Per salvare la vita di Will, Sidney e Vaughn sono costretti a distruggere un manufatto di Rambaldi dall'aspetto familiare; Jack è costretto invece a stipulare un accordo rischioso con il rappresentante di Khasinau, Julian Sark. Intanto l'Alleanza, che crede che qualcuno dell'SD-6 sia una talpa per The Man, prende una decisione sul destino di Emily Sloane. Dixon è sempre più sospettoso.