Sidney Bristow scopre che l'organizzazione per cui lavora, l'SD-6, e che crede sia una cellula della CIA, nasconde in realtà dei segreti che minacciano la sicurezza nazionale. Decide di parlarne con il suo fidanzato, che però per questo motivo viene assassinato. Sidney si rivolge quindi alla vera CIA e a suo padre, Jack Bristow, che lavora anch'egli all'SD-6.