Il vigilantismo notturno di Daredevil aiuta a mantenere la pace in Hell's Kitchen, ma l'apparente quiete sta per essere disturbata dall'arrivo di un esercito costituito da un solo uomo, intento a distruggere ogni mafia e gang organizzata dalla città. Nel frattempo, Foggy e Karen cercano di proteggere l'unico testimone che potrebbe fare luce sul caso.

In seguito alla sparatoria all'ospedale, Foggy riesce a rintracciare Matt, ferito ma ancora vivo dopo lo scontro con Punisher, e lo intima ad appendere "l'uniforme" al chiodo per evitare di spargere ancora più sangue. Nel frattempo una coppia di procuratori distrettuali si intromettono nel caso del testimone in cerca di protezione, che potrebbe servire da esca per catturare Frank Castle.

Dopo la mancata cattura, Frank tiene Daredevil prigioniero nella speranza di fargli capire i suoi brutali metodi ottengono risultati migliori. Nel frattempo Foggy chiede aiuto a Claire per ritrovare Matt, mentre Karen cerca di persuadere l'assistente procuratore Tower nel fornirle il materiale necessario per portare avanti delle indagini su Punisher.

La mafia irlandese è in cerca di vendetta contro l'uomo che ha dimezzato i loro ranghi, mentre Daredevil è pronto a correre in aiuto. Nel frattempo Karen prende l'iniziativa di indagare sul passato di Frank Castle e capire cosa si nasconda dietro la sua furia omicida, anche a costo di optare per metodi illegali.

Elektra Natchios, una vecchia e pericolosa fiamma, arriva ad Hell's Kitchen per sconvolgere il mondo di Matt, il quale torna improvvisamente ad essere coinvolto con gli Yakuza. Nel frattempo Karen propone uno scambio ad Ellison, l'editore del New York Bulletin per il quale Ulrich lavorava, mentre Foggy chiede aiuto a Marci nello scoprire quali siano i piani del procuratore distrettuale Samantha Reyes.

Elektra riesce a convincere Matt ad unire le forze per un'ultima volta ed aiutarla ad avere la meglio sugli Yakuza. Nel frattempo lo studio legale Nelson & Murdock acconsente a difendere The Punisher per salvarlo da morte certa, un'occasione che permette a Karen di vedere Frank Castle sotto una nuova luce.

Mentre Matt fatica a gestire la sua doppia vita e l'intrusione di Elektra, lo studio legale Nelson & Murdock si prepara al "processo del secolo" contro Frank Castle, il quale però si rifiuta di corroborare la tesi della difesa. Nel frattempo Daredevil scopre dell'esistenza dei traffici illegali degli Yakuza, e di sito tenuto sotto stretta sorveglianza.

Attaccati da un gruppo di ninja, Daredevil ed Elektra riescono a salvarsi solo grazie al repentino intervento di Stick, il quale rivela all'ex allievo la storia di un gruppo di assassini che si fa chiamare La Mano. Nel frattempo Karen convince Frank a parlare in corte, ma la sua testimonianza viene corrotta dall'intervento di un altro carcerato.

Fisk tenta di assumersi il controllo completo della prigione sfruttando la sete di vendetta di Frank. Intanto Matt pone fine al rapporto con Elektra e permette a Foggy di salvare la propria carriera, mentre Karen decide di affidare ad Ellison le indagini su The Punisher.

Dopo aver consegnato i giovani prigionieri di Nobu nelle cure di Claire, Matt scopre che Frank Castle è evaso dalla prigione, e Reyes lo convoca insieme a Foggy e Karen. Quest'ultima intanto, spronata da Ellison, cerca di scoprire chi potrebbe essere la prossima vittima di The Punisher.

L'ospedale viene attaccato dal gruppo di mortali ninja al servizio de La Mano, mentre Karen viene messa sotto custodia protettiva in seguito alla sparatoria che ha distrutto il suo appartamento. Nel frattempo Daredevil e Punisher si ritrovano sulle tracce di un nemico comune, il famigerato Black Smith.

Nonostante la loro associazione lavorativa sia ormai giunta al capolinea, Foggy fornisce a Matt una dritta su come poter tendere un agguato ai ninja de La Mano. Nel frattempo Ellison convince Karen a scrivere un profilo su sul vero Frank Castle, e per farlo si rivolge al colonnello Schoonover.