Il Generale Hammond dispone una pericolosa missione di salvataggio dell'SG-1 con l'aiuto di Teal'c. Intanto, a bordo della nave dei Goa'uld, uno dei membri del team riceve un regalo da Athor. Inoltre c'è ancora da salvare O'Neill.

La SG-1 cerca sulla Terra un Goa'uld rinnegato che secondo i Tok'ra si sarebbe nascosto sul pianeta e abbia assunto le vesti di un leader religioso. La squadra, con l'aiuto di Selmka, devono riuscire a trovarlo senza cadere sue vittime.

Durante una cerimonia di consegna di un riconoscimento grazie al quale Carter viene promossa al grado di Maggiore, O'Neill viene trasportato su una navicella spaziale che orbita attorno alla Terra. Lì riceve un messaggio ben chiaro dai Goa'uld.

Daniel inizia ad uscire di senno dopo che con il team SG-1 ha fatto visita ad un pianeta dove hanno ritrovato i corpi di nove Goa'uld assassinati. Il dottore crede di essere vittima degli effetti dei viaggi attraverso lo Stargate.

Alla ricerca della conoscenza, Jack O'Neill, Teal'c, e Daniel Jackson viaggiano fino al pianeta Orban nell'ambito di un programma di scambio culturale. O'Neill torna poi sulla Terra in compagnia di una donna del pianeta, mentre i due colleghi rimangono su Orban per condurre alcuni studi.

Le versioni dell'universo alternativo di Carter e Kawalsky riescono ad usare lo specchio quantico per arrivare e accedere alla segretissima Area 51 nel nostro universo. Nella loro realtà, invece, O'Neill ha sposato Carter prima che questa morisse e Teal'c serve ancora Apophis.

Tutta la squadra SG-1 viene fatta prigioniera e tenuta in ostaggio da un cacciatore di taglie che vuole usare i componenti del team come pedina di scambio per arrivare a catturare un Goa'uld. Le cose però non sono esattamente come sembrano.

L'SG-1 arriva in un villaggio medievale e libera Mary, una giovane ragazza che era stata lasciata legata a un palo all'esterno del villaggio. Ma il frate del villaggio spiega che la ragazza era stata lasciata come sacrificio da offrire a un demone.

Appena dopo essere usciti dalla Stargate, la SG-1 si trova nel bel mezzo delle polveri della battaglia. I soldati del Comando Stargate stanno combattendo contro un'armata dei Jaffa e O'Neill e i suoi danno una mano ai colleghi.

Nel mezzo di un campo di battaglia, Daniel e Amonet si incontrano all'interno di una tenda. Amonet usa il suo dispositivo per far svenire Daniel che, quando si sveglia, trova gli altri morti e decide di dare le dimissioni.

La SG-1 viene inviata in missione su un pianeta i cui abitanti sembrano soffrire tutti quanti di una forma di amnesia retrograda. Gli abitanti infatti non hanno alcun ricordo della loro vita prima di un non meglio precisato evento che chiamano "Vorlix".

I Tok'ra arrivano sulla Terra per comunicare a Sam che suo padre è stato rapito ed è tenuto prigioniero da Sokar in un posto molto simile all'inferno. Il team SG-1 decide quindi di organizzarsi e andare a salvare l'uomo.

I Tok'ra scoprono che Sokar sta per portare la sua nave spaziale in orbita attorno al pianeta Netu e organizzano un piano per ucciderlo: siccome non hanno nessuna arma in grado di penetrare lo scudo di Sokar, intendono far esplodere un'arma nucleare sul pianeta.

L'SG-1 torna da una missione e deve fare rapporto in infermeria per verificare se hanno contratto qualche malattia. Nel frattempo però si sparge la notizia che c'è stata una fuga di materiale chimico da qualche parte all'interno del complesso.

Uno sconosciuto di nome Narim cerca di usare lo Stargate. In realtà si tratta di un appartenente alla razza dei Tollan che vogliono mettere alla prova Skaara e Klorel per decidere chi dovrà controllare il corpo ospite.

L'SG-1 viaggia fino a un pianeta che ha l'apparenza di un luogo paradisiaco, ma quando tornano indietro attraverso lo Stargate, nessuno riesce ad avere ricordi del viaggio appena fatto. Presto scoprono che i loro strani comportamenti sono dovuti a un chip impiantato nel loro cervello.

Durante una spedizione su un pianeta civilizzato, lo Stargate di quel pianeta viene colpito da un meteorite e distrutto. Questo evento lascia O'Neill intrappolato sul pianeta e senza apparenti possibilità di salvataggio.

Quando i Tollan si rifiutano di condividere una loro tecnologia con l'SG-1, anche dopo che il team ha praticamente salvato il loro popolo da un attacco dei Goa'uld, Jack si arrabbia e decide di rubare un loro dispositivo.

L'SG-1 scopre un pianeta sul quale due abitanti hanno appena trovato lo Stargate che è rimasto sepolto per secoli. Passando attraverso la porta e arrivando sul pianeta, l'SG-1 incontra uno dei due scopritori che si chiama Nyan.

Bra'tac arriva al Comando Stargate con la notizia che Apophis ha attaccato Chulak. L'SG-1 riesce poi a trovare il leggendario pianeta Kheb e deve riuscire a trovare l'Harcesis prima che lo riesca a fare Apophis.

Mentre si trova in esplorazione su un pianeta, il team SG-1 scopre una piramide, completamente vuota al suo interno con l'eccezione di una grande piattaforma centrale sospesa su un abisso alla quale si può accedere unicamente attraverso un passaggio.