Mentre Skyler si interroga su dove sia il marito e Marie si scontra con l'invalidità di Hank - sempre più depresso - Jesse e Walt si ritrovano ad dover affrontare le conseguenze delle loro azioni e decisioni davanti a Gus e Mike e a decidere del proprio futuro.

Walt teme che Gus possa vendicarsi e - dopo aver comprato illegalmente una pistola - cerca di formare un'alleanza con Mike. Intanto Skyler propone un'adeguata offerta per la compravendita dell'autolavaggio, Hank continua a lottare con la sua semi-invalidità e Jesse è ancora visibilmente scosso dall'uccisione di Gale.

Mentre Skyler trova un modo per ottenere la cessione dell'autolavaggio dimostrandosi più scaltra ed intraprendente di Walt, viene chiesta la collaborazione di Hank per indagare sulla morte di Gale, Marie ricade in un vecchio "passatempo" che la metterà nei guai e Jesse fa sempre più fatica ad andare avanti.

Skyler si prepara per mascherare la verità e raccontare della dipendenza dal gioco del marito a Marie ed Hank, nella cui casa Walt farà una scoperta che lo metterà in allarme. Intanto Mike avvisa Gus che Jesse ormai è una mina vagante e che ha bisogno di essere rimesso sui binari giusti prima che metta in pericolo gli altri.

Walt si preoccupa per l'assenza ingiustificata di Jesse ma dopo una rabbiosa irruzione da Pollos Hermanos in cerca di Gus, viene rassicurato da Mike sull'incolumità del ragazzo. Intanto il contratto per la compravendita dell'autolavaggio viene firmato e Walt - in un momento di superbia - fa capire ad Hank che forse Heisenberg non è morto.

Dopo la cena a casa di Hank, Skyler comincia a credere che il marito stia di nuovo nascondendo la verità. Intanto Jesse e Mike continuano a lavorare insieme, e Walt sospetta che questa inusuale collaborazione faccia parte di un complotto nei suoi confronti per creare scompiglio nelle dinamiche tra lui e Jesse.

Hank chiede aiuto perché la sua inchiesta sull'uccisione di Gale prenda il via. Intanto Mike mette la pulce nell'orecchio di Jesse riguardo la sua fedeltà verso l'uomo sbagliato, Gus deve fare i conti con il cartello della droga e Skyler è costretta a trovare un modo per giustificare le esorbitanti entrate economiche di Walt.

Gus viene convocato nell'ufficio antidroga per spiegare il perché delle sue impronte nell'appartamento di Gale, ma riesce a convincere i detective della sua estraneità ai fatti. Hank però si dimostra scettico e coinvolge Walt nel tentativo di incastrarlo. Intanto si scopre come è iniziata la conoscenza tra Gus ed Hector Salamanca.

Skyler viene coinvolta nei problemi fiscali del suo ex capo ed ex amante, Ted, che rischia il carcere per frode, decidendo poi di aiutarlo per evitare che anche lei finisca nei guai. Intanto, dopo una sparatoria, Gus accetta le condizioni del cartello messicano della droga e fa capire a Jesse di volere solo la sua collaborazione e non quella di Walt.

Skyler decide di aiutare Ted - e se stessa - donandogli la somma necessaria a pagare il debito attraverso l'eredità di una finta zia. Intanto Jesse va in Messico insieme a Gus e Mike per dimostrare ai chimici di Don Eladio il processo di creazione del loro prodotto, e Walt cerca di recuperare le forze dopo la rissa con Jesse.

Hank sta chiudendo il cerchio intorno a Gus e all'intera operazione cercando ancora l'aiuto logistico di Walt, che si sente sempre più minacciato e cerca di rimediare in modo estremo. Skyler consulta Saul per risolvere la questione dei soldi che Ted non vuole accettare dall'ex amante mettendola quindi nei guai.

Marie ottiene il permesso per far stare la famiglia White sotto custodia a casa sua, ma Walt non accetta e rimane da solo difendendosi dalla prossima mossa di Gus. Intanto Jesse riceve una notizia inaspettata che lo agita fino a portarlo alla sete di vendetta e Gomez cerca di mandare avanti le indagini di Hank.