Veronica comincia la sua nuova vita da matricola del college con Logan, Wallace e Mac, anche se ben presto deve tornare alle vecchie abitudini investigative quando Piz, il compagno di stanza di Wallace, denuncia la scomparsa di tutte le sue cose.

La rivista del campus assume Veronica per indagare sotto copertura sulla confraternita femminile delle Zeta Teta nell'ambito della violenza subita da Parker. Nel frattempo, Logan e Wallace si cimentano in un esperimento di sociologia per le lezioni che stanno seguendo.

L'abilità di Veronica come detective viene ancora una volta messa alla prova quando un compagno di squadra di Piz perde il libro con tutte le tattiche della sua squadra di football ed è di vitale importanza ritrovarlo prima dell'inizio della partita successiva.

Logan chiede aiuto a Veronica per scoprire che fine ha fatto la sua eredità, ma scopre dei particolari molto strani. Intanto, anche la confraternita di Dick chiede aiuto a Veronica per dimostrare la loro innocenza riguardo alla violenza avvenuta nel campus.

Quando il casinò illegale che frequenta viene rapinato, Veronica fa di tutto per riuscire a rintracciare i ladri, soprattutto perché ci tiene a riavere la collana che Lilly le aveva dato anni prima. Intanto, il figlio di Dean O'Dell sta per morire di cancro e ha bisogno urgente di un trapianto.

Veronica viene accusata di aver copiato il suo compito di fine anno quando questo viene messo da qualcuno su internet. Per provare la sua innocenza deve dunque trovare il responsabile. Nel frattempo, Wallace fa fatica a concentrarsi sullo studio visto che i suoi allenamenti di basket sono sempre più impegnativi.

Veronica cerca di aiutare una ragazza di nome Meryl che è convinta che il suo ragazzo sia in pericolo, anche se la studentessa-investigatrice cerca di farle capire che probabilmente lui la sta tradendo. Successivamente, Logan si decide a spiegare a Veronica perché secondo lui Mercer non è il responsabile dello stupro.

Keith e Veronica vengono assunti per ritrovare la nipote scomparsa del fondatore del College che minaccia altrimenti di chiudere tutte le confraternite della scuola. Intanto Logan è sempre più preoccupato per la sicurezza di Veronica man mano che si avvicina alla risoluzione del caso dello stupro.

Lo stupratore del campus decide di annunciare, sempre in forma anonima, il luogo in cui si consumerà la sua prossima violenza. Veronica decide quindi di arruolare tutti i suoi amici per riuscire a fermare lo stupratore. Nel frattempo, Logan prende una decisione drastica riguardo al suo futuro con Veronica.

Veronica e Mac aiutano le autorità del campus a rintracciare una scimmia scomparsa che, probabilmente, è stata prelevata da un gruppo di attivisti animalisti. Keith invece riceve la visita di Mindy O'Dell che sostiene che la morte di suo marito sia un omicidio e non un suicidio.

Veronica viene assunta per investigare su una ragazza che è stata un'avventura di una notte di uno studente, ma le cose si complicano decisamente quando scopre che in realtà si tratta di una prostituta. Intanto, Keith continua le sue indagini sulla morte di Neal O'Dell.

Veronica viene assunta per scoprire chi ha drogato una sua compagna di classe contro la sua volontà, ma è distratta nelle indagini quando scopre che Logan è andato a letto con Madison Sinclair. Intanto Keith aiuta Mindy O'Dell a fare irruzione nella sua casa.

Keith prende nelle sue mani un secondo caso di omicidio quando l'allenatore della squadra di basket dell'Hearst College viene trovato senza vita e suo figlio è il principale sospettato. Intanto, Logan è sempre più depresso e si rifiuta di uscire dalla sua stanza.

Veronica viene liberata dalla prigione e viene subito contattata da Josh Barry che le chiede aiuto per essere scagionato dalle accuse nell'omicidio di suo padre. Keith riceve invece delle notizie contrastanti dalla Contea.

Quando Veronica sorprende Timothy Foyle fare irruzione nel suo studio investigativo, decide di usarlo per aiutarla a scoprire il vero assassino di Dean O'Dell. Intanto, la relazione tra Logan e Parker prende una svolta inaspettata.

Con Keith che ha assunto le vesti di sceriffo, Veronica è costretta a cavarsela da sola un caso che riguarda un ristoratore del luogo. Keith invece deve fare i conti con la scarsa professionalità degli uomini alle sue dipendenze a cui ordina di multare i bar che servono alcolici ai minorenni.

Piz è felice di essere stato scelto per intervistare la rockstar Desmond Fellows, ma è costretto a chiedere l'aiuto di Veronica quando le sue tracce musicali scompaiono. Nel frattempo, Keith si prepara a concorrere alle elezioni per la carica di sceriffo.

Apollo, uno studente del college che da piccolo era stato impiegato come bambino-soldato, interviene nel programma radiofonico di Piz. Successivamente un uomo che afferma di essere suo padre si fa avanti, ma non convince del tutto Veronica che decide di avviare un'indagine.

Weevil chiede aiuto a Veronica per ripulire la sua reputazione dopo essere stato arrestato per aver venduto carte di credito false agli studenti dell'Hearst College. Egli infatti sostiene di essere stato incastrato a causa dei suoi precedenti penali.