Il figlio di quattro anni di una coppia di celebrità, che era stato adottato, sparisce nel nulla. Due sono le piste battute durante le indagini: lo status di genitori della coppia e le origini sudanesi del bambino.

La squadra di Jack porta avanti le indagini per scoprire se il fatto che un padre faccia come lavoro la pulizia delle scene del crimine possa avere qualcosa a che fare con la scomparsa della sua stessa figlia.

Una donna è sparita, ma il team investigativo pensa che il caso possa essere collegato a sua volta ad un altro. Si teme, infatti, che la donna sia andata da sola alla ricerca del figlio, anch'egli scomparso qualche tempo prima.

La scomparsa di una donna in seguito alla morte del marito, che è stato ucciso dalla polizia, porta Jack a sospettare che nella vicenda possano essere coinvolte le gang del posto. Successivamente, Sam scopre una notizia che la riguarda.

Una donna sparisce dopo il verificarsi di una sparatoria in ufficio. Il caso non è così semplice perché sembra essere collegato a un segreto che la donna vuole mantenere, forse relativo a una battaglia in tribunale per la custodia del figlio.

Jack e i suoi colleghi devono lavorare assieme ad una squadra CSI di Las Vegas, guidata da Gil Grissom, quando questi sono sulle tracce di un serial killer che però ha anche dei forti collegamenti con New York.

Uno studente scompare dopo che in classe ha fatto alcuni commenti di tipo razzista. Le indagini sono volte a scoprire se la sua scomparsa potrebbe essere collegata proprio a questo tipo di comportamento.

Le indagini sulla scomparsa di un combattente porta il team di Jack a investigare sul suo passato. Essi scoprono che l'uomo aveva numerosi nemici e che proprio uno di loro potrebbe essere responsabile del rapimento.

Jack e i suoi cercano di scoprire se il passato criminale di un'ex-detenuta possa essere collegato alla sua scomparsa, avvenuta poco dopo aver fatto visita a una compagna reclusa. Nel frattempo, Mars e Johnson continuano le loro indagini.

Un ex-bambino prodigio, che al momento della sua scomparsa lavorava come Babbo Natale in un centro commerciale, è al centro delle indagini per determinare se avesse o meno delle connessioni criminali.

Il nuovo anno per Malone e i suoi inizia con le indagini sulla scomparsa di un investigatore privato. I primi riscontri sembrano indicare che il caso potrebbe essere collegato a un bambino in affido che abitava nel suo palazzo.

Un inserviente che lavora in un ospedale per veterani di guerra sparisce senza lasciare molte tracce. Le indagini inizialmente sembrano indicare due piste, ma ulteriori approfondimenti portano a galla un piano criminale.

Jack improvvisamente scompare e nessuno ha sue notizie dopo che questi ha preso in mano un caso collegato a un altro, seguito da Vivian, che riguarda il traffico di esseri umani destinati poi alle strade come prostitute.

Mentre ancora è forte lo shock per quanto è successo a Jack, il team cerca di concentrarsi sul caso di una giovane, in attesa di un trapianto di cuore, la cui scomparsa potrebbe essere collegata al donatore dell'organo.

Un uomo d'affari che era stato in coma per tre anni si risveglia, ma soltanto per sparire nel nulla poco dopo. Nel frattempo, Jack esce dall'ospedale per venire in aiuto ad una giovane ragazza che è in pericolo.

La donna vincitrice dell'ultima lotteria scompare, ma inizia a sorgere qualche dubbio su chi fosse l'effettivo proprietario del biglietto. Intanto, Jack comincia a indagare sul padre del bambino di Samantha.

Un autista di camion scompare dopo aver aiutato un giovane ragazzo e il team cerca di capire se gli eventi siano collegati. Nel frattempo, la salute mentale di Jack viene esaminata da uno psicologo.