Lo staff dell'ospedale è ancora sconvolto dalla morte di George e ognuno elabora il lutto a modo suo. Nel frattempo la madre di George torna all'ospedale dove la aspetta una difficile decisione: cosa fare degli organi del figlio deceduto.

L'ospedale è ancora scosso dalla morte di George e per questo lo staff cerca in tutti i modi qualcosa per distrarsi. Nel frattempo Meredith e Derek vivono un bel periodo per la loro relazione, al contrario di Cristina e Owen, i quali vengono obbligati all'astinenza dal sesso dal Dr. Wyatt.

Qualche settimana dopo la sua traumatica esperienza Izzie ritorna al lavoro. Nel frattempo l'intero staff dell'ospedale, compresa Cristina, è in apprensione perché in breve tempo verranno resi noti i nomi relativi al "taglio" del personale di cui si parla da tempo.

Il padre di Lexie arriva all'ospedale con un grave problema medico e tocca a Meredith cercare di salvargli la vita. Nel frattempo, Izzie si prende a cuore un paziente malato di tumore e Mark inizia a spazientirsi per l'eccesso di competizione mostrato da Cristina.

Gli ospedali del Seattle Grace e Mercy West si fondono e inizia dunque una nuova vita per i medici, che devono collaborare con colleghi fino ad ora sconosciuti. Nel frattempo, Arizona prende le difese di Callie che viene ferita nei sentimenti dal padre. Izzie intanto ha a che fare con una forte competizione sul lavoro.

Un incendio in un hotel causa moltissime vittime che vengono portate al Seattle Mercy, dove i medici competono per avere i migliori casi. Una paziente però muore e Richard apre un'inchiesta per capire di chi sia stata la colpa. Emergono ancora una volta i contrasti tra i dottori del Seattle Grace e i nuovi arrivati del Marcy West. Intanto Alex cerca disperatamente di rintracciare Izzie.

Quando Isaac, un paziente con un tumore avvolto alla sua spina dorsale, chiede a Derek di fare l'impossibile, quest'ultimo mette alla prova l'autorità di Richard, fermamente contrario vista la pericolosità dell'intervento.

La famiglia di un paziente di Arizona dona 25 milioni di dollari al Seattle Grace Mercy West. La situazione diventa molto difficile quando il piccolo paziente comincia inesorabilmente a peggiorare.

Izzie torna al Seattle Grace per far curare li suo insegnante di scienze del liceo, suscitando l'incredulità di tutti. Nel frattempo arriva il nuovo primario di cardiochirurgia, Teddy Altman, compagna di Owen nell'esercito.

Il padre di Miranda arriva a Seattle scontento delle scelte della figlia. Anche Mark riceve una visita inaspettata da una donna del suo passato. Intanto Cristina sospetta che qualcosa stia succedendo tra Owen e Teddy.

Addison arriva al Seattle Mercy Hospital per aiutare la figlia di Mark. Owen mette in dubbio le intenzioni di Teddy quando quest'ultima decide di mettere Cristina al comando di un intervento complicato.

Derek confronta Richard dopo aver capito che questi ha un problema con l'alcol. Izzie ritorna sperando di riconciliarsi con Alex. La tensione fra Cristina, Owen e Teddy si fa sempre più forte.

Derek ha appena preso il post di Richard come capo dell'ospedale, quando si trova ad affrontare un'azione legale avviata da una paziente di Miranda e Meredith che si sveglia dall'anestesia durante un'operazione.

È il giorno di San Valentino e i dottori al Seattle Mercy sono impegnati a curare dozzine di persone ferite a causa del crollo del tetto di un ristorante romantico. Intanto Meredith si trova a dover affrontare i nuovi compiti che ha in quanto moglie del capo.

Al Seattle Mercy vengono ristabilite le lezioni. Richard, Miranda e Callie presentano ai tirocinanti alcuni dei casi fondamentali della loro carriera. Miranda ricorda il suo primo giorno da timida tirocinante, Callie ripensa al suo primo caso di poliomelite e Richard ad un caso a cui aveva lavorato con Ellis Grey.

Quando il famoso chirurgo Harper Avery è portato al Seattle Mercy, i medici sono sorpresi di scoprire che uno del loro staff è imparentato con questa leggenda. Intanto Callie ed Arizona cercano di aiutare Teddy.

Una paziente bisognosa di un'operazione particolarmente complicata arriva al Seattle Mercy e sono Richard ed Owen a competere per intervenire. Ma la decisione spetta a Derek che ritiene sia meglio che operi Owen.

Una paziente di Teddy vuole interrompere le cure e mettere fine alla propria vita. Teddy chiede aiuto ad Owen, nel quale si scateneranno ricordi del suo periodo in guerra e della sua relazione con lei. Intanto Callie ed Arizona hanno un'opinione diversa riguardo il loro futuro insieme, e Richard cerca di adattarsi al suo ruolo di chirurgo.

Il fratello minore di Alex, Aaron, arriva al Seattle Grace-Mercy West con un'ernia e sta ad Alex riuscire ad avere l'approvazione di Miranda per un'operazione pro bono. Durante la permanenza in ospedale, Aaron scoprirà che Alex non ha mai sentito i loro genitori dal suo arrivo a Seattle, che si è sposato e che sta divorziando. Tutti questi segreti scateneranno un litigio.

Sloan si ripresenta nell'appartamento di Mark ed è in travaglio. Mark, con l'aiuto di Teddy, Callie ed Arizona, l'aiuterà durante il parto. Nel frattempo, Teddy scopre che Derek ha invitato un prestigioso chirurgo cardiotoracico ad operare al Seattle Mercy e si sente minacciata.

Miranda prepara il suo team per l'arrivo di un paziente gravemente obeso, cercando di infondere nei dottori un po' di sensibilità. Derek ha uno scontro con il marito di una paziente dichiarata morta per errore mentre Cristina passa del tempo con la figlia di un paziente.

Un paziente anziano arriva nel pronto soccorso del Seattle Mercy per un problema al cuore e lì ritrova un vecchio amore ricoverato per una frattura al braccio. Lo staff finirà nel mezzo di questa storia d'amore. Intanto, Alex si occupa di una paziente adolescente ricoverata dai genitori per schizofrenia mentre Meredith parla a Cristina dei suoi sospetti verso Owen.

Meredith scopre di essere incinta, ma decide di aspettare prima di dirlo a Derek, non avendo idea della catastrofe che sta scatenandosi sull'ospedale: Gary Clark, il marito di una donna morta alcuni mesi prima, torna al Seattle Mercy con sete di vendetta. Inizierà ad uccidere alcuni dei dottori con lo scopo di arrivare a Derek.