Barry Allen è un membro della polizia scentifica di Central City. Appassionato di scienza, viene colpito da un fulmine quando l'acceleratore di particelle dello S.T.A.R. Labs esplode: l'evento lo tiene in coma per nove mesi, ma al risveglio il giovane scopre di essere in grado di muoversi a una velocità non umana, e di far parte di quelli che il dottor Wellschiama "metaumani".

Durante un incontro con lo scienziato Simon Stagg, Allen cerca intervenire quando sei uomini armati creano scompiglio tra la folla, ma sviene prima di poterli fermare. Nel frattempo, Cisco, Wells e Caitlin cercano di capire cosa sia andato storto in un organismo apparentemente invincibile, mentre Joe accusa Barry di giocare col fuoco e rischiare la vita nel suo nuovo passatempo da vigilante.

Joe cerca di convincere Barry a non far evadere di prigione il padre ma invece indagare riaprendo il suo caso. Nel frattempo, un gruppo di criminali viene ucciso attraverso un gas velenoso che inspiegabilmente crea un secondo DNA nei loro cadaveri, mentre Caitlin rivive i momenti tragici dell'esplosione che ha ucciso il suo fidanzato, Ronnie Raymond.

Flash sventa una rapina ma decide di salvare un'innocente piuttosto che inseguire i colpevoli. Tra questi, l'unico che Barry riesce a identificare è Leonard Snart, il leader, il quale si trova in possesso di un'arma capace di fermare l'uomo più veloce del mondo. Nel frattempo, Felicity Smoak decide di far visita a Barry e confessargli di conoscere il suo segreto, mentre Joe fatica ad accettare la relazione della figlia con Eddie.

Una bomba esplode in un edificio in città, ma il caso viene tolto dalle mani del detective West quando il generale Wade Eiling richiede che le indagini diventino di competenza dell'esercito, poiché la persona coinvolta nell'incidente, Bette Sans Souci, è un ex sergente. Nel frattempo Iris è sempre più ossessionata dal misterioso vigilante, e costringe Barry a intervenire.

Mentre Joe cerca l'aiuto di Tom nel cercare di capire cosa sia successo a Nora Allen quattordici anni prima, Iris è imperterrita nella sua missione di far conoscere al mondo quello che a breve sarà chiamato The Flash. Nel frattempo, Barry ha a che fare con un meta-umano di cui conosce l'identità: Tony Woodward.

Durante uno scontro con Farooq, anche quest'ultimo vittima dello stesso incidente ed in grado di immagazzinare elettricità, Barry rimane vittima di una delle sue scariche elettriche, la quale lo priva improvvisamente dei suoi poteri. Nel frattempo, un uomo ossessionato dal tempo e dagli orologi - William Tockman - viene portato al distretto di polizia, e durante un momento di blackout prende in ostaggio i presenti, compresi Iris e Joe.

Una serie di omicidi ed un boomerang conducono Oliver Queen, Felicity Smoak e John Diggle a Central City, e Barry coglie l'occasione per chiedergli aiuto nel cacciare il meta-umano che sta letteralmente diffondendo rabbia nella città. Nel frattempo, Eddie si ostina nel pretendere una task force dedicata alla cattura di The Flash, nonostante il continuo rifiuto del capitano Singh.

Mentre Caitlin si ritrova faccia a faccia con Firestorm, Allen si scontra il misterioso uomo in giallo, Reverse-Flash, responsabile dell'omicidio di Nora. Ancora più veloce di Flash, l'uomo viene catturato solo quando Wells e Cisco costruiscono una trappola usando come esca un dispositivo creato dal Mercury Labs, che nelle sue mani potrebbe renderlo ancora più potente e pericoloso. Nel frattempo Barry decide di non voler più mentire ad Iris.

Leonard Snart (aka Captain Cold) torna a Central City in cerca di vendetta, questa volta con l'aiuto di Mick Rory (aka Heat Wave): il duo di criminali cerca di attirare l'attenzione di The Flash con delle banali infrazioni. Nel frattempo, dopo l'incontro con Reverse Flash Barry cerca di migliorare le sue potenzialità adesso che sa di non essere l'uomo più veloce del mondo, mentre Iris si prepara al trasferimento a casa di Eddie.

Una vecchia conoscenza di Wells, Hartley Rathaway, torna a farsi vivo con l'alias di Pied Piper (il Pifferaio), intento a vendicarsi nei confronti del suo ex mentore e minacciando di rivelare uno suo segreto. Nel frattempo Iris inizia col piede sbagliato il suo nuovo lavoro da giornalista, assunta soltanto per le sue presunte conoscenze, mentre Joe chiede aiuto ad Eddie per indagare su Wells.

Mentre la voglia di Cisco di scoprire la verità su Ronnie lo mette nei guai con Hartley, Caitlin decide che è arrivato il momento di andare avanti e convince Barry ad una serata di karaoke. Nel frattempo, Shawna Baez riesce con i suoi nuovi poteri a fare uscire di prigione il suo ragazzo, Clay Parker, e dalla prigione Henry Allen cerca di aiutare Barry con le indagini.

Quando Stein — intrappolato nel corpo di Ronnie — attacca un suo ex collega nel tentativo di chiedere aiuto, Flash, Caitlin e Wells si mettono sulle sue tracce. Nel frattempo, Joe chiede assistenza a Cisco per tornare sulla scena del crimine ed indagare sulla morte della madre di Barry, mentre quest'ultimo fatica a bilanciare la vita del suo alter ego con quella personale.

Dopo la separazione di Firestorm in Ronnie e il dr. Stein, Wells è convinto che i due siano ormai al sicuro ma ignora che l'esplosione nucleare che ha causato la rottura ha allertato l'esercito ed in particolare il generale Eiling. Nel frattempo Joe confessa a Barry di aver indagato sull'evento che ha portato alla morte della madre, mettendolo al corrente della scoperta fatta da Cisco.

Dopo aver acquisito il potere di alterare gli elementi atmosferici durante l'esplosione a Star Labs, Mark Mardon torna a Central City in cerca di vendetta verso il detective che ha ucciso il fratello, Joe. Nel frattempo, Iris comincia a sospettare di Wells nel caso della scomparsa di Simon Stagg, mentre Cisco è vicino a scoprirne la vera identità quando indaga sull'evento che ha portato Reverse Flash at attaccare il collega.

Flash si rende conto di essere tornato indietro nel tempo di un giorno, e decide di non seguire il consiglio di Wells sul non alterare lo spazio temporale catturando Mark Mardon prima che sia troppo tardi. Questo scatena una serie di eventi di cui Barry si sente responsabile, compreso il ritorno di Heat Wave e Captain Cold a Central City.

Un assassino che si fa conoscere al mondo col nome di Trickster sta terrorizzando Central City con una serie di bombe, e per fermarlo Barry e Joe sono costretti ad incontrare l'originale, James Jesse, un genio del crimine rinchiuso in carcere da venti anni. Nel frattempo, mentre viene rivelato come Eobard Thawne sia diventato Harrison Wells, Barry è sempre più convinto che quest'ultimo sia in realtà Reverse Flash.

Mentre Eddie impara a conoscere i pregi dell'usufruire dell'aiuto di The Flash per risolvere casi, Barry è ancora incerto sul da farsi con Cisco e Caitlin, temendo che i due possano prendere le parti di Wells una volta svelato il suo segreto. Nel frattempo Felicity e Ray Palmer arrivano a Central City per perfezionare il costume di The Atom.

Mentre Joe e Cisco si recano a Starling City per continuare le indagini su Wells con l'aiuto del Capitano Lance, Barry si trova in difficoltà con l'ultimo caso di un meta-umano —Hannibal Bates— in grado di trasformarsi nelle sembianze di chiunque tocchi, inclusi Iris, Caitlin, Eddie e The Flash.

Mentre Eddie prende una decisione che potrebbe cambiare la sua vita insieme ad Iris, Barry decide di tendere una trappola a Wells dopo aver scavato nel subconscio di Cisco ed aver visto quella che sarebbe potuta essere la morte del suo collega per mano di Eobard Thawne.

La disperata ricerca di Eddie deve essere interrotta quando The Flash è costretto a fermare una rapina alla riserva aurea della città, ma una volta sul posto Allen viene assalito da uno strano attacco psicologico. Nel frattempo Iris smaschera il suo migliore amico facendogli sapere di essere a conoscenza della sua doppia vita, mentre quest'ultimo si prepara ad affrontare Grodd insieme a Cisco e Joe.

Mentre Cisco scopre il motivo che permette a Wells di essere sempre un passo avanti a Barry, l'acceleratore di particelle viene attivato all'interno dello S.T.A.R. Lab: per evitare che i meta-umani imprigionati al suo interno vengano uccisi, The Flash chiede supporto logistico al team di Oliver Queen, ma quando quest'ultimo non basta l'unica soluzione è rivolgersi a Snart.