L'SG-1 e Jacob Carter vengono intrappolati in un'altra galassia con Apophis, mentre allo stesso tempo Teal'c viene sottoposto a lavaggio del cervello per farlo tornare ad essere al servizio del nemico numero uno del Comando Stargate.

Teal'c si sottopone ad un pericoloso rito Jaffa, che lo porterà sull'abisso della morte, che viene operato da Bra'tac con lo scopo di riportare Teal'c ai suoi veri ricordi dopo aver subito il lavaggio del cervello.

Sam Carter deve fare i conti con un Asceso innamorato di lei. L'alieno assume la forma umana per poterla seguire ed entrare in contatto con lei, aiutandola peraltro ad impedire che venga eseguito un pericoloso esperimento.

Mentre O'Neill è impegnato in prima persona a combattere una forza Goa'uld sconosciuta, Carter, Teal'c e Daniel fanno ritorno al Comando Stargate, dove vengono interrogati da Hammond. Si scopre poi che un misterioso quinto uomo del team è intrappolato sullo stesso pianeta con Jack.

Dopo aver affrontato un viaggio piuttosto turbolento, il team SG-1 arriva su un pianeta con una società molto simile a quella Norvegese. Appena però incontrano gli abitanti del pianeta, il cielo muta colore e diventa misteriosamente rosso.

Cassandra sviluppa dei poteri telecinetici che però minacciano la sua stessa vita. Mentre il dottor Frasier è alla ricerca di una cura, scopre sul pianeta della donna un segreto oscuro di Cassie.

Quando Chaka, un amico di Daniel, viene rapito da una banda che cura il commercio di schiavi, l'SG-1 attraversa lo Stargate per andarlo a salvare. Tuttavia, quando c'è finalmente l'opportunità di liberarlo, lui si rifiuta.

Il team SG-1 deve far squadra con i Russi per riuscire a rintracciare e salvare una squadra data per dispersa durante l'esplorazione di una piramide. Questi hanno dovuto fare i conti con un pericoloso nemico proveniente dal passato.

I Tollan offrono alla Terra generosi rifornimenti di armamenti avanzati, ma a tutto c'è una spiegazione. Essi infatti hanno bisogno di essere aiutati dopo che sul loro pianeta si è verificato un misterioso disastro.

La SG-1 prende contatto con una popolazione molto avanzata, la confederazione Aschen, che è disposta a condividere con la Terra la propria tecnologia proponendo al team SG un accordo di scambio.

Dopo che Carter è scomparsa e nessuno sa che fine abbia fatto, O'Neill deve nuovamente fare squadra con il Colonnello Maybourne per sottrarla dalle mani del gruppo di uomini che l'ha rapita e la sta tenendo prigioniera.

Martin di "Punto di Non Ritorno" cerca di vendere ai produttori di Hollywood la sceneggiatura di un film che parla del Comando Stargate. Proprio quando sembra avercela fatta, interviene Jack che fa di tutto pur di impedire la realizzazione del film.

O'Neill, Carter, Teal'c e Jackson addestrano un gruppo di giovani reclute dell'SGC tra le quali militano Hailey ed Elliot, due brillanti tenenti che però falliscono la missione subendo le umilianti accuse di O'Neill.

Durante una ritirata ordinata da O'Neill, Teal'c rimane intrappolato nella rete dello Stargate e i suoi compagni devono fare qualcosa per riuscire a salvarlo. La soluzione è quella di chiedere nuovamente aiuto ai Russi.

Quando i Signori del Sistema convocano una riunione per gestire la nuova minaccia che è sorta, Tok'ra e Daniel si infiltrano alla riunione con lo scopo di usare un veleno per metterli fuori causa, ma le cose si complicano ben presto.

Daniel Jackson e la sua missione sotto copertura sono messe in serio pericolo dall'arrivo di Osiris. Nel frattempo poi la SG-1 è di nuovo in difficoltà nel tentativo di fermare una nuova invasione dei Goa'uld.

Il pianeta Terra si trova in pericolo quando il Comando Stargate scopre che c'è il rischio che un asteroide si schianti contro il pianeta mettendone a repentaglio la sua stessa esistenza. L'SG-1 cerca di evitare la catastrofe.

Un nuovo Jaffa, con un grande carisma, cerca di siglare un'alleanza con il Comando Stargate e più in generale con la Terra. Egli ha già ottenuto quella di molti altri Jaffa fra cui ci sono anche Bra'tac e Teal'c.

L'SG-1 si trova in esplorazione su un pianeta dove scopre un androide inattivo. Quando viene attivato, tutti pensano che sia una normale ragazza umana. Ma la sua innocenza potrebbe nascondere qualcosa di pericoloso...

Per correggere un errore commesso dal team Stargate finto, il vero team SG-1 deve avvalersi dell'aiuto di due condannati. Contemporaneamente, l'arrivo della minaccia Goa'uld rende ancora più difficile il lavoro della squadra.

L'SG-1 ritorna da un pianeta con Daniel che sembra essere ormai vicino alla morte a causa di un avvelenamento da radiazioni dopo aver tentato di fermare l'esplosione di una pericolosa arma di distruzione di massa.