L'aereo presidenziale viene dichiarato disperso ed Elizabeth si ritrova al centro di giochi di potere che non avrebbe mai immaginato. Inoltre, Henry è in forte disaccordo con il suo nuovo responsabile nella Defense Intelligence Agency, Jane Fellows, per aver chiesto di assumere uno dei suoi studenti russi per la NSA.

Dopo aver ricevuto consigli dall'ex segretario di Stato Madeleine Albright, Elizabeth sceglie di ignorare la raccomandazione del presidente Dalton su come negoziare il ritorno sicuro di un dipendente del Dipartimento di Stato rapito in Afghanistan.

Elizabeth e l'amministrazione del presidente Dalton si trovano ad affrontare atteggiamenti ostili durante il tentativo di trattare con il governo russo. Inoltre, Dmitri viene rapito e accusato di essere una spia russa.

Elizabeth si ritrova esclusa dalla cerchia ristretta del presidente dopo che si è mostrata in disaccordo nella sua risposta alla crescente tensione con la Russia. Inoltre, quando vengono diffuse alcune foto incriminanti di Stevie e Harrison, Elizabeth e Henry devono affrontare le conseguenze e proteggere la loro figlia dai media.

Sulla scia della morte del Presidente Ostrov, Elizabeth e il Presidente Dalton temono una presa di potere all'interno del governo russo. Inoltre, il Coordinatore della Cybersicurezza del governo Oliver Shaw lavora per identificare l'hacker che ha interferito con il sistema di comunicazione sull'Air Force One.

Dopo che un operatore umanitario americano viene ucciso in Siria dall'ISIS, Elizabeth richiama tutti gli operatori umanitari di stanza lì, compreso suo fratello, Will. Henry è combattuto quando Dmitri chiede il suo aiuto per salvare Ivan, richiamato a Mosca.

Con il sostegno del Presidente Dalton, Elizabeth cerca di ottenere il sostegno del Senato per revocare l'embargo commerciale nei confronti di Cuba. Inoltre, Henry e Alison legano durante il tour all'Avana insieme.

Come la tensione sale con la Russia, Elizabeth, Russell e Mike B. preparano un piano per cacciare Craig Sterling dal suo ruolo di consigliere di sicurezza nazionale senza danneggiare il Presidente Dalton con uno scandalo. Inoltre, Efraim Ware, il direttore della National Intelligence, scopre chi ha hackerato l'Air Force One.

Poco prima che Elizabeth stia per fare un discorso alle Nazioni Unite accusando la Russia dell'attacco all'Air Force One, Henry condivide informazioni che le fanno riconsiderare la sua teoria.

Dopo aver scoperto un segreto che potrebbe rovinare la reputazione di Maria Ostrov, Elizabeth e il presidente Dalton vanno in Svizzera per incontrarsi con lei e usare le informazioni per trovare una soluzione pacifica al conflitto con la Russia. Inoltre, Dmitri chiede di essere liberato dalle sue funzioni come spia.

Elizabeth cerca di salvare l'accordo di pace con la Russia dopo che un evento inaspettato minaccia di dissolverlo. Inoltre, Elizabeth viene coinvolta in una situazione di emergenza a bordo della Stazione Spaziale Internazionale.

Elizabeth va a Myanmar per firmare un accordo commerciale delle isole del Pacifico, che modernizzerà la loro rete elettrica e porterà benefici a molti dei suoi partner commerciali, ma incontra la resistenza dell'ambasciatore americano del paese che si è immerso nella cultura locale. Inoltre, Nadine cerca di ricucire il rapporto con il figlio lontano.

Dopo la morte del padre, la famiglia di Henry scopre segreti scioccanti che riaprono vecchie ferite. Inoltre, sua sorella Maureen, in lutto, incolpa Henry di non aver passato abbastanza tempo in casa. Intanto, Russell ha delle informazioni importanti sulla squadra di Elizabeth al Dipartimento di Stato.

Mentre Elizabeth sovrintende a una missione per rintracciare i colpevoli di una rapina di uranio in Europa orientale, si occupa anche di questioni scottanti in Arabia Saudita, tra cui il timore che due ragazze adolescenti americane volessero unirsi a un gruppo terrorista, che minaccia di inserirsi in un importante affare di armi.

In seguito a un evento scioccante avvenuto sul suolo degli Stati Uniti, Elizabeth si precipita per trovare le risposte a molte domande del presidente Dalton su come sia potuto succedere.

Dopo che una nave da guerra italiana risponde a una chiamata di soccorso da una nave che trasportava profughi libici, Elizabeth ha 20 minuti per decidere cosa fare di un passeggero che sostiene di conoscere la sorte di Jibral Disah, il terrorista più ricercato del mondo. Inoltre, Stevie porta il suo ragazzo, Jareth, a casa per incontrare i suoi genitori.

Mentre Elizabeth accompagna Alison in un tour nel campus universitario, è assalita dai manifestanti di una miniera cilena che coinvolge i governi americano e cileno. Inoltre, Henry, Jane e José Campos tentano di rintracciare la terza moglie di Jibral Disah, Hijriyah.

Quando Elizabeth tiene dei colloqui di pace tra i primi ministri di India e Pakistan, un misterioso incidente aereo legato a entrambi i paesi fa sì che le parti rivalutino l'accordo. Inoltre, nel tentativo di aiutare l'NSA a trovare il terrorista Jibral Disah, Henry si avvicina a un ex insegnante di una delle mogli di Disah per delle informazioni, mentre Elizabeth resiste a un colloquio estenuante con Jane Pauley.

Dopo aver appreso che un membro dell'inner circle dell'organizzazione terroristica "Boko Haram" si è ammalato con un virus mortale, Elizabeth pensa a un piano per sfruttare la sua debolezza e rilasciare un gruppo di studentesse che sono tenute prigioniere. Inoltre, Henry riceve nuove informazioni sul terrorista Jibral Disah che porta la sua squadra più vicina a individuare la sua posizione.

Elizabeth fa il suo primo discorso all'Assemblea generale delle Nazioni Unite condannando formalmente il gruppo terroristico Hizb-al Shahid e discutendo di formare una coalizione contro di loro con il Ministro degli Esteri russo. Tuttavia, i colloqui causano un conflitto di interessi tra Elizabeth e Henry, che è alla ricerca di un modo per salvare la sorella malata di Dmitri, Talia Petrov, dal governo russo.

Quando il presidente Dalton afferma che il terrorista più ricercato del mondo, Jibral Disah, si nasconde a Islamabad, manda la "Stazione Murphy" - Henry, Jane e José - in missione per eliminare la minaccia. Elizabeth e Henry vanno a una terapia di coppia.

Gli Stati Uniti devono "render sicura" una missione per proteggere le armi nucleari del governo pakistano prima chwe crolli, mentre la stazione Murphy insegue il terrorista Jibral Disah.