Nikita e Michael hanno intenzione di distruggere Division e Oversight e sono preparati a utilizzare il contenuto della scatola nera per farlo. Amanda ora guida la Division ma Oversight ha assunto uno dei loro agenti per tenere d'occhio il suo operato.

Nikita e Michael incontrano Owen mentre indagano un vecchio programma della Divisione corrotto, il P9. L'uomo chiede loro aiuto ma Michael non si fida di lui, mentre Nikita vorrebbe unire le loro forze. Nel frattempo Percy chiede di poter vedere Alex.

La squadra scopre che un terrorista internazionale autore di numerosi assassini di personaggi pubblici ora lavora per la Divisione. Intanto Amanda vuole convincere Alex a uccidere un uomo, ma Nikita cerca di ostacolare il piano.

Nikita è scioccata quando scopre che una sua vecchia partner è scappata da una prigione turca. La donna infatti era stata per morta da anni e Nikita si era sempre sentita in colpa per la sua scomparsa, avvenuta proprio quando lei aveva lasciato la Divisione.

Michael scopre che una sua ex fidanzata è in grave pericolo. Sentendosi in colpa per come le cose erano finite tra loro, cerca di aiutarla: Nikita però inizia ben presto a sospettare che dietro questo aiuto ci sia ben altro.

Mentre è alla ricerca di informazioni sulla scatola della nera, Birkoff si imbatte nel certificato di nascita di Nikita. Nel frattempo Nikita e Michael rintracciano il padre di lei, ma l'incontro tra padre e figlia non va come previsto.

In prigione Ryan scopre qualcosa e organizza un incontro con Nikita per rivelarle tutto. Amanda però intercetta la loro conversazione e avvisa l'Oversight, che manda uno dei suoi agenti dall'uomo per interrogarlo.

Michael scopre che Cassandra è in pericolo e si precipita a salvarla. Scopre poi che il Generale Tupelov sta accusando la donna di aver rubato due milioni di dollari, e ora minaccia di ucciderla se la somma non gli verrà restituita.

Nikita ruba dei soldi dalla Oversight, costringendo i membri a organizzare un incontro per risolvere l'emergenza. La donna allora cerca un modo per essere presente all'incontro, in modo da identificare tutti i membri dell'organizzazione.

Con Michael fuori città, Nikita si rivolge a Owen per aiutarla a rintracciare e recuperare un'altra scatola nera. Amanda intanto realizza che Alex ha ricevuto delle informazioni privilegiate da Semak, informazione che avrebbero potuto arrivare solo da Percy.

Alex è in missione all'interno della casa in cui ha vissuto da bambina e deve quindi affrontare i fantasmi del passato. Anche Nikita, benché in una missione completamente differente, finisce con l'arrivare nella villa.

Sean attacca Nikita e Michael nel tentativo di proteggere sua madre. Nel frattempo Percy riesce a sovvertire la situazione in cui si trova e minaccia Amanda, ordinandole di lasciarlo andare via dalla Division.

Percy ordina ai suoi Guardiani di prendere i membri dell'Oversight in ostaggio fino a quando Amanda non acconsentirà alle sue richieste. Se non lo farà, i Guardiani hanno ordine di sparare a tutti gli ostaggi e un gas letale verrà rilasciato all'interno della Divisione.

Percy cerca di portare a termine il suo piano di riprendersi la Divisione, questa volta minacciando di uccidere la mentore di Nikita. La spia cerca allora di salvare la donna, lottando contro il tempo e cercando di fermare Percy.

Nikita e and Michael cercano di aiutare Carla a ricordare il suo passato. In questo modo essi possono trovare un modo per attaccare la Divisione. Nel frattempo Alex si presenza a una conferenza stampa della Zetrov e fa una rivelazione.

La Divisione si ritrova in una posizione difficile quando alcuni agenti vengono assassinati. Amanda scopre che l'uomo dietro agli omicidi e Percy, il quale sta cercando di minare la sua autorità nei confronti degli agenti della Divisione.

Michael è furioso quando scopre un segreto che Cassandra gli ha tenuto nascosto, così lui e Nikita volano a Mosca per confrontarla. Nel frattempo Alex fa un ultimo tentativo per trovare la madre mandandole un messaggio codificato tramite un'intervista televisiva.

Amanda e Ari organizzano un incontro con Zetrov e si preparano a prendere il controllo della compagnia. Nel frattempo, dopo un acceso diverbio con Amanda, Nikita ricorda i tempi in cui Amanda era una recluta all'interno della Divisione.

Percy libera di prigione una vecchia conoscenza di Nikita, un criminale che la stessa spia aveva contribuito a chiudere in cella. Una volta fuori, l'uomo mette in atto un piano per vendicarsi dei torti subiti dalla donna.

Nikita convince un riluttante Birkhoff a usare 20 milioni di dollari dal suo conto corrente per organizzare un piano per intrappolare Percy. Il piano però si ritorce contro ai due, con Percy che riesce a rubare tutti i soldi di Birkhoff.

Ryan Fletcher riesce a convincere Nikita e il resto del gruppo a cercare di ottenere dalla CIA i file necessari a fermare Percy e impedirgli di costruire una bomba nucleare. Nel frattempo Sean e Alex vivono il loro primo bacio.

Percy chiama il Presidente degli Stati Uniti d'America minacciando di far esplodere un ordigno nucleare se non verranno prese in considerazione le sue richieste. Nel frattempo Birkhoff trova due scienziati in grado di fermare il piano di Percy.