Nicholas Meyer ha ripreso ancora le redini della serie per il felice Rotta verso l'ignoto del 1991 (Star Trek VI: The Undiscovered Country) che trattava un argomento molto serio quale il disarmo e la pace universale. Il film si apre con l'apocalittica esplosione della luna di Praxis (una Chernobyl del futuro) la cui onda d'urto investe e per poco non distrugge la U.S.S. Excelsior comandata da Sulu, l'effetto è opera ancora della Industrial Light & Magic che svolge anche del lavoro di routine costruendo la miniatura di un nuovo shuttle di Starfleet e filmando un combattimento tra la U.S.S. Enterprise, la U.S.S. Excelsior ed il Bird of Prey del generale Chang (Christopher Plummer). Le trasformazioni della camaleontide Martia (la modella di colore Iman, moglie del cantante David Bowie) avvengono con un morphing in movimento perfezionato dalla IL&M. Dato che all'Impero Klingon non rimangono che cinquant'anni di vita, a causa dell'avvelenamento del suo ozono causato dal disastro su Praxis, viene deciso di cessare le ostilità con loro e di ospitare gli ex-nemici nello spazio della Federazione. Ma molti "falchi" tramano nell'ombra e Kirk si ritrova suo malgrado accusato dell'omicidio del cancelliere Gorkon (David Warner), in missione diplomatica. Tutto sembra precipitare verso un inevitabile conflitto quando Spock farà luce sul complotto smascherando i veri colpevoli tanto che esiste una scena estesa nel DVD di Star Trek VI in cui si scopre che sotto la maschera del sicario Klingon in realtà si cela uno degli ufficiali della Flotta Stellare. La pellicola si conclude con un'idea simpatica e originale, mentre l'Enterprise si allontana verso una stella compaiono sovrapposte all'immagine, una dopo l'altra, le firme degli attori William Shatner, Leonard Nimoy, DeForest Kelley, James Doohan, George Takei, Walter Koenig e Nichelle Nichols. Il compositore Cliff Eidelman opera una scelta controcorrente e innovativa, i fatti gli danno ragione.