Alice torna a casa dal padre; tutti pensavano fosse morta. Per le sue storie sul Paese delle Meraviglie verrà rinchiusa in un manicomio, dove il Dr. Lydgate cercherà di curarla. Prima dell'operazione, viene salvata dal Fante di Cuori e dal Bianconiglio che le rivelano che Cyrus, il suo amato, è ancora vivo.

Nel Paese delle Meraviglie, Alice si inventa un piano per trovare Cyrus e usa la lampada del genio come esca per scoprire chi ha davanti e chi sono i suoi veri amici. Nel frattempo la Regina Rossa e Jafar si affrontano.

Cyrus ha ingannato con successo Jafar e la Regina Rossa mandando il Grafobrancio alla ricerca di Alice. Nel frattempo si scopre il segreto nascosto del Bianconiglio.

Quando il Fante si troverà in pericolo, Alice dovrà decidere se usare uno dei desideri; nel frattempo farà amicizia con una curiosa lucertola. La regina Rossasarà in difficoltà quando dovrà decidere con Jafar se uccidere il Fante o no.

La Regina Rossa fa un patto con Alice per ricevere alcune informazioni su Cyrus; quest'ultimo fugge dal castello di Jafar lasciando il Bianconiglio in una situazione compromettente.

Jafar decide di andare nel manicomio dove era ricoverata Alice per rivelare alcune cose al Dr. Lydgate. Nel frattempo Alice attraversa la Foresta Nera per trovare Cyrus.

Alice scopre che il padre si trova nel Paese delle Meraviglie e questo li porta ad aggiustare un po' le cose fra loro. In alcuni flashback si scopre come mai Jafar è diventato il cattivo che è adesso.

Alice si mette alla ricerca del Bianconiglio per chiedergli spiegazioni riguardo il suo comportamento. Jafar e la Regina Rossa si scontrano tra loro causando vari problemi nel Paese delle Meraviglie.

Il Fante viene rilasciato dalla bottiglia da Lizard e le è data la possibilità di realizzare i suoi sogni con tre desideri. Cyrus e una riluttante Alice collaborano con la Regina Rossa per trovare e salvare il Fante, mentre la Regina Rossa viene catturata dai contadini che vogliono riscattarsi dal suo regno crudele.

Come in un flashback, le azioni di Cyrus portano a un giorno spaventoso in cui sua madre è a un passo dalla morte.

Cyrus e Alice scoprono informazioni allarmanti: il Fante deve dare informazioni a Jafar al fine di aiutare la Regina Rossa.