Dopo essere entrata a far parte degli 09ers, Veronica cerca di trascorrere un'estate tranquilla per tornare ad essere "normale". Il tentativo non va del tutto a buon fine, soprattutto dopo che Wallace viene cacciato dalla squadra di football per essere stato trovato positivo ad un test antidoping.

La vita di Veronica viene ancora una volta messa sotto sopra da un evento che richiede le sue indagini: un incidente di un autobus per il quale cerca, insieme alla figlia dell'autista, di escludere il suicidio tra le possibili cause della sciagura.

Beaver decide di rivolgersi a Veronica per investigare sulla sua matrigna, Kendall, che sospetta stia tradendo suo padre. Nel frattempo, Wallace comincia a uscire con Jackie decidendo così di non seguire i consigli di Veronica.

Veronica cerca di lasciarsi alle spalle la vicenda dell'incidente d'autobus andando sotto copertura per aiutare una donna benestante a dimostrare che il marito la tradisce. Keith intanto chiede ad Alicia spiegazioni sull'uomo che l'ha riconosciuta al ristorante.

Nonostante non le vada molto a genio, Veronica decide di aiutare Jackie a scoprire chi ha rubato la sua carta di credito e, per farlo, è costretta a partecipare a un programma tv. Intanto, il mondo di Wallace viene scosso dal ritorno a casa del suo vero padre.

Veronica viene colta di sorpresa quando alla sua porta si presenta Abel Koontz, ormai in fin di vita, che le chiede aiuto per trovare sua figlia prima che lui muoia. Nel frattempo Logan riesce a riconciliarsi con suo padre quando viene arrestato per l'omicidio di Felix.

Duncan si rivolge a Veronica per affidarle un compito sotto copertura: scoprire quale dei bambini a cui faceva da babysitter Meg ha subito violenze psicologiche da parte dei genitori. Nel frattempo, Dick, Beaver e Kendall ricevono una visita dai rispettivi avvocati.

Veronica aiuta suo padre nelle indagini per scoprire chi sta cercando di dare noia ai genitori di una vittima di un incidente avvenuto sul pullman della scuola, proprio ora che i genitori sono nel mezzo di una causa contro l'istituto scolastico per negligenza.

Dopo aver trovato nuove informazioni su sua madre, Veronica si chiede quanto in realtà la conoscesse e, per questo, decide di indagare più da vicino sui suoi vecchi compagni e amici di scuola. Intanto, Trina assume il ruolo di direttrice della rappresentazione teatrale scolastica.

La giornata di Veronica non potrebbe andar peggio: viene infatti chiamata a far parte di una giuria in tribunale per un caso che coinvolge due componenti degli 09ers e una donna ispanica. Nel frattempo, Keith aiuta Lamb a trovare un altro importante tassello nelle indagini per l'omicidio di Aaron Echols.

Duncan scompare portando con sé il figlio di Meg e Lamb collabora con due agenti dell'FBI, cercando di estorcere più informazioni possibili da Veronica, che non ha intenzione di essere collaborativa. Inoltre, Wallace rivela il vero motivo per cui è tornato a Neptune.

Le speranze di Wallace di essersi allontanato da tutti i suoi guai a Chicago vengono spazzate via quando viene accusato da Rashard. Nel frattempo, Weevil fa mettere sotto sorveglianza a Veronica il confessionale di una chiesa per scoprire i traditori nella sua gang.

Quando il ricavato di una festa organizzata dalla Neptune High School scompaiono, Veronica è costretta a difendere Jackie dalle accuse degli insegnanti e degli altri studenti. Nel frattempo, Keith si incontra con suo padre Terrence Cook che si pensa possa aver avuto un ruolo nell'incidente d'auto.

Un sito privato dedicato agli studenti gay della Neptune viene hackerato e tutti i membri vengono minacciati dallo sconosciuto autore del sabotaggio, Veronica si trova in difficoltà nel riuscire a smascherare il responsabile visto che tutte le vittime vogliono rimanere anonime.

Jane, la nuova ragazza di Wallace, chiede l'aiuto di Veronica per trovare la sua sorella maggiore, scomparsa misteriosamente durante la sua festa di addio al nubilato. Nel frattempo, Logan incontra sempre maggiori difficoltà nel vivere a Neptune.

Veronica è all'Hearst College per accompagnare Wallace quando incontra il suo ex Troy che le chiede aiuto visto che è stato accusato di violenza sessuale. Intanto, Keith aiuta Cliff con un problema personale che coinvolge alcune prostitute.

Sopraffatto dal senso di colpa e dalla frustrazione, Weevil si rivolge a Veronica chiedendole di aiutarlo a consegnare alla giustizia il vero killer di Felix, ma presto capisce che probabilmente dovrà prendere la faccenda direttamente nelle sue mani.

Veronica inizia ad essere tormentata da incubi in cui vede alcuni studenti morti nell'incidente dell'autobus e che le rivelano alcuni indizi sul caso. Nel frattempo, Logan e Wallace sono costretti a lavorare insieme per un corso che stanno seguendo.

Un caso che si presentava come una semplice indagine per scoprire chi ha investito il cane di una studente, si rivela pian piano molto più interessante e complicato del previsto, visto che rivela nuovi segreti sull'incidente d'autobus e, di conseguenza, costringe Veronica a tornare sull'indagine per la morte di Lilly.

Veronica viene assunta da Gia Goodman per scoprire chi la sta pedinando e importunando. Le cose tuttavia si complicano quando Keith scopre qualcosa che coinvolge suo padre. Nel frattempo, Logan decide di organizzare un ballo alternativo della scuola, dal momento che quello ufficiale è stato cancellato.

Veronica viene chiamata direttamente in causa nel processo per omicidio a Aaron Echolls. Questo però la distrae in attesa del verdetto proprio durante i suoi esami finali. Nel frattempo, Keith trova nuove prove contro il Sindaco e le porta allo sceriffo.