Un gruppo eterogeneo di reclute dell'FBI inizia la propria formazione presso la base di Quantico. Sono tutti brillanti e preparati, e sembra impossibile che uno di loro abbia in mente di progettare il più grande attacco terroristico dopo gli attentati dell'11 settembre 2001.

Alex è in fuga e deve superare in astuzia Liam e la sua squadra per entrare nel suo appartamento e cercare qualunque cosa possa riabilitarla. Nel frattempo, in un flashback alla Quantico, i NATS hanno il compito di trovare un ago in un pagliaio, alla ricerca di potenziali minacce alla sicurezza nazionale.

A Quantico, Alex finalmente riceve informazioni su suo padre e sul suo passato nell'FBI, ma ora è sua madre, Sita, a svolgere un ruolo chiave quando Liam la convince a partecipare a una conferenza stampa sulla televisione nazionale. Nel frattempo, le reclute continuano a studiarsi a vicenda.

A Quantico le reclute hanno il compito di svolgere un'esercitazione di salvataggio di alcuni ostaggi che scuote Alex. Nel futuro, intanto, Alex continua a cercare indizi, trovandone uno che mette in dubbio l'innocenza di uno dei suoi compagni più vicini.

Alex e Ryan avvicinano sempre di più, mentre le capacità delle reclute vengono messe a dura prova. Alex decide di raccontare la sua versione dei fatti e si siede per la sua prima intervista pubblica.

I NAT mettono in pratica la sorveglianza su Miranda e suo figlio Charlie. Shelby cerca di tenere Caleb a distanza, ma Raina apre la porta a un rapporto più stretto con Simon. Nel futuro, Alex viene aiutata quando cerca di violare un computer dell'FBI.

È il periodo degli esami di medio termine a Quantico. Nel futuro, Alex continua a cercare di scagionarsi, con Nimah e Raina che fanno sorgere più domande che risposte.

Nel futuro, viene violato il sistema informatico dell'FBI e file riservati diventano pubblici, il che porta Alex alla conclusione che è stata innescata una seconda bomba da qualche parte a New York. Di ritorno a Quantico, alle reclute vengono assegnati incarichi individuali, ma presto ci si rende conto che fanno tutti parte di un quadro più grande.

A Quantico, i NATS frequentano una classe con ospite la dottoressa Susan Langdon. La dottoressa Langdon è un'ex agente e profiler che dà alle reclute il compito di esaminare alcuni casi di serial killer per trovare l'unica vittima che non fa parte della serie di omicidi. Ma quando Simon diventa troppo curioso con cose che non lo riguardano, la sua vita si ritrova in pericolo.

A Quantico, un'udienza disciplinare d'emergenza causa la rivelazione di molti segreti, mentre nel futuro Alex lavora segretamente con il suo team per trovare il vero attentatore il più presto possibile.

Finalmente vengono identificati i terroristi responsabili dei bombardamenti alla Grand Central Station, ma invece di risposte ci sono solo altre domande. Mentre tornano a Quantico, le reclute ricevono dei meritati giorni di riposo per le vacanze, ma non tutti sono così allegri.

Alex si ritrova a dover testimoniare a proposito dell'attentato terroristico. Convinta che Elias non abbia agito da solo, è determinata a trovare risposte che la portino alla verità. Nel frattempo, un nuovo gruppo di NATS si unisce alle reclure, causando tensione e competizione.

Questa settimana i NATS devono imparare come ottenere informazioni da informatori confidenziali, ma quando provano le loro abilità nel mondo reale, si rendono conto che essere un agente non è così facile come sembra. Nel frattempo, nel futuro, Alex e un ex agente si trovano in una situazione pericolosa quando sono costretti a fornire informazioni classificate che potrebbero avere conseguenze gravi.

A Quantico, la squadra NATS si unisce per delle lezioni di difesa, mentre le tensioni tra Liam e Drew esplodono una volta per tutte. Nel futuro, Simon deve fare i conti con tutto quello che è accaduto.

Una cellula terroristica cerca di infiltrarsi a Quantico, costringendo Miranda e Liam a pagare un prezzo altissimo. Intanto, nel futuro Alex continua ad ottenere istruzioni dal terrorista, solo che questa volta è la vita di Claire Haas a essere in pericolo.

A Quantico, i NATS stanno facendo un addestramento che mette in difficoltà Shelby. Nel futuro, Alex trova un improbabile alleato in Hannah, mentre si continua a cercare di fermare il terrorista.

A Quantico i NATS hanno il compito di scoprire un traffico di esseri umani. Liam e Miranda sfidano la fortuna e attraversano il confine canadese degli Stati Uniti senza passaporto. Nel frattempo, nel futuro, Simon aiuta Alex nella ricerca del terrorista, ma così facendo mette in grave pericolo la sua vita.

A Quantico i NAT cerano la talpa al loro interno e nel mentre Alex, Shelby e Iris scoprono alcune verità sorprendenti su Drew, Will e Caleb. Nel frattempo, nel futuro, Alex contatta Claire Haas per trovare i suoi amici scomparsi e scopre con sgomento cosa è successo a Caleb.

È il career day a Quantico e i NATS incontrano i rappresentanti dell'FBI per scoprire qualcosa in più sui loro percorsi futuri. Nel futuro, Alex continua a cercare il terrorista, e nel processo, scopre alcuni volti noti - tra cui uno che conosce lo scopo del terrorista.

A solo poche settimane dalla laurea, i NATS sono inviati ai vari uffici sul campo, e Alex e Ryan si ritrovano a lavorare insieme su un caso. Nel frattempo, nel futuro, il rapporto di Shelby e Caleb è a una svolta e Alex non sa di chi fidarsi quando scopre nuove informazioni sull'uomo che ama.

I NATS sono entusiasti del fatto che la promozione sia vicina mentre si preparano a lasciare Quantico con la testa ai loro nuovi incarichi. Nel futuro, Alex viene a sapere che qualcuno che lei ha a cuore a Quantico non è quel che sembrava essere quando si ritrova al centro di un altro possibile attacco.