Tra assenti e nuovi arrivati, Kurt e Rachel si scontrano con la realtà e si accorgono di non essere gli unici ad avere del talento. Intanto Sue passa all'attacco e - in cambio della sua elezione al congresso - promette agli elettori di eliminare i fondi scolastici destinati alle materie artistiche e chiede a Santana di fare il doppio gioco.

La madre di Rachel, Shelby, torna in città cercando di ricostruire i ponti sia con la figlia sia con Puck e Quinn, convincendola ad essere sé stessa. Intanto Kurt si accorge non riuscire a convincere nei ruoli da musical mascolini ed entra involontariamente in competizione con Blaine. Sue continua la sua campagna per il congresso e contro l'arte.

Mike cerca di trovare un compromesso tra il suo talento e le aspettative dei genitori, mentre Emma si vergogna dei suoi e non vuole che Will li conosca. Intanto Mercedes dopo due anni in seconda fila si ribella pretendendo di essere la prima scelta per la rappresentazione di West Side Story e Rachel si rende conto di essere stata la peggiore durante le audizioni.

Sue continua la battaglia per arrivare al Congresso promettendo di annullare i fondi per l'arte e riuscendo a sospendere il musical del Glee Club, ma Burt Hummel si candida come suo avversario tentando di complicarle le cose. Intanto Santana e Brittany - convinta che il nuovo arrivato, Rory, sia un folletto irlandese - vengono invitate da Mercedes ad unirsi al gruppo di Shelby.

Sia Blaine che Rachel temono che la loro performance in West Side Story possa essere penalizzata dalla loro verginità e cercano invano di porvi rimedio per la prima dello spettacolo. Intanto la relazione di Kurt viene minacciata dalla presenza invadente di Sebastian e Coach Beiste trova l'amore nel reclutatore Menkins.

Puck, che vuole formare una famiglia insieme a Shelby, confessa i meschini tentativi di Quinn per riuscire ad avere indietro la figlia. Intanto la cattiveria di Santana sarà per lei un boomerang, le elezioni scolastiche continuano a minare il rapporto tra Kurt e Rachel mentre Sue non si risparmia ai danni di Burt Hummel.

Santana deve affrontare sia le conseguenze dello schiaffo a Finn sia l'ammettere pubblicamente di essere gay. Intanto le elezioni per il congresso e quelle per il presidente scolastico prendono il via, portando in entrambi i casi a mezzi poco ortodossi per assicurarsi la vittoria, e Quinn cerca disperatamente di convincere Puck ad avere un altro bambino.

Le selezioni regionali si avvicinano, Finn e Rachel si rendono conto che le possibilità di vittoria sono al minimo e fanno di tutto per recuperare Sam e riunirlo al gruppo. Intanto Quinn medita vendetta e minaccia di rendere nota la relazione tra Puck e Shelby mentre Mike annuncia a Tina che non perseguirà la carriera di ballerino ma diventerà dottore come vuole suo padre.

Mentre Rachel consegna a Finn la lista dei costosi regali di Natale che vorrebbe, mettendolo in difficoltà per le sue limitate risorse economiche, Mr. Shue riesce a trovare un accordo con la tv locale per mandare in onda uno speciale di Natale organizzato e diretto dal Glee Club, proprio la stessa sera in cui Sue ha chiesto aiuto per rallegrare i senzatetto alla mensa dei poveri.

Emma teme che Will non le chieda di sposarlo mentre quest'ultimo sta cercando di organizzare la proposta perfetta. Intanto Becky decide che Artie debba essere il suo nuovo ragazzo, Sam si unisce alla squadra di nuoto sincronizzato e Finn scopre la verità suo padre, verità che lo porterà a prendere una decisione importante.

Sebastian, il nuovo leader dei Warbler, mette i bastoni tra le ruote cercando di sabotare il McKinley alle selezioni nazionali, arrivando a danneggiare fisicamente Blaine. Intanto Kurt riceve una buona notizia dall'università di New York che però manda Rachel in crisi, ancora indecisa sulla proposta di Finn.

Si presenta la possibilità di ottenere una cattedra permanente e Will cerca di migliorarsi aiutandosi con un corso serale di spagnolo organizzato da David Martinez. Intanto Sue coltiva l'idea di avere un bambino e Kurt si preoccupa per il futuro di Finn e per la decisione che ha preso insieme a Rachel.

Artie e Rory si scoprono sfidanti per ottenere l'attenzione di Sugar, mentre Sam non si arrende con Mercedes. Intanto Finn e Rachel annunciano il loro fidanzamento e i genitori di lei organizzano una cena con la famiglia di lui, che in segreto tentano di far cambiare idea alla coppia e Kurt scopre di avere un ammiratore segreto.

Le selezioni regionali si avvicinano e Sebastian ne minaccia la buona riuscita. Intanto Karofsky diventa vittima del bullismo che lui stesso ha inflitto a Kurt ed opta per una soluzione estrema, mentre Finn e Rachel decidono di sposarsi subito dopo la gara e Quinn desidera rientrare a far parte dei Cheerios.

Il fratello di Blaine - Cooper - arriva in città e la vecchia rivalità tra i due si accende di nuovo. Intanto Quinn deve abituarsi alla possibilità che la sedia a rotelle non sia solo una temporanea soluzione, Sue conosce finalmente il sesso del suo bambino e Finn si domanda cosa ne sarà del suo futuro e non solo quello di Rachel.

Sue e Will uniscono le forze per cercare di infondere fiducia sui membri più deboli del gruppo, Mercedes, Santana e Finn, ingaggiando una gara a suon di disco. Intanto uno studente dei Vocal Adrenaline, Wade Adams, chiede consiglio a Mercedes e Kurt su come realizzare un suo sogno.

Will cerca di far superare al gruppo il lutto per la morte di Whitney Houston su consiglio di Emma, che crede che il dolore per la scomparsa della cantante sia solo un modo per mascherare quello per l'imminente fine del liceo. Intanto Kurt e Blaine attraversano un periodo difficile, mentre Joe e Quinn si avvicinano e gli altri si preparano a dirsi addio.

Rachel e Kurt si preparano per le audizioni in vista del college, presenziate dalla temutissima Carmen Tibideaux. Intanto a Puck manca una sola materia per avere il diploma assicurato ma si rifiuta di studiare, mentre Coach Beiste nasconde un segreto sul suo matrimonio con Cooter Menkins.

Brittany è incaricata di decidere il tema per l'imminente ballo scolastico di fine anno ma Rachel propone di organizzare un "anti-ballo" e disertare quello ufficiale. Quinn è di nuovo pronta a tutto per accaparrarsi i voti necessari a diventare regina insieme a Finn, mentre Becky Jackson è furiosa di non essere tra le candidate.

Tina non riesce più a sopportare tutta l'attenzione che Rachel crede di meritarsi e cerca di sabotare la buona riuscita delle prove per le selezioni nazionali. Intanto Sue cerca di convincere Kurt a vestirsi da donna per poter vincere, mentre Rachel non molla la presa su Carmen Tibideaux invitandola all'evento per poterle fare cambiare idea.

Il Glee Club vola a Chicago per affrontare le selezioni nazionali dove verranno giudicati da Lindsay Lohan e Perez Hilton. Intanto Rachel spera nella presenza della Tibideaux mentre Will compete per il premio "Insegnante dell'anno".