Li avevamo lasciati in Madagascar, rinvigoriti dalla vita selvaggia e altrettanto spaventati. Adesso però il desiderio di tornare a New York si fa sempre più pressante. A bordo di un improbabile aereo riparato da una squadra di psicopatici pinguini, un leone molto ballerino, una zebra non omologata, un'ippopotama che cerca il maschio, una giraffa maniaca e un lemure ambiguo lasciano il Madagascar per far ritorno nello zoo di New York. Ma con velivolo a secco di carburante, sono costringe ad effettuare un “atterraggio” di emergenza. Aperti gli occhi si rendono conto di essere precipitati nel cuore dell’Africa ai piedi del Kilimangiaro . Qui, i membri dell'improbabile ciurma, tutti cresciuti nello zoo di New York, s'imbattono per la prima volta in alcuni esemplari della loro specie. Tutto appare come la realizzazione di un sogno: Alex ritrova la famiglia, Marty il branco che ha sempre desiderato, Gloria le attenzioni del prestante Moto, Moto e Melman l'opportunità di mettere in mostra il suo senso d’eroismo. In pratica una bella storia commuovente e con una bella morale: i 4 animali sbarcano in un nuovo mondo scoprono di non essere soli al mondo, ritrovano i loro simili e il senso di accettazione vince.