Siamo nel 1476. Il duca di Milano viene assassinato il 26 dicembre. Leonardo da Vinci intanto disegna macchine volanti, mentre Papa Sesto IV, a cui Leonardo aveva venduto alcuni suoi progetti, viene accusato di aver avuto relazioni omosessuali.

Leonardo inizia a costruire una macchina da guerra per i Medici, una sorta di mortaio, ma i suoi primi tentativi falliscono. Nel frattempo, il Papa invia suo nipote per indagare sulla figura di Leonardo e scoprire la natura del suo genio.