Sotto l'influenza dell'anello di kryptonite rossa, Clark si fa coinvolgere da un boss di Metropolis a fare qualche "lavoretto". Lex è salvo miracolosamente, ma la sua sanità mentale è in pericolo. Jonathan riesce a entrare in contatto con Jor-El e stringe un patto per riuscire a riportare Clark a casa. Anche Lana è sulle sue tracce...

Lionel chiede a Edge la fiala con il sangue di Clark per esaminarlo, ma il malvivente rapisce Jonathan e Martha per ricattare il giovane Kent. Lex scopre che è stata Helen a organizzare il finto incidente, mentre Lana capisce che Clark per il momento vuole stare da solo.

Clark scopre che qualcuno sta cercando di eliminare tutte le persone che sono state in qualche modo alterate dalla kryptonite. Lex è il prossimo delle lista e Clark, per salvarlo, finisce per l'essere scoperto dall'assassino. Questi si prepara a eliminare Clark con un proiettile di kryptonite.

Clark va al lago per fare un bagno e incontra una disinibita e sensuale Lana che lo seduce. Sul più bello i due vengono interrotti da una ragazza che sta scappando terrorizzata. Si tratta di un sogno, ma Clark al risveglio scopre che la ragazza esiste davvero ed è in coma da sei anni.

Perry White (futuro direttore del Daily Planet nella storia futura di Superman)è un giornalista la cui carriera è stata distrutta dai Luthor e dall'abuso di alcol. L'uomo arriva a Smallville in cerca di scoop e casualmente vede Clark mentre usa i suoi poteri. Così decide di seguirlo in cerca di prove. Lex intanto scopre che il giornalista ha delle carte che potrebbero incastrare il padre.

Lana prova a scagionare dall'accusa di omicidio il vecchio prozio Dexter. La ragazza chiede aiuto a Clark che l'aiuta a indagare. Insieme rivivono la storia dei loro antenati.

Lana s'innamora di uno studente di nome Seth. Clark, geloso e insospettito dall'improvvisa infatuazione, scopre che il ragazzo ha la capacità di alterare le emozioni con il semplice tocco. Lex scopre intanto che Chloe sta indagando sul padre Lionel.

Lex rintraccia Edge e cerca di scoprire se l'uomo ha qualcosa a che fare col padre. Clark aiuta l'amico, ma inizia a sospettare che questi abbia dei disturbi psicotici.

Due pazienti del Belle Reeve convincono Lex ad attirare Clark nell'ospedale psichiatrico per vendicarsi di lui. Lionel intanto ha deciso di sottoporre il figlio a elettroshock per fargli cancellare la memoria. Lana, in ospedale per la riabilitazione, conosce un ragazzo e ne rimane affascinata.

Clark cerca di fermare una rapina, ma viene colpito da alcuni frammenti di kryptonite e rimane cieco. Questo gli consente di sviluppare il super udito e così scopre anche che Chloe sta indagando su di lui.

La vita di Chloe è in grave pericolo quando scopre che l'istituto Sommerholt compie degli esperimenti sul controllo della mente. Per farla fuori Molly si serve di una mail ipnotica, ma Clark veglia sempre su dil ei. Intanto Lana sospetta che Adam le stia mentendo sul suo passato.

Clark scopre che un suo compagno di classe riesce a prevedere il futuro. Il ragazzo svela al giovane Kent che Lana corre un grave pericolo e che nelle sue visioni l'ha vista morire in un incendio. Intanto Chloe e Lex indagano sul passato misterioso di Adam.

Pete partecipa a una corsa illegale di auto truccate e finisce col vincere la gara, scatenando l'ira di un'organizzatore malavitoso, che lo minaccia di morte. Jonathan ha avuto intanto un attacco di cuore e Clark scopre che è la conseguenza del suo accordo con Jor-El.

Clark usa le sue abilità, ma non si accorge che una sua compagna di classe l'ha visto. Con enorme sorpresa la fanciulla gli mostra di avere il potere del teletrasporto e insieme condividono questo segreto. Lana intanto chiede aiuto a Lex per difendersi da Adam, che intanto è stato imprigionato da Lionel.

Jonathan si sottopone a un intervento di bypass e Clark, in ospedale per vegliare sul padre, fa amicizia con un ragazzo che è nell'instituto per stare accanto al fratello. Questi muore inaspettatamente, ma un farmaco lo riporta in vita, all'insaputa del fratello.

Clark riceve una telefonata di Lana, spaventatissima che gli chiede aiuto. Poi si sente uno sparo e il silenzio. Il ragazzo corre al Talon e la trova viva e vegeta. Indagando su questo strano fenomeno, scopre che la chiamata è arrivata dal futuro a causa di una tempesta magnetica che ha piegato lo spazio tempo. Come può però evitare quello che sta per accadadere?

Le iscrizioni nella caverna degli indiani interessano Lionel che chiede aiuto al dottor Swann e i due stringono un accordo. Clark scopre questa unione e, preoccupato per il padre Jonathan, cerca di prendere la chiave ottogonale per fermarli.

Chloe è sottoposta a un gas di kryptonite, l quale agisce come un vero e proprio siero della verità con tutte le persone alle quali la ragazza fa domande. Decisa a smascherare i segreti di Clark, Chloe chiede la verità a Pete, ma questi le rivela il suo amore, tenuto nascosto per anni. Clark intanto cerca un antidoto.

Lex decide di sottoporsi a un programma sperimentale per recuperare la sua memoria (persa con l'elettroshock). Così facendo spera di ricordare qualcosa che possa incastrare il padre, ma Clark teme che all'amico possa tornare anche il ricordo di quando casualmente ha scoperto il suo segreto.

Un ragazzo indiano trova nelle caverne un pugnale mistico che gli dà dei poteri del tutto simili a Clark. Convinto di essere il leggendario Naman, l'uomo caduto dalle stelle, il pellerossa decide di uccidere il suo nemico numero uno, come leggenda vuole. Il suo nemico è Lionel.

Lana dice a Clark di aver deciso di andare per l'estate a Parigi per studiare e il ragazzo pensa di rivelarle il suo segreto per cominciare una vita assieme a lei senza bugie. Quando però Pete viene rapito e torturato per ottenere informazioni sul futuro supereoe, Clark capisce che è meglio non mettere Lana in mezzo. Pete decide di andarsene da Smallville, mentre Lionel viene arrestato grazie alle indagini di Lex e Chloe.