terrorista Faris Al-Farik viene interrogato dalla CIA. Ilija, che è riuscito a scappare dalle autorità, trova aiuto da una donna che crede sia una vittima di una cospirazione del governo.

Trovandosi nella sua nuova posizione di leader della nuova cellula terroristica di Los Angeles, Darwyn deve proteggere la sua copertura e allo stesso tempo smascherare il piano segreto d'attacco. Nel frattempo, gli agenti che interrogano Farik provano un nuovo metodo per ottenere informazioni e rendere il terrorista più cooperativo.

Un gruppo terroristico ordina a Darwyn di procurarsi dell'esplosivo, ma l'FBI non vuole cooperare. Ilija si prepara a fuggire in Europa, e per farlo ottiene l'aiuto di un fratello musulmano. Farik viene mandato in Arabia Saudita, dove la tortura è legale, per continuare l'interrogatorio.

Darwyn rischia di mettere a repentaglio la sua copertura per poter salvare un evangelista islamico. Nel frattempo Farik riesce a fuggire dalla prigione dell'Arabia Saudita in cui è custodito trovando rifugio in una stazione di Al-Queda.

L'FBI è vicina alla distruzione della cellula terroristica. Darwyn ha un diverbio con il padre. Mina viene ricattata dal padre dei bambini a cui fa da tata. Farik costringe sua figlia a prendere una decisione difficile in nome della religione.

Farik visita una scuola nello Yemen. Ilija cerca di iniziare una nuova vita in Bosnia. Salim si scontra nuovamente con Jason. Mina invita Gayle in un gruppo di donne islamiche, e Russell la costringe a partecipare per ottenere informazioni sulla cellula.

Mina rapisce Gayle e la costringe a portarla a Las Vegas. L'FBI ripulisce il quartier generale della cellula terroristica ma Salim riesce a scappare. In seguito costruisce una bomba artigianale e prova a farla esplodere all'Hollywood Bowl.