Tra lo stupore e la gioia di tutti, Don Matteo è di nuovo a Gubbio! Ma dopo il ritrovamento del corpo di un noto agronomo, cala un’ombra sulla comunità. Ma stavolta sembra che il nostro sacerdote non voglia più saperne di indagare… Riuscirà Cecchini, al settimo cielo per il suo ritorno a coinvolgerlo nel caso?

L’amministratore delegato di una nota fabbrica di caffé viene trovato in fin di vita. Accanto a lui Beatriz, una bella ragazza brasiliana, con l’arma del delitto in mano. Don Matteo si sente coinvolto in prima persona. E’ stato lui a trovare lavoro a Beatriz in casa della vittima. Nel frattempo Cecchini, è impegnato nella disperata ricerca di una casa per il capitano Tommasi…

Una cercatrice di tartufi viene assassinata nella propria casa. Probabilmente l'avvenuto omicidio è legato alla sparizione di un tartufo di grande valore. Natalina trova un cane. Tommasi cerca di organizzare, con l'aiuto di Cecchini, un appuntamento romantico con la fidanzata.

Un ex detenuto, da poco assunto come cantastorie in un centro commerciale, viene assassinato. Durante le indagini si scopre che il luogo in cui lavorava era anche la sua casa. Cecchini riceve un biglietto d'amore e cerca quindi di trovare sia il colpevole che la sua spasimante.

Un piccolo bambino (Marco Arcuati), nipote di un famoso industriale della zona, viene rapito dalla sua culla. La sua famiglia non sa come fronteggiare i sequestratori e così chiede aiuto a Don Matteo. Inoltre Tommasi si trova a gestire l’arrivo dei genitori in caserma cercando di sopportare le ingerenze di un padre generale.

Il professor Albani tiene una lezione serale di astronomia ad un piccolo gruppo di persone; sono presenti anche Don Matteo, Pippo, Natalina e il maresciallo Cecchini. La mattina seguente il professore viene ritrovato morto. Alcuni fenomeni luminosi verificatisi nella notte della lezione spingono Pippo e Natalina a credere alla presenza di extraterrestri.

Un giovane aiuto-pasticcere marocchino viene trovato senza vita. Gli inquirenti ipotizzano sia rimasto vittima di un’organizzazione criminale. Intanto Cecchini e Tommasi sono convinti che uno dei due sia il vincitore della lotteria e, inconsapevoli dell’equivoco, si danno a spese folli nella speranza che il vincitore paghi il conto.

La giovane amazzone Pamela muore cadendo da cavallo mentre sta disputando una gara. L’autopsia rivela che è stata avvelenata. Chi avrebbe potuto volerla morta? Mentre svolgono le indagini, Tommasi si allena con Cecchini per vincere una gara di canoa. L’improvviso arrivo di Amanda però potrebbe sconvolgere i piani del capitano.

Gubbio diventa il set di un servizio fotografico per una importantissima rivista di moda. Tra flash e modelle mozzafiato, la direttrice del giornale perde la vita, schiacciata da un riflettore. Tragica fatalità oppure un caso di omicidio? Mentre i nostri indagano, Natalina diventa modella per un giorno…

Un uomo viene ritrovato morto sulla Giostra dei Desideri, storica attrazione eugubina. Poco lontano il giostraio, privo di sensi e con una pistola in mano. Per Tommasi i fatti parlano da soli, mentre per Don Matteo la verità non è scontata. Aiutato da Natalina, Cecchini decide di partecipare alla “prova del cuoco”.

L’apertura di un centro di medicina alternativa porta una ventata di salutismo nella vita degli eugubini. All’improvviso, uno dei medici della clinica viene trovato morto. La filosofia new age contagia Natalina, che stravolge l’aspetto della canonica aiutata da Pippo.

All’uscita dalla discoteca, un giovane viene travolto da una moto. Il pirata della strada scappa. Don Matteo indaga sull’accaduto, scoprendo che alcune ragazzine lavorano come minicubiste nei locali notturni. Natalina vuole partecipare ad un concorso di bellezza e Pippo si offre di aiutarla a coronare questo sogno…

Durante il giro dell’Umbria, l’allenatore della squadra dei giovani ciclisti perde la vita in un incidente stradale. Mentre si cerca il colpevole, il padre di Tommasi obbliga tutto il comando a partecipare ad una gara contro la polizia di Perugia. Il capitano è costretto a mettere da parte l’orgoglio ed a chiedere a Don Matteo l’aiuto necessario per prepararsi alla sfida…

Un famoso etologo, chiamato a Gubbio per studiare il comportamento di un lupo, viene ucciso in circostanze misteriose. La principale indiziata è la sua assistente, un tempo ospite dell’istituto di Suor Maria, la quale chiede aiuto a Don Matteo.

Durante una seduta spiritica a palazzo Peretti, la marchesa di Roccascura viene colpita da un malore e perde la vita. Sarà stata una casualità? Mentre i carabinieri indagano nel campo dell’esoterismo, la vita privata di Tommasi viene sconvolta dall’arrivo, in contemporanea, della madre e della fidanzata Amanda.

Una giovane imprenditrice umbra viene rapita. Un bambino della casa di famiglia di Suor Maria ritrovato in fondo ad un pozzo, in fin di vita. C’è un collegamento tra i due fatti? I nostri scavano nel passato mentre Cecchini cerca di organizzare insieme ad Amanda un viaggio a Mosca per festeggiare il compleanno di Tommasi.

Manca poco a San Valentino, e un giornalista eugubino viene trovato morto. I sospetti ricadono su Riccardo, che proprio quella sera aveva litigato con la vittima all’interno di un locale di nuova apertura. Per una buffa coincidenza, Natalina trova un biglietto d’amore e si convince che sia una dichiarazione inviatale da Tommasi…

L’improvvisa visita di Raniero, il fratello di Natalina, porta una ventata di novità in canonica. L’uomo ha infatti con sé la figlia di pochi mesi e la nostra perpetua veste subito i panni della zia, attenta e premurosa. Nel frattempo, in ospedale viene abbandonata una donna gravemente ferita. Mentre si cerca il colpevole, una giornalista piomba in caserma per scrivere un articolo sull’efficienza dell’arma, mettendo in grave difficoltà il nostro maresciallo Cecchini.

Una ragazza,licenziata dall’azienda tessile dove lavorava come precaria viene trovata morta. I sospetti ricadono sul suo ex fidanzato, lasciato dalla vittima dopo il licenziamento. Il capitano Tommasi viene mollato da Amanda e Cecchini, con familiari al seguito, decide di fare di tutto per risollevargli il morale.

Una giovane prostituta di colore muore in circostanze misteriose. La principale indiziata sembra essere la sua “maman”, una connazionale che gestiva una vera e propria tratta di ragazze, riducendole in schiavitù. Con un colpo di fortuna Pippo e Natalina trovano una borsa piena di banconote, mentre il Maresciallo è convinto che Tommasi sia vittima del malocchio.

Proprio mentre la famosa chitarrista eugubina Gloria Porrini sta promuovendo il suo tour a Gubbio, viene trovato morto un noto liutaio, che si scopre essere suo padre. Inaspettatamente viene accusata del delitto proprio la giovane artista. Tommasi ritrova una vecchia amica di infanzia, venuta a Gubbio in qualità di medico legale. Secondo Cecchini è la donna giusta per il capitano.

Il sommelier della tenuta agricola “il sole” viene trovato morto lungo le scale che portano alla cantina. Il colpevole sembra essere Ambrogio, il padrone dell’azienda, il quale sospettava da tempo che la moglie, di vent’anni più giovane, lo tradisse con la vittima . Tommasi si rompe una gamba e deve trasferirsi a casa Cecchini, dove il maresciallo, che si sente in colpa per l’accaduto finirà per esasperare il povero capitano, vittima di cure fin troppo premurose.

Giorgio, promettente scenografo, viene trovato morto, apparentemente suicida. Il padre del ragazzo incolpa Don Matteo della disgrazia, colpevole di aver allontanato il giovane dalla sua famiglia. In caserma i carabinieri si preparano per ricevere delle onorificenze. Tutto sembra presagire una bella giornata di festa, ma la signora Tommasi rimane vittima di un incidente d’auto, scontrandosi proprio con Amanda. Sebbene la donna sia appena contusa, approfitta della situazione per attirare su di lei le attenzioni del figlio, rendendogli la vita impossibile.