Ormai la Terra è sotto attacco e la squadra SG-1 deve cercare di fermare il temibile Apophis raggiunga il pianeta, lo distrugga e porti con sé le vite che lo abitano. La squadra però viene fatta prigioniera.

Mentre si trova in missione, Sam Carter viene posseduta da un simbionte Goa'uld, nel tentativo di salvare il suo precedente ospite, che dice di essere nemico dei Signori del Sistema. Questi è inoltre inseguito da un pericoloso assassino.

Dopo aver fornito aiuto a un uomo che era un assassino, la squadra SG-1 viene inviata tramite uno Stargate sul pianeta Hadante, e i suoi membri messi in prigione dove conoscono una donna con strani poteri di controllo.

Il team SG-1 viaggia fino a P7J-989, dove scopre un bellissimo giardino all'interno di quale si trova anche una strana struttura metallica che contiene persone incoscienti. Gli stessi membri del team subiscono la stessa sorte.

Dal momento che Daniel è sotto il controllo di una principessa aliena a cui salva la vita e da cui viene poi manipolato, la squadra SG-1 subisce le conseguenze di questa situazione imbarcandosi in una pericolosa avventura.

La SG-1 deve fare ritorno su Cimmeria dove avevano fatto scappare Teal'c per cercare di aiutare la popolazione a respingere l'invasione dei Goa'uld e mettersi alla ricerca del misterioso martello che era stato messo lì da Thor.

La SG-1 è in esplorazione su un nuovo pianeta quando trova un marchingegno che sembra emettere impulsi elettromagnetici. Pensando che si tratta di un macchinario per viaggiare nel tempo, lo portano sulla Terra e iniziano a condurre alcuni test.

Il mentore di Teal'c arriva attraverso la Stargate portando notizie scioccanti: i Goa'uld hanno rapito il figlio di Teal'c. O'Neill e gli altri componenti del team decidono quindi di unirsi all'amico per risolvere la situazione.

Jackson e Teal'c tornano sul pianeta Abydos per onorare una promessa fatta al padre di Shau're. Quando i due arrivano a destinazione, Jackson scopre che sua moglie, che non vede da quando è stata rapita, è incinta di nove mesi.

Mentre si trova in esplorazione su un pianeta denominato BP6-3Q1, Teal'c viene punto da un misterioso insetto. La puntura gli causa una strana malattia e i suoi sintomi lo portano molto vicino a morire.

Il Maggiore Carter fa un sogno in cui è Jolinar, il ribelle Gou'ald che ha brevemente abitato il suo corpo. La SG-1 localizza poi i Tok'ra, un movimento di resistenza che si oppone ai Signori del Sistema, nel tentativo di formare un'alleanza.

La SG-1 cerca di formare un'alleanza con i Tok'ra che però sono riluttanti perché insoddisfatti della contropartita; intanto Jacob scopre che i Tok'ra sono la sua unica possibilità di sopravvivenza.

La squadra SG-1 non ha mai fatto ritorno dal pianeta PXY 887, dove hanno recentemente scoperto un nuovo elemento naturale. Dopo che O'Neill rimane ferito, Carter decide di investigare e fare un patto con gli abitanti del pianeta.

La SG-1 viene mandata in missione su PX7-941 dove deve indagare sull'apparato tecnologico che c'è dietro alla cosiddetta "pietra di paragone". Il problema sorge quando gli abitanti accusano il team di aver rubato il manufatto.

Mentre la SG-1 si trova in missione su P3R-272, Jack entra in contatto con un dispositivo che riesce a scaricare nella sua mente una grandissima quantità di conoscenze. Allo stesso tempo, Daniel deve cercare di risolvere un antico mistero.

La SG-10 si trova su un pianeta quando improvvisamente il suo solo si trasforma in un buco nero; il collegamento con la Terra stabilito dallo Stargate rischia di distruggere prima il Comando e poi il pianeta intero.

La SG-1 entra in contatto con un vecchio nemico dei Goa'uld, ma rimane vittima di un marchingegno costruito dallo stesso: questo permette uno scambio di corpi che porta l'uomo a impossessarsi del corpo di Jackson.

Inseguito dai Gao'uld, Apophis si rivolge alla SG-1 invocando aiuto; nonostante il suo passato da "cattivo" la SG-1 decide di offrirgli riparo e di aiutarlo visto che sembra stare morendo lentamente.

Durante una missione di ricognizione di routine, l'aereo della UAV precipita su una pianta simile ad un cactus. La SG-1 viene mandata a recuperare l'aereo, ma scopre che gli abitanti del pianeta hanno cominciato tutti ad ammalarsi...

Un bambino ottiene di farsi ricevere dal Comando Stargate e dice di essere venuto con sua madre, una donna appartenente alla razza invisibile dei Reetou. Egli porta con sé una notizia che minaccia l'intera umanità.

A causa di un'eruzione solare, la SG-1 viene spedita indietro nel tempo di trent'anni, fino al 1969, sulla Terra. Per riuscire a ritornare a casa, i membri del team SG-1 devono riuscire a trovare lo Stargate.