Sotto controllo del generale Tobias Shepherd, Molly è costretta a mentire davanti al Congresso sugli eventi che hanno portato alla morte di Ethan, e allo stesso tempo è costretta a fare i conti con il possibile tradimento di John con Julie. Sei mesi dopo, Molly si ritrova ricoverata dopo un tragico evento che l'ha resa instabile e piena di rabbia, e il suo viaggio si incrocerà con quello JD Richter.

Con l'aiuto di un riluttante JD, Molly scopre dell'esistenza di un'altra donna incinta che presenta gli stessi sintomi da lei provati, e l'ex astronauta decide di avvisarla dell'imminente pericolo. Nel frattempo Julie fa fatica a contenere gli sbalzi di umore di Ethan, mentre i superiori le mettono pressione perché un nuovo prototipo Humanics venga attivato al più presto.

Mentre l'eliminazione della madre dalla memoria di Ethan comincia ad avere ripercussioni inaspettate, Molly scopre finalmente che il figlio alieno non è stato ucciso e continua ad agire indisturbato. Nel frattempo Julie si accorge che il nuovo Humanics, Lucy, potrebbe creare delle ostilità nel gruppo.

Molly collabora con Sheperd ed il governo per riuscire a formulare una mappa genetica delle spore in modo da poter curare le donne affette. Nel frattempo Ethan continua ad avere ricordi della madre e decide di cercarla, mentre Lucy tenta di manipolare Charlie per evitare che il suo codice venga alterato.

Dopo aver scoperto che è ancora vivo, Molly si mette sulle tracce di Ethan e si ritrova faccia a faccia con Julie, la quale confessa di aver cancellato ogni sua memoria nel software del robot. Nel frattempo JD indaga sulla morte di John, mentre Lucy mette a segno la sua prima vittima.

Dopo aver scoperto di possedere un dna in parte alieno, Molly decide di mettersi in contatto con Adhu per trovare una cura, ma quest'ultimo coglie l'occasione per farle capire le intenzioni pacifiche della sua specie. Nel frattempo Ethan è sempre più diffidente degli umani e in particolare di Julie, mentre Schaefer ordina altri dieci Humanics per formare un esercito.

Dopo aver cercato di trovare un accordo con Sheperd, Molly e JD scoprono di essere ricercati ed accusati di terrorismo. Mentre il generale si prepara all'attacco con l'esercito di Humanics, Molly deve decidere da quale parte schierarsi, mentre JD è costretto ad abbandonarla quando il governo usa la sua famiglia per arrivare a lui.

Dopo l'attacco del GSI alla base degli ibridi, Molly cerca di salvare la vita del figlio Adhu, colpito dal virus che lei stessa ha creato. Nel frattempo JD si consegna alle autorità per liberare la figlia, trattenuta da Sheperd, mentre Charlie e Julie si rendono conto della minaccia che Lucy rappresenta.

Molly —adesso nelle mani di Sheperd e del GSC— teme di non riuscire a sopravvivere il virus e chiede di poter vedere Ethan, mentre quest'ultimo decide di riacquisire le memorie della madre. Nel frattempo Nate è alla ricerca di un antidoto, mentre Ares ha un asso nella manica per sferrare un attacco alle autorità.

Molly si risveglia dall'apparente morte attraverso una sorta di muta, la stessa che ha permesso a Terra di sopravvivere all'attacco degli Humanics. Quest'ultimi sono adesso sotto il controllo di Fiona Stanton, la quale è convinta che nel GSC ci sia una spia che aiuta il nemico.

Grazie ad Ethan ed alla sua scacchiera, Molly riesce a rintracciare Nicholas Calderon —l'ex collega di John ritenuto colpevole della sua morte e di quella di Sheperd— e a scoprire l'importanza dell'amuleto visto nella sua visione. Nel frattempo Julie e Charlie organizzano un piano per scoprire da dove arrivino gli ordini di Lucy.

Molly capisce che l'unico modo per fermare l'esercito di Humanics è quello di contattare Fiona Stanton e convincerla dell'imminente pericolo, in modo che quest'ultima possa aiutarla nel mettere fuori uso TAALR. Nel frattempo Lucy ed il suo esercito è pronto ad un violento attacco contro l'umanità.