Inseguendo un giovane ragazzo con pericolosi poteri la dottoressa Helen Magnus incontra Will Zimmerman, uno psichiatra, che potrebbe essere la persona adatta ad aiutarla nella sua disperata missione.

Mentre Will Zimmerman approfondisce la sua conoscenza del mondo in cui la dottoressa Magnus lo ha portato, è costretto ad affrontare le sue vecchie paure. Contemporaneamente in un altro luogo una vecchia conoscenza della dottoressa si avvicina all'obbiettivo a cui stava dando la caccia da molto tempo.

Helen Magnus, sua figlia Ashley e Zimmerman viaggiano fino al Nord della Scozia per indagare su una cripta, dove però scoprono tre donne dal passato misterioso che riportano poi al Sanctuary per offrire loro riparo.

Mentre la squadra Sanctuary si trova ad investigare su una serie di rapine, incontra un gruppo di ladri che sembra possedere un'abilità del tutto particolare: essi sono in grado infatti di inserirsi tra i buchi della legge.

Di ritorno da un viaggio in Himalaya per catturare un essere anormale, l'aereo su cui viaggiano Magnus e Will precipita in un luogo sperduto. La sopravvivenza non è l'unica cosa di cui i sopravvissuti devono preoccuparsi.

Due anormali, apparentemente del tutto innocui, vengono portati al laboratorio del Sanctuary. Il team si accorge però che c'è qualcosa che non va quando i membri della squadra cominciano a sentire un'attrazione animale reciproca.

Quando Magnus incontra a Roma una vecchia conoscente, egli le dice che su di lei si abbatterà una vendetta per gli eventi di "Fata Morgana". Ben presto però lei scopre che la sua fedeltà non è intatta come in quei giorni in cui entrambi facevano parte di un gruppo chiamato "The Five".

Il detective Kavanaugh chiede aiuto a Will per risolvere un caso di suicidio che sembra quantomeno sospetto. Le indagini rivelano che è coinvolto un ragazzo di nome Edward che possiede una particolare abilità.

Magnus e Will si recano nel Triangolo delle Bermuda per rispondere alla chiamata ricevuta da una delle specie di anormali che vive lì. Una volta sul luogo, essi cercano di contattare la specie con il loro sonar.

Quando Danny, un vecchio amico di Will, scompare nel nulla, sua moglie gli chiede aiuto per riuscire a trovarlo. Con l'aiuto di Helen e Ashley iniziano le ricerche che li portano fino ad un casolare abbandonato.

Disperatamente alla ricerca di una storia esclusiva, Amy Saunders e il suo cameraman si avventurano all'interno di un edificio evacuato, dove qualche giorno prima tre persone erano state uccise da una misteriosa creatura.

Magnus e il suo team si devono confrontare con la concreta possibilità di una guerra, quando un virus infetta gli anormali e questi, per reazione, attaccano gli umani. John Druitt inoltre fa un inaspettato ritorno a Sanctuary.