Molly torna sulla stazione spaziale per capire come mai Sean Glass non dà più segni di vita, ma una volta sul posto scopre che Katie Sparks è davvero deceduta per mano aliena e che presto potrebbe essere troppo tardi per l'intera umanità. Nel frattempo, John scopre che Ethan ha una bomba all'interno dei suoi circuiti, e che ce il pulsante per detonarla è in mano del figlio.